使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

tianyongpan · 发表于 Post on 2021-1-13 18:43:29

卢老师，Molclus文件夹里的settings.ini设定了freeze冻结的原子序数；在后续计算过程中采用xtb计算，并且结合crest,那么在优化过程中freeze设定的原子是否是冻结了呢

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-15 08:03:12

tianyongpan 发表于 2021-1-13 18:43
卢老师，Molclus文件夹里的settings.ini设定了freeze冻结的原子序数；在后续计算过程中采用xtb计算，并且结 ...

直接用molclus调用xtb才起效

tianyongpan · 发表于 Post on 2021-1-15 10:08:54

sobereva 发表于 2021-1-15 08:03
直接用molclus调用xtb才起效

也就是说./crest -mdopt traj.xyz -gfn0 -opt -chrg 1 -uhf 0，这种调用方式是没有办法固定某些原子不动的，这么理解可对？

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-16 01:30:30

tianyongpan 发表于 2021-1-15 10:08
也就是说./crest -mdopt traj.xyz -gfn0 -opt -chrg 1 -uhf 0，这种调用方式是没有办法固定某些原子不动 ...

显然不起效，根本没有任何选项和设置在这里体现了要冻结原子

tianyongpan · 发表于 Post on 2021-1-24 17:42:21

sobereva 发表于 2021-1-16 01:30
显然不起效，根本没有任何选项和设置在这里体现了要冻结原子

./crest -mdopt traj.xyz md.inp -gfn0 -opt -chrg 1 -uhf 0 这个命令可否实现的固定序号为1的原子。md.inp的内容是$fix atoms:1 force constant=0 $end

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-26 19:27:41

tianyongpan 发表于 2021-1-24 17:42
./crest -mdopt traj.xyz md.inp -gfn0 -opt -chrg 1 -uhf 0 这个命令可否实现的固定序号为1的原子。md.i ...

xtb目前的MD不支持冻结

linxuhuizj · 发表于 Post on 2021-1-26 20:35:08

谢谢分享

elvisng · 发表于 Post on 2021-3-18 12:43:18

如果我想固定某些原子来跑动力学, 不知道 xtb 能否做到? (因为想对过渡态的构型取样, 但是又不是单纯的键转动, 可能有环反转等等) 或者最简单的方法是什么？

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-19 18:24:43

elvisng 发表于 2021-3-18 12:43
如果我想固定某些原子来跑动力学, 不知道 xtb 能否做到? (因为想对过渡态的构型取样, 但是又不是单纯的键转 ...

xtb的MD不支持固定原子（至少对6.3版而言。6.4没测试过）

wangchunchun · 发表于 Post on 2021-3-29 09:09:24

sob老师您好我看到第三步是用Molclus调用xtb在GFN2-xTB结合隐式水模型下做批量优化请问如果我是做气相状态下的话可不可以不加溶剂直接用这个计算crest -mdopt traj.xyz -gfn2 -opt normal -niceprint

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-29 18:05:57

wangchunchun 发表于 2021-3-29 09:09
sob老师您好我看到第三步是用Molclus调用xtb在GFN2-xTB结合隐式水模型下做批量优化请问如果我是做气 ...

可

jingsi · 发表于 Post on 2021-4-1 16:02:41

老师，提取前3低能量结构去Shermo里计算后得到的分布比例与文章给出的isostat里排序后得到的构象分布不同；做这样的构象搜索后，若要增加平均光谱的绘制，选择哪一种分布比例合适些？

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-1 16:19:01

jingsi 发表于 2021-4-1 16:02
老师，提取前3低能量结构去Shermo里计算后得到的分布比例与文章给出的isostat里排序后得到的构象分布不同； ...

如果当前isostat是基于电子能量算的分布概率，明显不如通过Shermo算出来的自由能得到的波尔兹曼分布概率合理。用电子能量算的分布概率只是一个很糙的近似，只是便于筛选过程而已。

jingsi · 发表于 Post on 2021-4-1 20:02:19

sobereva 发表于 2021-4-1 16:19
如果当前isostat是基于电子能量算的分布概率，明显不如通过Shermo算出来的自由能得到的波尔兹曼分布概率 ...

谢谢，这个isostat的分布比例是本篇博文里第四步高精度自由能计算后的

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-2 03:30:13

jingsi 发表于 2021-4-1 20:02
谢谢，这个isostat的分布比例是本篇博文里第四步高精度自由能计算后的

按照第四节isostat给出的也能用，不过靠Shermo可以用更好的模型（quasi-RRHO），而且溶解自由能最佳的计算级别是M05-2X/6-31G*，这些因素都会带来差异

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