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楼主: sobereva

[molclus] 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

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 楼主| 发表于 2020-11-11 22:46:46 | 显示全部楼层
CYQ@ 发表于 2020-11-11 10:27
社长,我想请教一下,我用xtb跑动力学然后优化的构相,在用gaussian优化和算单点能之前,能够通过vmd自己 ...

如果你相信自己的直觉,在molclus的settings.ini里设置ngeom,直接设置想要考虑的帧的序号就完了,非常灵活
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发表于 2020-11-12 09:39:45 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-11-11 22:46
如果你相信自己的直觉,在molclus的settings.ini里设置ngeom,直接设置想要考虑的帧的序号就完了,非常灵 ...

好的,谢谢sob老师

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发表于 2020-11-14 10:14:19 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-11-11 22:46
如果你相信自己的直觉,在molclus的settings.ini里设置ngeom,直接设置想要考虑的帧的序号就完了,非常灵 ...

sob老师,我想请教一下,因为我下载的是xtb6.3.3版本。那它调用gfn2优化时加入的隐式水溶剂命令,由--gbsa h2o是要换成--alpb water吗?

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 楼主| 发表于 2020-11-14 23:42:49 | 显示全部楼层
CYQ@ 发表于 2020-11-14 10:14
sob老师,我想请教一下,因为我下载的是xtb6.3.3版本。那它调用gfn2优化时加入的隐式水溶剂命令,由--gbs ...

我对alpb持保留意见。虽然原理上比GBSA更好,但xtb里面的实现效果如何、有没有bug我不清楚。最好Grimme发表一篇对于GFN-xTB用的溶剂模型的专门测试文章讨论这个事情
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发表于 2020-12-12 17:07:56 | 显示全部楼层
请教社长:xtb成功安装后,如何再调用crest模块呢?
解压crest.tar后,得到了一个名为crest的文件,执行example-0报错“Cannot find crest binary. Exit.”
不知在.bashrc中添加crest需要输入什么命令。

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 楼主| 发表于 2020-12-13 04:39:50 | 显示全部楼层
CCmaters 发表于 2020-12-12 17:07
请教社长:xtb成功安装后,如何再调用crest模块呢?
解压crest.tar后,得到了一个名为crest的文件,执行ex ...

我不知道你说的example-0指什么
该说的帖子里都说了,根本不需要安装,直接写crest可执行文件路径就能跑
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发表于 2020-12-15 14:17:41 | 显示全部楼层
本帖最后由 compXB 于 2020-12-15 15:20 编辑

社长你好,用xtb进行md时用参数 --gfn 0会有如下报错,换成1或2就不会有报错

########################################################################
[ERROR] Program stopped due to fatal error
-3- Could not setup parameterisation
-2- main_setup_newCalculator: Could not construct new calculator
-1- main_setup_newXTBCalculator: Parameter file param_gfn0-xtb.txt not found!
########################################################################
abnormal termination of xtb


这个问题已在另一个帖子中解决了:
[xtb] 求助xtb的安装和使用
http://bbs.keinsci.com/thread-19068-1-1.html

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发表于 2020-12-15 15:25:45 | 显示全部楼层
请教社长:没有gaussian,第四步中涉及到gaussian的怎么用orca代替?

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 楼主| 发表于 2020-12-16 01:52:29 | 显示全部楼层
compXB 发表于 2020-12-15 15:25
请教社长:没有gaussian,第四步中涉及到gaussian的怎么用orca代替?

看此文了解ORCA基本使用常识,知道怎么写基本的关键词,自然就知道了
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html
基于ORCA量子化学程序对分子做优化、振动分析、观看红外光谱、观看轨道的简单演示
https://www.bilibili.com/video/av59599938
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发表于 2020-12-16 10:31:26 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-12-16 01:52
看此文了解ORCA基本使用常识,知道怎么写基本的关键词,自然就知道了
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序 ...

谢谢社长,我去研读一下这两篇教程

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发表于 2020-12-24 22:15:07 | 显示全部楼层
本帖最后由 函数与激情 于 2020-12-24 22:18 编辑

Sob老师您好,在此请教一个xtb跑BOMD的关键词,在本文中采取了shake算法约束了与氢相关的化学键,且shake约束是默认开启的。之前没有跑过MD,对此关键词不太了解,对于我的体系(近100原子过渡金属体系)在BOMD过程中关闭shake约束结果更好,我看您的另外一篇orca相关的AIMD贴中也没有涉及到shake算法,所以我想知道在跑MD中关闭此关键词是否可以呢?另外,开启或关闭shake约束哪种情况更加接近真实的环境呢?

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 楼主| 发表于 2020-12-25 04:52:31 | 显示全部楼层
函数与激情 发表于 2020-12-24 22:15
Sob老师您好,在此请教一个xtb跑BOMD的关键词,在本文中采取了shake算法约束了与氢相关的化学键,且shake约 ...

看你用的步长。常温下模拟,通常>=2 fs才需要开SHAKE避免氢的振动导致动力学不稳定
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发表于 2020-12-25 07:44:02 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-12-25 04:52
看你用的步长。常温下模拟,通常>=2 fs才需要开SHAKE避免氢的振动导致动力学不稳定

我用的步长是1fs,十分感谢sob老师。

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 楼主| 发表于 2020-12-26 05:33:20 | 显示全部楼层
函数与激情 发表于 2020-12-25 07:44
我用的步长是1fs,十分感谢sob老师。

完全没必要SHAKE,除非是很高温时原子运动很快
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发表于 2021-1-13 18:43:29 | 显示全部楼层
卢老师,Molclus文件夹里的settings.ini设定了freeze冻结的原子序数;在后续计算过程中采用xtb计算,并且结合crest,那么在优化过程中freeze设定的原子是否是冻结了呢
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