请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版
第9届北京科音分子动力学与GROMACS培训班将于4月17~20日于北京举办,请点击此链接查看培训详情,欢迎参加和相互转告!

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
楼主: sobereva

[molclus] 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

  [复制链接]

88

帖子

0

威望

1941

eV
积分
2029

Level 5 (御坂)

发表于 2020-3-29 21:01:59 | 显示全部楼层
本帖最后由 mutron 于 2020-3-30 01:47 编辑

编辑掉。。


犯了低级理解错误,需要“当发现文件名里面有crest字样的时候就会自动以crest_ensemble.xyz文件的格式来读取内容”,把含有crest的文件名写完整没问题了

44

帖子

2

威望

760

eV
积分
844

Level 4 (黑子)

大鸭鸭

发表于 2020-4-6 22:16:12 | 显示全部楼层
想问一下社长用xtb做半经验动力学的时候能不能像Gaussian跑admp一样设置初速度的方向?我看手册上面好像没有这个选项
The leaping arc at your finger
is my faith and will eliminate never
Only the railgun will live forever

2万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
65392

管理员

公社社长+计算化学玩家

 楼主| 发表于 2020-4-7 06:59:11 | 显示全部楼层
linqiaosong 发表于 2020-4-6 22:16
想问一下社长用xtb做半经验动力学的时候能不能像Gaussian跑admp一样设置初速度的方向?我看手册上面好像没 ...

先跑一下,产生mdrestart文件,然后再篡改mdrestart文件内容,通过restart=true来读入初速度(PS:ORCA的AIMD目前也得用这种做法)

例如
Clipboard01.png
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436。3号:764390338,合计8000人,讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

24

帖子

0

威望

1430

eV
积分
1454

Level 4 (黑子)

发表于 2020-6-6 15:41:44 | 显示全部楼层
请问,第一步,用xtb在GFN0-xTB下做动力学模拟,可不可以同时或者依次对多个化合物的xyz文件进行批量动力学模拟,分别形成多个结果文件?

2万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
65392

管理员

公社社长+计算化学玩家

 楼主| 发表于 2020-6-6 18:43:14 | 显示全部楼层
Evanwill 发表于 2020-6-6 15:41
请问,第一步,用xtb在GFN0-xTB下做动力学模拟,可不可以同时或者依次对多个化合物的xyz文件进行批量动力学 ...

如果有明确目的,可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436。3号:764390338,合计8000人,讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

73

帖子

0

威望

2615

eV
积分
2688

Level 5 (御坂)

发表于 2020-6-13 05:23:13 | 显示全部楼层
表示构象差别的overlay diagram是用什么软件做的?谢谢

2万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
65392

管理员

公社社长+计算化学玩家

 楼主| 发表于 2020-6-13 22:07:30 | 显示全部楼层
scf 发表于 2020-6-13 05:23
表示构象差别的overlay diagram是用什么软件做的?谢谢

在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436。3号:764390338,合计8000人,讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

73

帖子

0

威望

2615

eV
积分
2688

Level 5 (御坂)

发表于 2020-6-14 04:10:02 | 显示全部楼层
thanks

101

帖子

0

威望

653

eV
积分
754

Level 4 (黑子)

发表于 2020-6-25 21:43:15 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-6-13 22:07
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290(http://bbs.keinsci.c ...

老师,您好,在用XTB对14元大环柔性体系做构象搜索时,初始由chemdraw画的结构,弄成初始结构,进行构象搜索,得到的构象优化后与单晶差别很大;400~1000K中尝试不同温度,还是没有搜到与单晶相似的构象。
因为有多个14元的大环柔性化合物,仅有其中的1个有单晶数据,因此,以有单晶数据结构的化合物为参照,检测XTB做构象搜索方法的可靠性,尝试多种条件,终未搜索到与单晶相似的构象。

请问老师,xtb有没有适合大环柔性体系构象搜索的条件?
TIM图片20200625213007.jpg
终日寻春不见春
芒鞋踏破岭头云
归来偶把梅花嗅
春在枝头已十分

689

帖子

2

威望

1615

eV
积分
2344

Level 5 (御坂)

发表于 2020-6-25 21:48:29 | 显示全部楼层
欢乐多 发表于 2020-6-25 21:43
老师,您好,在用XTB对14元大环柔性体系做构象搜索时,初始由chemdraw画的结构,弄成初始结构,进行构象 ...

