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[GROMACS] 新学MD,模拟薄膜请教

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本帖最后由 superrice 于 2015-8-21 11:18 编辑

新学MD,现在想模拟一下有机物薄膜,大概70个原子左右。
1. 请问box大小应该设定在多少呢,总体40000原子左右够了吗?
2. 请问box的密度是不是要设的大一点,大概多少会比较合适?
3. 软件的版本是Gromacs 5.0.6,我看GMX的并行效率好像很高。因为提交queue有时间限制,30天的队列要排队排很久,5天的队列比较空闲。如果体系40000原子,用的opls力场,时间5ns,用的大概怎么设置节点和CPU会能在5天算完。
4. 请问group 和 verlet cutoff有什么区别,以及PME是什么意思,网上的manual快要看疯了。。。

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发表于 Post on 2015-8-21 13:34:08 | 只看该作者 Only view this author
你是指模拟一大堆有机物薄膜片段堆积的盒子么?
1 够了。
2 你做NPT模拟的时候密度会自发地调节。
3 不清楚你们的配置,普通双路服务器一天内就算完了。
4 PME是计算周期性体系静电相互作用的方法。你可以看看Leach那本书里关于Ewald方法的介绍,PME是对其后来的延伸。group看你具体指什么了,含义太广。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-8-21 22:52:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-8-21 13:34
你是指模拟一大堆有机物薄膜片段堆积的盒子么?
1 够了。
2 你做NPT模拟的时候密度会自发地调节。

谢谢Sob老师。group 就是cutoff-scheme 的 charge group 和 verlet,实在是没搞明白。果然是要再看看书,还请问模拟的时候盒子边缘看到一些分子碎片,是正常现象吗?

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发表于 Post on 2015-8-22 12:39:16 | 只看该作者 Only view this author
superrice 发表于 2015-8-21 22:52
谢谢Sob老师。group 就是cutoff-scheme 的 charge group 和 verlet,实在是没搞明白。果然是要再看看书, ...

原本charge-group是指力场定义原子电荷时将体系中的原子划分为一个个group,每个group里原子电荷加和为整数,group往往取基团(比如-CH3,电荷为0)。这样按照group通过cutoff方式计算静电相互作用的话误差会比较小,即group里若有一个原子在A原子的cutoff里那么整个group的原子与A的静电相互作用也都要被考虑。
charge-group这个概念对于PME方式计算静电作用已经没有什么意义了,因为PME会计算无穷远的原子的静电相互作用的。

至于cutoff-scheme,和前面说的又不是一回事,这影响的是邻居列表的生成,细节手册里也有介绍。此选项就两种,verlet和group。用哪种都可以,只是运行效率不同。5.0以前都是group,现在推荐verlet,如果GPU来跑则只能用verlet。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-8-24 03:33:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-8-22 12:39
原本charge-group是指力场定义原子电荷时将体系中的原子划分为一个个group,每个group里原子电荷加和为整 ...

谢谢Sob老师,原来这两个group不是一个意思。我跑完了之后发现在writing final geometry的时候出错,请问这是什么情况,这个结果可以用来分析吗?

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发表于 Post on 2015-8-24 13:46:19 | 只看该作者 Only view this author
superrice 发表于 2015-8-24 03:33
谢谢Sob老师,原来这两个group不是一个意思。我跑完了之后发现在writing final geometry的时候出错,请问 ...


如果正常输出了结果就能分析。报错可能是软件环境之类的因素,不好说。
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发表于 Post on 2015-9-18 20:21:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-8-24 13:46
如果正常输出了结果就能分析。报错可能是软件环境之类的因素,不好说。

老师您好!我现在做MD计算,但是结果分析不知道怎么做,比方说径向分布函数、功率谱相关函数这些,需要自己编写脚本么,希望老师能给点意见,谢了

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茶味果冻 发表于 2015-9-18 20:21
老师您好!我现在做MD计算,但是结果分析不知道怎么做,比方说径向分布函数、功率谱相关函数这些,需要自 ...

gmx自带了很多分析工具,rdf就用g_rdf分析就行了,功率谱我没听说过。
没有自带相应分析工具的情况就只能自己写脚本了(VMD本身也带了一些分析工具,也有第三方的现成分析脚本可用)
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发表于 Post on 2015-9-19 09:12:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-18 23:02
gmx自带了很多分析工具,rdf就用g_rdf分析就行了,功率谱我没听说过。
没有自带相应分析工具的情况就只 ...

这第三方分析的脚本是什么啊,我用的QE做的CPMD计算 输出文件.out,能转换成trajectory类似的文件么

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发表于 Post on 2015-9-19 14:01:22 | 只看该作者 Only view this author
茶味果冻 发表于 2015-9-19 09:12
这第三方分析的脚本是什么啊,我用的QE做的CPMD计算 输出文件.out,能转换成trajectory类似的文件么

VMD里extensions-analysis里就有计算rdf的工具,能读你的轨迹就能计算rdf
QE的输出格式不清楚,如果VMD不认,可以自行写个程序转换成.xyz轨迹格式再读入VMD
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发表于 Post on 2015-9-21 08:57:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-19 14:01
VMD里extensions-analysis里就有计算rdf的工具,能读你的轨迹就能计算rdf
QE的输出格式不清楚,如果VMD ...

好的老师,现在在研究,谢了

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