使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

jingsi

sobereva 发表于 2021-4-2 03:30
按照第四节isostat给出的也能用，不过靠Shermo可以用更好的模型（quasi-RRHO），而且溶解自由能最佳的计 ...

明白了，回去深入了解下。非常感谢！

sobereva

牧星河 发表于 2021-4-2 10:21
我用win10 wsl2计算，按照步骤算到第四步的时候，总内存32GB，如此设置6核4GB内存，但还是提示内存不足
!  ...

甭用什么WSL2，直接用windows版ORCA就完了

whsnd

社长，我想问一下，我在用xtb进行动力学模拟时，它不按照我的md.inp里的参数运行，只按照它的默认值运行，这应该如何解决呢？

sobereva

whsnd 发表于 2021-4-2 22:10
社长，我想问一下，我在用xtb进行动力学模拟时，它不按照我的md.inp里的参数运行，只按照它的默认值运行， ...

指定md.inp的方式可能有问题

牧星河

sobereva 发表于 2021-4-2 14:47
甭用什么WSL2，直接用windows版ORCA就完了

请问sob老师，我按照ocra安装教程用cmder来使用，  用molclus联用g16和orca,在cmder里运行./molclus |tee out.txt   报错：

1.                          *** Configuration     1  ***
   
2. Current date: 2021-04-03   Time: 19:01:19
   
3. Loading geometry         1 from the inputted geometry file
   
4. Generating gau.gjf...
   
5. Running Gaussian: "D:\G16W\g16.exe" gau.gjf gau.out
   
6. Thread and Process ID are zero in wsystem: No such file or directory
   
7. Error: This Gaussian task did not perform geometry optimization at all! Please check if you omitted "opt" keyword or there is any problem in the template file
   
8. Press ENTER button to exit program
   

复制代码

这个问题是不是cmder无法获取高斯运行的PID？


如果直接双击molclus.exe，高斯可以正常运行，但是本应该在Scratch文件夹的临时文件全部存放在molclus文件夹了，查看gau.out有这么几行：

1. Entering Gaussian System, Link 0=D:\G16W\g16.exe
   
2. Input=gau.gjf
   
3. Output=gau.out
   
4. Initial command:
   
5. D:\G16W\l1.exe ".\Gau-15936.inp" "gau.out" /scrdir="."
   
6. Entering Link 1 = D:\G16W\l1.exe PID=      5312.

复制代码

这个问题是用命令行调用高斯的时候环境变量没有设置好吗？我只设置了GAUSS_EXEDIR的变量

sobereva

牧星河 发表于 2021-4-3 19:18
请问sob老师，我按照ocra安装教程用cmder来使用，  用molclus联用g16和orca,在cmder里运行./molclus |tee ...

cmder下运行没试过。看看gau.out内容判断。完全没必要用cmder，要用就用cmd就完了

通过命令行方式调用Windows版Gaussian，临时文件就是会存到当前目录。不用管，算完了自动就删了

量子极限

elvisng 发表于 2021-3-18 12:43
如果我想固定某些原子来跑动力学, 不知道 xtb 能否做到? (因为想对过渡态的构型取样, 但是又不是单纯的键转 ...

xtb结合crest可以做到限制性的动力学构象搜索

lilf

sob老师可以给Molclus 增加更多的功能，使用这个软件可以实现 构象搜索>结构粗优化>结构高精度优化>CD光谱、核磁等的全流程计算

sobereva

量子极限 发表于 2021-4-13 15:29
xtb结合crest可以做到限制性的动力学构象搜索

molclus也可以实现
一方面settings.ini里可以直接设置哪些原子位置冻结，另一方面，如果要冻结某些内坐标，可以在Gaussian的template.gjf里写opt=modredundant，然后[geometry]后面和平时Gaussian做冗余内坐标的限制性优化一样写上相应设置，非常方便
在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404（http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html）

Theor_Comp

sob老师，利用最后面利用cres加速那，按您的方法操作后，为什么首先会用一个单线程来进行 Geometry successfully optimized，也就是有一个优化过程。之后，才会对traj.xyz里的所有geom进行优化呀？这前面这一个优化时什么呢
Command line input:
> crest -mdopt traj.xyz -gfn2 -opt normal -niceprint -chrg 0 -uhf 0 -gbsa chcl3

  -gfn2 : Use of GFN2-xTB requested.
  -opt 0
  -chrg 0
  -uhf 0
  --gbsa chcl3 : implicit solvation

-------------------------
xTB Geometry Optimization
-------------------------

Geometry successfully optimized.

     =======================================
     |               M D O P T             |
     =======================================
   Optimization along trajectory (or ensemble).

Input file: <traj.xyz>
Containing 200 structures.
Optimizing all 200 structures from file "traj.xyz" ...

Optimized ensemble on file <crest_ensemble.xyz>

sobereva

Theor_Comp 发表于 2021-5-19 13:30
sob老师，利用最后面利用cres加速那，按您的方法操作后，为什么首先会用一个单线程来进行 Geometry success ...

大抵是程序设计不周，强迫先走这么个流程

Theor_Comp

sobereva 发表于 2021-5-20 18:08
大抵是程序设计不周，强迫先走这么个流程

谢谢您

量子极限

sobereva 发表于 2021-4-14 07:21
molclus也可以实现
一方面settings.ini里可以直接设置哪些原子位置冻结，另一方面，如果要冻结某些内坐 ...

谢谢sob老师的解答，之前不知道molclus也可以设置原子冻结，但是molclus这里的原子位置冻结是否只是用xtb优化这步起效，在用xtb跑动力学的这步，不结合crest是否只能通过md.inp设置动力学模拟的条件？同时md.inp有可以设置原子冻结的办法吗？

sobereva

量子极限 发表于 2021-5-24 09:39
谢谢sob老师的解答，之前不知道molclus也可以设置原子冻结，但是molclus这里的原子位置冻结是否只是用xtb ...

xtb跑md过程没法设置位置冻结，至少6.3.x版是这样

paramecium86

最近无意中想尝试一下高斯的GMMX找这个瑞德西韦分子的构象会怎么样。我用帖子里给的瑞德西韦的初始结构放进GMMX去搜构象。发现搜到的能量最低的构象的结果跟帖子里这个最终的构象区别不小。然后我把GMMX的结构放进高斯里B3LYP/6-31G(D) SCRF 优化了一下 然后放到ORCA里用双杂化+溶剂模型 去算单点。跟帖子里最后给的构象比较下来好像确实GMMX找到的这个构象能量会更低一些。我现在有点闹不明白是怎么回事儿了。不知道哪里没有考虑到或者我哪里算的有纰漏。输出文件放在附件里了。请您帮忙看看。谢谢~