上面整个流程计算的本身就不是凝聚相的结构,但是单晶是凝聚相。你看看有没有可能是这个原因。

101

帖子

0

威望

653

eV
积分
754

Level 4 (黑子)

发表于 2020-6-25 23:41:34 | 显示全部楼层
snljty 发表于 2020-6-25 21:48
上面整个流程计算的本身就不是凝聚相的结构,但是单晶是凝聚相。你看看有没有可能是这个原因。

凝聚相是怎么回事?高斯可以体现凝聚相吗?
终日寻春不见春
芒鞋踏破岭头云
归来偶把梅花嗅
春在枝头已十分

703

帖子

1

威望

839

eV
积分
1562

Level 5 (御坂)

喵星人

发表于 2020-6-27 00:36:25 | 显示全部楼层
欢乐多 发表于 2020-6-25 21:43
老师,您好,在用XTB对14元大环柔性体系做构象搜索时,初始由chemdraw画的结构,弄成初始结构,进行构象 ...

无论用Gaussian还是xtb等优化构型的时候都是游离的分子,即在真空/溶剂中进行的,而在晶体中,分子构象明显会受到相邻其他分子的相互作用,可能包括氢键,pi-pi堆积等等,所以晶体中的构象在游离态中未必是稳定的。搜索不到晶体的构象是很正常的。

评分

参与人数 1eV +5 收起 理由
欢乐多 + 5 正解

查看全部评分

2万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
65392

管理员

公社社长+计算化学玩家

 楼主| 发表于 2020-6-27 01:10:52 | 显示全部楼层
欢乐多 发表于 2020-6-25 21:43
老师,您好,在用XTB对14元大环柔性体系做构象搜索时,初始由chemdraw画的结构,弄成初始结构,进行构象 ...

晶体环境对于这种高度柔性的分子构象影响是相当大的
真空下模拟不可能指望得到和晶体中完全一样的结构

评分

参与人数 1eV +5 收起 理由
欢乐多 + 5 谢谢

查看全部评分

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436。3号:764390338,合计8000人,讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

101

帖子

0

威望

653

eV
积分
754

Level 4 (黑子)

发表于 2020-6-27 09:33:44 | 显示全部楼层
本帖最后由 欢乐多 于 2020-6-27 09:45 编辑
喵星大佬 发表于 2020-6-27 00:36
无论用Gaussian还是xtb等优化构型的时候都是游离的分子,即在真空/溶剂中进行的,而在晶体中,分子构象明 ...

好的,老师,感谢回复!老师,如果用真空下进行团簇搜索,比如放进去2~4个分子,搜到的稳定构象与单晶团簇进行对比,是否有意义?
终日寻春不见春
芒鞋踏破岭头云
归来偶把梅花嗅
春在枝头已十分

703

帖子

1

威望

839

eV
积分
1562

Level 5 (御坂)

喵星人

发表于 2020-6-27 11:08:21 | 显示全部楼层
欢乐多 发表于 2020-6-27 09:33
好的,老师,感谢回复!老师,如果用真空下进行团簇搜索,比如放进去2~4个分子,搜到的稳定构象与单晶团 ...

没有,单晶结构就是只有在无限重复的情况下成立的。只有几个分子连完整的晶胞都构建不出来。
一般来说只有像蛋白,MOF(按团簇处理)之类分子内相互作用很强的,远远强于分子间作用的物种,在溶液中的结构会和晶体基本一致。
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )

GMT+8, 2021-4-11 18:43 , Processed in 0.195238 second(s), 26 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表