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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

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发表于 Post on 2020-2-13 22:12:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-13 17:36
没遇见过
先看看xtb直接优化此体系能否正常完成
另外,mdopt运行中途会在当前目录下产生临时目录,里面 ...

谢谢你的回复。

用 xtb 优化此体系,即使用 gfn0 也没有问题。但是用 crest ,输出的 crest_ensemble 就是空白的。至于产生的临时档案, 也只找到 .xtboptok (0 bytes), wbo, coord 这3个临时档案, 但都没有详细输出数据。不知道是不是系统的 bug。

附上了批处理的档案(跑分子动力得到的),是一个小分子,只有200 frames 的 trajectory。

另外有一点,我跑 md 的时候,会说找不到 .param_gfn0.xtb。我把这档案从 xtb 目录复制到当前目录下,这问题就解决了。不知道两件事有没有关系?

traj.xyz (319.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-14 11:31:46 | 只看该作者 Only view this author
elvisng 发表于 2020-2-13 22:12
谢谢你的回复。

用 xtb 优化此体系,即使用 gfn0 也没有问题。但是用 crest ,输出的 crest_ensemble  ...

找不到 .param_gfn0.xtb是因为xtb没有正确安装(没有恰当设置环境变量),当前版本怎么装看
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html

crest结合gfn0在我CentOS 7.4上没问题,你的体系的输出

  1. [root@192 other]# ./crest -mdopt traj.xyz -gfn0

  2.        ==============================================
  3.        |                                            |
  4.        |                 C R E S T                  |
  5.        |                                            |
  6.        |  Conformer-Rotamer Ensemble Sampling Tool  |
  7.        |        based on the GFN-xTB method         |
  8.        |             P.Pracht, S.Grimme             |
  9.        |          Universitaet Bonn, MCTC           |
  10.        ==============================================
  11.        Version 2.8.1, Fri  20. Dec 13:44:46 CET 2019
  12.        Using the xTB program.
  13.        Compatible with XTB version 6.1 and later.

  14.        Cite work conducted with this code as

  15.        P. Pracht, F. Bohle, S. Grimme, in preparation.

  16.        and

  17.        S. Grimme, JCTC, 2019, 15, 2847-2862.

  18. OMP: Warning #181: OMP_STACKSIZE: ignored because KMP_STACKSIZE has been defined

  19. Command line input:
  20. > ./crest -mdopt traj.xyz -gfn0

  21.   -gfn0 : Use of GFN0-xTB requested.
  22. =============================
  23.   # threads =           1
  24. =============================

  25. ------------------------------
  26. GFNn-xTB Geometry Optimization
  27. ------------------------------
  28. Geometry successfully optimized.

  29.      =======================================
  30.      |               M D O P T             |
  31.      =======================================
  32.      Optimization along trajectory (or ensemble).

  33. Input file: <traj.xyz>
  34. Containing 200 structures.
  35. writing TMPCONF* Dirs from file "traj.xyz" ... done.
  36. Starting optimization of generated structures
  37. 200 jobs to do.
  38. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200
  39. done.
  40. Now appending opt.xyz file with new structures

  41. Optimized ensemble on file <crest_ensemble.xyz>

  42. -----------------
  43. Wall Time Summary
  44. -----------------
  45.                MDOPT wall time :         0h : 2m :28s
  46. --------------------
  47. Overall wall time  : 0h : 2m :28s

  48. CREST terminated normally.
复制代码


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发表于 Post on 2020-2-16 12:14:21 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,isostat需要进入程序之后才能设置"energy threshold"之类的参数吗?请问可以在打开程序的同时向程序传递参数吗 比如 "./isostat -e XX"

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-16 13:01:41 | 只看该作者 Only view this author
silly_cheng 发表于 2020-2-16 12:14
Sob老师您好,isostat需要进入程序之后才能设置"energy threshold"之类的参数吗?请问可以在打开程序的同时 ...

是。不能
想通过命令行直接指定就用echo -e以管道方式运行就完了,参看Multiwfn手册5.2节
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发表于 Post on 2020-3-17 23:39:04 | 只看该作者 Only view this author
请问社长 xtb 与Gromacs 、ORCA在做MD的时候主要优势在哪里?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-19 22:25:33 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-3-17 23:39
请问社长 xtb 与Gromacs 、ORCA在做MD的时候主要优势在哪里?

相对于GROMACS,xtb不用考虑力场的问题,省事,但速度远比基于经典力场的GROMACS慢
xtb实现的GFN-xTB理论达不到ORCA里的DFT那么高精度,但快几个数量级
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发表于 Post on 2020-3-20 10:38:09 | 只看该作者 Only view this author
请问用xtb结合molclus算气相分子团簇可以只用GFN0-xTB吗?也就是掠过加溶剂化华那一步?

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发表于 Post on 2020-3-21 15:55:40 | 只看该作者 Only view this author
老师,我看GitHub上的releases只到了pre1版本啊?

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发表于 Post on 2020-3-21 18:51:39 | 只看该作者 Only view this author
太牛了!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-22 15:15:16 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2020-3-21 15:55
老师,我看GitHub上的releases只到了pre1版本啊?

可能是撤了。6.3 pre2是今年1月发布的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-22 15:18:18 | 只看该作者 Only view this author
flybird52888 发表于 2020-3-20 10:38
请问用xtb结合molclus算气相分子团簇可以只用GFN0-xTB吗?也就是掠过加溶剂化华那一步?

跑MD的话用GFN0-xTB可以
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发表于 Post on 2020-3-23 09:53:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-22 15:18
跑MD的话用GFN0-xTB可以

那如果做批量优化就不能了吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-25 15:45:33 | 只看该作者 Only view this author
flybird52888 发表于 2020-3-23 09:53
那如果做批量优化就不能了吗?

显然精度太低了
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发表于 Post on 2020-3-27 21:27:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-10 06:57
原理上,400K下跑更长时间,也会增加最终找到这个构象的概率。用500K加速这个过程也是合理的。
碰到体系 ...

感谢老师的指导和回答,但是这样的话我也有个问题,就是用xtb在GFN0-xTB下做动力学模拟时如何选取适合的temp以及time呢?
比如先根据老师给的条件然后再结果分析后再进一步更改?请问各位大佬有没有更科学的做法

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-28 05:14:50 | 只看该作者 Only view this author
量子极限 发表于 2020-3-27 21:27
感谢老师的指导和回答,但是这样的话我也有个问题,就是用xtb在GFN0-xTB下做动力学模拟时如何选取适合的t ...

温度一般就用文中的温度就可以,如果发现最后跑出来的轨迹由于热运动不够、没能翻越一些势垒跑到其它构象去,再增加温度
可旋转键越多的体系,原理上应该跑越长的时间,使得势能面采样充分
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