请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版
第9届北京科音分子动力学与GROMACS培训班将于4月17~20日于北京举办,请点击此链接查看培训详情,欢迎参加和相互转告!

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
楼主: sobereva

[molclus] 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

  [复制链接]

77

帖子

2

威望

984

eV
积分
1101

Level 4 (黑子)

发表于 2020-2-13 22:12:06 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-2-13 17:36
没遇见过
先看看xtb直接优化此体系能否正常完成
另外,mdopt运行中途会在当前目录下产生临时目录,里面 ...

谢谢你的回复。

用 xtb 优化此体系,即使用 gfn0 也没有问题。但是用 crest ,输出的 crest_ensemble 就是空白的。至于产生的临时档案, 也只找到 .xtboptok (0 bytes), wbo, coord 这3个临时档案, 但都没有详细输出数据。不知道是不是系统的 bug。

附上了批处理的档案(跑分子动力得到的),是一个小分子,只有200 frames 的 trajectory。

另外有一点,我跑 md 的时候,会说找不到 .param_gfn0.xtb。我把这档案从 xtb 目录复制到当前目录下,这问题就解决了。不知道两件事有没有关系?

traj.xyz (319.14 KB, 下载次数: 4)

2万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
65392

管理员

公社社长+计算化学玩家

 楼主| 发表于 2020-2-14 11:31:46 | 显示全部楼层
elvisng 发表于 2020-2-13 22:12
谢谢你的回复。

用 xtb 优化此体系,即使用 gfn0 也没有问题。但是用 crest ,输出的 crest_ensemble  ...

找不到 .param_gfn0.xtb是因为xtb没有正确安装(没有恰当设置环境变量),当前版本怎么装看
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html

crest结合gfn0在我CentOS 7.4上没问题,你的体系的输出

  1. [root@192 other]# ./crest -mdopt traj.xyz -gfn0

  2.        ==============================================
  3.        |                                            |
  4.        |                 C R E S T                  |
  5.        |                                            |
  6.        |  Conformer-Rotamer Ensemble Sampling Tool  |
  7.        |        based on the GFN-xTB method         |
  8.        |             P.Pracht, S.Grimme             |
  9.        |          Universitaet Bonn, MCTC           |
  10.        ==============================================
  11.        Version 2.8.1, Fri  20. Dec 13:44:46 CET 2019
  12.        Using the xTB program.
  13.        Compatible with XTB version 6.1 and later.

  14.        Cite work conducted with this code as

  15.        P. Pracht, F. Bohle, S. Grimme, in preparation.

  16.        and

  17.        S. Grimme, JCTC, 2019, 15, 2847-2862.

  18. OMP: Warning #181: OMP_STACKSIZE: ignored because KMP_STACKSIZE has been defined

  19. Command line input:
  20. > ./crest -mdopt traj.xyz -gfn0

  21.   -gfn0 : Use of GFN0-xTB requested.
  22. =============================
  23.   # threads =           1
  24. =============================

  25. ------------------------------
  26. GFNn-xTB Geometry Optimization
  27. ------------------------------
  28. Geometry successfully optimized.

  29.      =======================================
  30.      |               M D O P T             |
  31.      =======================================
  32.      Optimization along trajectory (or ensemble).

  33. Input file: <traj.xyz>
  34. Containing 200 structures.
  35. writing TMPCONF* Dirs from file "traj.xyz" ... done.
  36. Starting optimization of generated structures
  37. 200 jobs to do.
  38. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200
  39. done.
  40. Now appending opt.xyz file with new structures

  41. Optimized ensemble on file <crest_ensemble.xyz>

  42. -----------------
  43. Wall Time Summary
  44. -----------------
  45.                MDOPT wall time :         0h : 2m :28s
  46. --------------------
  47. Overall wall time  : 0h : 2m :28s

  48. CREST terminated normally.
复制代码


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436。3号:764390338,合计8000人,讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

2

帖子

0

威望

15

eV
积分
17

Level 1 能力者

发表于 2020-2-16 12:14:21 | 显示全部楼层
Sob老师您好,isostat需要进入程序之后才能设置"energy threshold"之类的参数吗?请问可以在打开程序的同时向程序传递参数吗 比如 "./isostat -e XX"

2万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
65392

管理员

公社社长+计算化学玩家

 楼主| 发表于 2020-2-16 13:01:41 | 显示全部楼层
silly_cheng 发表于 2020-2-16 12:14
Sob老师您好,isostat需要进入程序之后才能设置"energy threshold"之类的参数吗?请问可以在打开程序的同时 ...

