计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Molclus] 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

  [复制链接 Copy URL]

22

帖子

0

威望

155

eV
积分
177

Level 3 能力者

346#
发表于 Post on 2025-10-9 23:11:48 | 只看该作者 Only view this author
老师,我在您说的用crest技巧里设定uhf为2就报错是什么原因呀?未设置uhf能跑。

Command line input:
$ crest xtbopt.xyz --gfn2 --chrg 0 --uhf 2
  --gfn2               : Use of GFN2-xTB requested.
  --chrg 0
  --uhf 2
  --ewin 10
  --mdlen 5 (MD length in ps)

> Setting up backup calculator ... done.
...
...
Generating MTD length from a flexibility measure
------------------------------------------------
Calculating GFN0-xTB WBOs   ... done.
Calculating NCI flexibility ...forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit -5, file Internal List-Directed Read
Image              PC                Routine            Line        Source            
crest              0000000000BE995B  Unknown               Unknown  Unknown
crest              0000000000BE8F8B  Unknown               Unknown  Unknown
crest              0000000000B74DA2  gfnff_setup_mod_m         227  gfnff_setup.f90
crest              0000000000B74338  gfnff_setup_mod_m          78  gfnff_setup.f90
crest              0000000000B4AE93  gfnff_interface_m         220  gfnff_interface.f90
crest              00000000004EB356  gfnff_api_mp_gfnf          67  gfnff_api.F90
crest              00000000007C3B4B  nciflexi_gfnff_           252  flexi.F90
crest              00000000007EE58E  nciflexi_                 254  legacy_wrappers.f90
crest              000000000074D6C3  md_length_setup_           67  choose_settings.f90
crest              000000000057BEC2  crest_search_imtd          77  search_conformers.f90
crest              00000000008AC04B  MAIN__                    237  crest_main.f90
crest              000000000040A1FD  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00001536B52295D0  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00001536B5229680  __libc_start_main     Unknown  Unknown
crest              000000000040A115  Unknown               Unknown  Unknown

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

347#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-10 11:08:12 | 只看该作者 Only view this author
895098540wkw 发表于 2025-10-9 23:11
老师,我在您说的用crest技巧里设定uhf为2就报错是什么原因呀?未设置uhf能跑。

Command line input:

uhf该设几完全取决于体系alpha减beta电子数是几,该是多少就设多少
如果你确认设得无误,就直接让molclus调用xtb批量优化甭用这东西
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

38

帖子

0

威望

473

eV
积分
511

Level 4 (黑子)

348#
发表于 Post on 2025-11-8 03:12:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ginlpein 于 2025-11-8 03:31 编辑

sob老师好,在您这学习到很多,由于我主要做实验,关于构象搜索结果展示的规范我想向您请教一下。我的文章遇到一位风格十分严谨的理论方面的审稿人,审稿人点名要求做分子动力学采样的构象搜索。由于我的体系是孤立有机分子,所以就采用您贴中的方法molclus+xtb做了全套构象搜索。由于之前遇到专门理论研究的审稿人比较少,没碰到过专门点名构象搜索的情况,不知道如何展示结果可以比较获得认可。我准备展示1. 能量较低各构象的结构图;2. 能量较低几个构象的叠加图; 3. 能量较低几个构象之间的RMSD;4. 能量较低几个构象之间的在高精度计算下的能量差,请问这样展示构象搜索结果是否充分?在专职理论研究的专家眼中是否还需要补充其他计算信息才能让这部分回复看上去比较完善?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

349#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-8 12:40:03 | 只看该作者 Only view this author
ginlpein 发表于 2025-11-8 03:12
sob老师好,在您这学习到很多,由于我主要做实验,关于构象搜索结果展示的规范我想向您请教一下。我的文章 ...

有这些足够了
记得对动力学模拟过程做确切说明,以体现做法得当、采样充分
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

38

帖子

0

威望

473

eV
积分
511

Level 4 (黑子)

350#
发表于 Post on 2025-11-8 23:09:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-8 12:40
有这些足够了
记得对动力学模拟过程做确切说明,以体现做法得当、采样充分

感谢sob老师的解答!

49

帖子

0

威望

199

eV
积分
248

Level 3 能力者

351#
发表于 Post on 2025-11-26 21:19:06 | 只看该作者 Only view this author
八月的雨季 发表于 2020-2-8 17:34
如果同样想得到能量最低构象,可否直接用主流的MD软件(Amber/Gromacs)在300k,TIP3P水模型下面,跑一段长 ...

您好。请问您用Amber/Gromacs然后接入DFT优化成功了吗?您做的是多肽结构吗?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-23 17:59 , Processed in 0.216082 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list