使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

农夫山泉 · 发表于 Post on 2022-4-14 10:04:32

请问老师，博文中的分子结构叠合图是用什么程序制作的呢

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-14 14:39:14

农夫山泉发表于 2022-4-14 10:04
请问老师，博文中的分子结构叠合图是用什么程序制作的呢

在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290（http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html）

农夫山泉 · 发表于 Post on 2022-4-14 15:20:05

sobereva 发表于 2022-4-14 14:39
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290（http://bbs.keinsci.c ...

好的，谢谢老师

weixy · 发表于 Post on 2022-4-17 10:32:42

请教一下，isostat组件结构去重阈值0.5埃具体指什么意思？结构去重具体是怎样去重呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-17 22:36:36

weixy 发表于 2022-4-17 10:32
请教一下，isostat组件结构去重阈值0.5埃具体指什么意思？结构去重具体是怎样去重呢？

使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

里面写了

有用户对isostat程序的运行机制感兴趣，这里具体交代一下。isostat使用能量和几何结构偏差作为判断两个结构是否相似的标准，同时小于两个阈值才算相似。几何结构在判断时是基于距离矩阵来比较的（因此对比前isostat并不会对两个结构做对齐(align)，也不要求原子间序号顺序一致）。isostat会循环输入的.xyz里的每个isomer。对于输入文件里第一个isomer，或者当前isomer和之前已有的所有簇都不相似，那么这个isomer将被作为一个新的簇，此簇的能量、结构也等同于这个isomer。若当前isomer与之前某个簇相似，那么这个isomer就被认为归入了这个簇，因此这个簇的容量会+1；如果与此同时这个isomer的能量比这个簇的能量更低，那么这个isomer将被作为这个簇的代表，即使用这个isomer的能量和结构作为这个簇的能量和结构。等所有isomer都循环完之后，程序就会输出各个簇的绝对能量，相对于能量最低的簇的能量差(DE)，以及这个簇与与它结构最相近的另一个簇的原子间距偏差最大值(DGmin)。显然，最终得到的簇的数目<=isomer的数目。
两个isomer的结构差异在isostat中是这样算：根据isomer的原子坐标计算距离矩阵，将其非对角元转化为一维数组形式，并从小到大进行排序，这称为原子间距数组。两个isomer间的结构差异用二者的距离间距数组的差值数组的绝对值的最大值来衡量。

weixy · 发表于 Post on 2022-4-21 17:59:33

sobereva 发表于 2022-4-17 22:36
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

老师，您的意思是这个0.5埃代表两个结构间某两个对应原子相差的最大范围，而不是所有原子总和差距的最大范围吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-22 01:46:21

weixy 发表于 2022-4-21 17:59
老师，您的意思是这个0.5埃代表两个结构间某两个对应原子相差的最大范围，而不是所有原子总和差距的最大 ...

姑且可以这么认为

辰夕渊 · 发表于 Post on 2022-4-23 10:47:30

本帖最后由辰夕渊于 2022-4-23 11:21 编辑

sob老师，请教您一下，在第四步进行高精度运算时，存在ORCA进行高精度单点能文件时，Molclus还会调用Shemro进行电子能计算吗，或者是直接用ORCA进行单点能运算？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-23 22:36:27

辰夕渊发表于 2022-4-23 10:47
sob老师，请教您一下，在第四步进行高精度运算时，存在ORCA进行高精度单点能文件时，Molclus还会调用Shemro ...

Shermo计算的本来就不是电子能量，而是热力学量

看屏幕上提示便知

辰夕渊 · 发表于 Post on 2022-4-25 18:29:10

sobereva 发表于 2022-4-23 22:36
Shermo计算的本来就不是电子能量，而是热力学量

看屏幕上提示便知

好的，谢谢老师

无敌菠萝派 · 发表于 Post on 2022-6-28 16:59:56

想请教一下sob老师，第四步可以用gaussian来算续算单点能吗，如果可以应该怎么设置呢

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-29 01:31:18

无敌菠萝派发表于 2022-6-28 16:59
想请教一下sob老师，第四步可以用gaussian来算续算单点能吗，如果可以应该怎么设置呢

不知道你指的续算什么，提问时要交代清楚，避免任何可能的歧义

无敌菠萝派 · 发表于 Post on 2022-6-29 10:27:35

sobereva 发表于 2022-6-29 01:31
不知道你指的续算什么，提问时要交代清楚，避免任何可能的歧义

不好意思，我是我说的不够详细，就是第四步的时候先用Gaussian的B3LYP/6-31G*来算出结构和自由能热校正量，然后继续用Gaussian的B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVP在优化后的结构基础上，计算高精度单点能。

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-30 00:44:53

无敌菠萝派发表于 2022-6-29 10:27
不好意思，我是我说的不够详细，就是第四步的时候先用Gaussian的B3LYP/6-31G*来算出结构和自由能热校正量 ...

可以，只不过速度明显慢于ORCA，对于瑞德西韦这种中等偏大的体系在Gaussian里用双杂化结合这种档次的基组都算不动

无敌菠萝派 · 发表于 Post on 2022-7-4 23:27:14

sobereva 发表于 2022-6-30 00:44
可以，只不过速度明显慢于ORCA，对于瑞德西韦这种中等偏大的体系在Gaussian里用双杂化结合这种档次的基组 ...

sob老师，我还想请教一个问题，我用gfn0 优化过渡金属络合物看着还挺正常的，就是金属和配体离得有点远，可能不像形成配位键的样子。但是一用gfn 2优化后，金属直接把配体给配位得四分五裂了，原本的配体分裂成了好几个小基团。这种情况怎么办呢

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