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楼主: sobereva

[molclus] 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

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发表于 2020-6-27 13:18:46 | 显示全部楼层
本帖最后由 欢乐多 于 2020-6-27 13:57 编辑
喵星大佬 发表于 2020-6-27 11:08
没有,单晶结构就是只有在无限重复的情况下成立的。只有几个分子连完整的晶胞都构建不出来。
一般来说只 ...

好的,老师,感谢回复!
那么我可以从晶胞中抠出来几个分子,计算分析分子间相互作用(Hirshfeld surface),还可以用Multiwfn去考察晶体的哪些特征能够使研究充实有意义?读文献不多,文献很少有拿晶体结构讨论的?
化合物好不容易出了单晶,怎么能充分让量化计算与实验单晶数据有机结合起来,充实一下实验内容。
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 楼主| 发表于 2020-6-29 01:30:12 | 显示全部楼层
欢乐多 发表于 2020-6-27 13:18
好的,老师,感谢回复!
那么我可以从晶胞中抠出来几个分子,计算分析分子间相互作用(Hirshfeld surfac ...

研究分子单体间的弱相互作用,参考
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html
使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算
http://sobereva.com/526http://bbs.keinsci.com/thread-15902-1-1.html

还可以通过IGM方法可视化,与Hirshfeld surface分析有一定互补性
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html

还可以考察晶体中的孔洞
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sobereva.com/539http://bbs.keinsci.com/thread-16491-1-1.html

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发表于 2020-6-30 14:31:50 | 显示全部楼层
看了一下CREST的介绍,流程上虽然作者尽量自动化了,但感觉还是不如molclus简单粗暴。对于最后利用CREST的技巧,molclus里也可以实现一下吧,这样就可以省着再调用crest了

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发表于 2020-6-30 21:43:51 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-6-29 01:30
研究分子单体间的弱相互作用,参考
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/44 ...

感谢老师回复,准备充分利用Mutiwfn充实一下文章内容。
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 楼主| 发表于 2020-6-30 21:46:06 | 显示全部楼层
tjuptz 发表于 2020-6-30 14:31
看了一下CREST的介绍,流程上虽然作者尽量自动化了,但感觉还是不如molclus简单粗暴。对于最后利用CREST的 ...

这点我也考虑过,现在没时间弄
crest虽然精密,但实际效果上反倒经常不如来简单的方法好,而且整个流程可控性差,过于黑箱,不如用molclus放心
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发表于 2020-7-2 14:14:39 | 显示全部楼层
sob老师,跑完动力学以后,出现以下情形是否会漏掉极小值点。
1.用gfn 0几何优化,出现“原本应该有的极小值点,在gfn 0或者gfn 2的势能面中不存在此极小值点”
2.两个极小值点的坐标接近,且能量相差不大时,把两个结构并入1个cluster的。

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 楼主| 发表于 2020-7-3 02:11:33 | 显示全部楼层
ldatea 发表于 2020-7-2 14:14
sob老师,跑完动力学以后,出现以下情形是否会漏掉极小值点。
1.用gfn 0几何优化,出现“原本应该有的极小 ...

1 可能会。但这不是大问题。重要的极小点几乎一定能被GFN-xTB所描述出来,要漏掉也是一些很浅、化学意义不强的极小点。

2 只要阈值不是特别宽就不用担心这个
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发表于 2020-7-3 18:03:51 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-7-3 02:11
1 可能会。但这不是大问题。重要的极小点几乎一定能被GFN-xTB所描述出来,要漏掉也是一些很浅、化学意义 ...

谢谢sob老师

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发表于 2020-7-8 20:53:25 | 显示全部楼层
创建一个含有xtb的MD任务设置的文件md.inp,内容如下,双斜杠后面的是注释。
$md
   temp= 400  //温度(K)
   time= 100.0  //模拟的总时间(ps)
   dump= 50.0  //每多少fs往轨迹文件里写入一次
   step=  1.0  //步长(fs)
   hmass=1  //氢原子的质量是实际的多少倍
   shake=1  //将与氢有关的化学键距离都用SHAKE算法约束住
$end
我打算使用社长的方法搜索离子液阴阳离子对的2、4、6、8、10聚体的构象。
问题:
1、temp该如何选择?有没有判定标准?
2、time该如何选择?有没有判定标准?

谢谢!

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 楼主| 发表于 2020-7-9 07:00:01 | 显示全部楼层
hzfish 发表于 2020-7-8 20:53
创建一个含有xtb的MD任务设置的文件md.inp,内容如下,双斜杠后面的是注释。
$md
   temp= 400  //温度(K ...

没有什么标准。400应该合理,先跑跑,不合适再说
模拟时间越长,构型空间采样越充分,最终得到能量最低构象的几率越高。设多大和体系,以及对结果靠谱程度的要求有关。100 ps一般够了,但对于n聚体,n越大时理应设得越大
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发表于 2020-7-9 20:25:44 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-7-9 07:00
没有什么标准。400应该合理,先跑跑,不合适再说
模拟时间越长,构型空间采样越充分,最终得到能量最低 ...

谢谢社长!

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发表于 2020-7-12 22:31:52 | 显示全部楼层
老师,请教一个问题。我尝试在md.inp里面加入限制性的约束(例如下面的形式),对于MD过程好像并不起作用。请问有没有方法能在MD中实现这种键长键角等的限制性约束?谢谢老师。
$constrain
   distance: 1,2,1.4
   angle: 5,7,8,auto
   dihedral: 3,4,1,7,180
$end

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 楼主| 发表于 2020-7-13 10:25:29 | 显示全部楼层
yyyyss11 发表于 2020-7-12 22:31
老师,请教一个问题。我尝试在md.inp里面加入限制性的约束(例如下面的形式),对于MD过程好像并不起作用。 ...

没办法
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发表于 2020-7-13 13:40:33 | 显示全部楼层

好的,谢谢老师

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发表于 2020-7-18 04:30:39 | 显示全部楼层
yyyyss11 发表于 2020-7-12 22:31
老师,请教一个问题。我尝试在md.inp里面加入限制性的约束(例如下面的形式),对于MD过程好像并不起作用。 ...

试了一下ORCA里面做MD可以固定住一个二面角,所以应该没问题可以去试一下,ORCA的MD有更丰富的选项。至少之前试过做一个小分子显式溶剂的MD可以把溶质分子完全固定住,用regions或者constraint(10^-2 pm for distances, and 10^-4 degree for angles and dihedral angles)都可以,xtb没有办法在做MD的时候exact fixing
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