是。不能
想通过命令行直接指定就用echo -e以管道方式运行就完了,参看Multiwfn手册5.2节
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436。3号:764390338,合计8000人,讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

170

帖子

0

威望

1053

eV
积分
1223

Level 4 (黑子)

发表于 2020-3-17 23:39:04 | 显示全部楼层
请问社长 xtb 与Gromacs 、ORCA在做MD的时候主要优势在哪里?

2万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
65392

管理员

公社社长+计算化学玩家

 楼主| 发表于 2020-3-19 22:25:33 | 显示全部楼层
土拔鼠 发表于 2020-3-17 23:39
请问社长 xtb 与Gromacs 、ORCA在做MD的时候主要优势在哪里?

相对于GROMACS,xtb不用考虑力场的问题,省事,但速度远比基于经典力场的GROMACS慢
xtb实现的GFN-xTB理论达不到ORCA里的DFT那么高精度,但快几个数量级
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436。3号:764390338,合计8000人,讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

19

帖子

0

威望

87

eV
积分
106

Level 2 能力者

发表于 2020-3-20 10:38:09 | 显示全部楼层
请问用xtb结合molclus算气相分子团簇可以只用GFN0-xTB吗?也就是掠过加溶剂化华那一步?

367

帖子

1

威望

1807

eV
积分
2194

Level 5 (御坂)

发表于 2020-3-21 15:55:40 | 显示全部楼层
老师,我看GitHub上的releases只到了pre1版本啊?

7

帖子

0

威望

41

eV
积分
48

Level 2 能力者

发表于 2020-3-21 18:51:39 | 显示全部楼层
太牛了!

2万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
65392

管理员

公社社长+计算化学玩家

 楼主| 发表于 2020-3-22 15:15:16 | 显示全部楼层
tjuptz 发表于 2020-3-21 15:55
老师,我看GitHub上的releases只到了pre1版本啊?

可能是撤了。6.3 pre2是今年1月发布的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436。3号:764390338,合计8000人,讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

2万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
65392

管理员

公社社长+计算化学玩家

 楼主| 发表于 2020-3-22 15:18:18 | 显示全部楼层
flybird52888 发表于 2020-3-20 10:38
请问用xtb结合molclus算气相分子团簇可以只用GFN0-xTB吗?也就是掠过加溶剂化华那一步?

跑MD的话用GFN0-xTB可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436。3号:764390338,合计8000人,讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

19

帖子

0

威望

87

eV
积分
106

Level 2 能力者

发表于 2020-3-23 09:53:25 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-3-22 15:18
跑MD的话用GFN0-xTB可以

那如果做批量优化就不能了吗?

2万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
65392

管理员

公社社长+计算化学玩家

 楼主| 发表于 2020-3-25 15:45:33 | 显示全部楼层
flybird52888 发表于 2020-3-23 09:53
那如果做批量优化就不能了吗?

显然精度太低了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436。3号:764390338,合计8000人,讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

5

帖子

0

威望

502

eV
积分
507

Level 4 (黑子)

发表于 2020-3-27 21:27:55 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-2-10 06:57
原理上,400K下跑更长时间,也会增加最终找到这个构象的概率。用500K加速这个过程也是合理的。
碰到体系 ...

感谢老师的指导和回答,但是这样的话我也有个问题,就是用xtb在GFN0-xTB下做动力学模拟时如何选取适合的temp以及time呢?
比如先根据老师给的条件然后再结果分析后再进一步更改?请问各位大佬有没有更科学的做法

2万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
65392

管理员

公社社长+计算化学玩家

 楼主| 发表于 2020-3-28 05:14:50 | 显示全部楼层
量子极限 发表于 2020-3-27 21:27
感谢老师的指导和回答,但是这样的话我也有个问题,就是用xtb在GFN0-xTB下做动力学模拟时如何选取适合的t ...

温度一般就用文中的温度就可以,如果发现最后跑出来的轨迹由于热运动不够、没能翻越一些势垒跑到其它构象去,再增加温度
可旋转键越多的体系,原理上应该跑越长的时间,使得势能面采样充分
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436。3号:764390338,合计8000人,讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )

GMT+8, 2021-4-11 18:31 , Processed in 1.262916 second(s), 25 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表