小分子溶剂进行能量最小化时结构分解

archer · 发表于 Post on 2020-2-19 10:48:53

使用AmberTools+ACPYPE+Gaussian创建小分子GAFF力场的拓扑文件，模拟大分子在该溶液中的效应。产生溶剂的拓扑文件如下：
[ defaults ]
; nbfunc       comb-rule    gen-pairs    fudgeLJ fudgeQQ

[ atomtypes ]
;name bond_type    mass    charge ptype sigma       epsilon    Amb

[ moleculetype ]
;name          nrexcl

[ atoms ]
; nr  type  resi  res  atom  cgnr    charge    mass    ; qtot bond_type

[ bonds ]
; ai    aj funct r          k

[ pairs ]
; ai    aj funct

[ angles ]
; ai    aj    ak funct theta       cth

[ dihedrals ] ; propers
; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
; i    j    k    l func phase    kd    pn

[ dihedrals ] ; propers
; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
; i    j    k    l func phase    kd    pn

[ molecules ]
; Compound       nmols

直接使用会出现错误，删去[defaults]和[atomtypes]解决问题。通过该方法创建的拓扑文件是否只能用于GAFF力场？

接下来能量最小化时，溶剂结构发生了分解，可能的原因是什么？

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-19 12:28:09

我不知道你说的出现错误具体指什么，需要写清楚报错提示，要么把完整的top和其中引入的itp给出

acpype主要用于产生GAFF力场下的拓扑文件。Gaussian在你的过程中起到的作用没交代清楚。

archer · 发表于 Post on 2020-2-19 13:16:37

sobereva 发表于 2020-2-19 12:28
我不知道你说的出现错误具体指什么，需要写清楚报错提示，要么把完整的top和其中引入的itp给出

acpype主 ...

sob老师您好！Gaussian是用于RESP电荷的拟合。跑em没有报错，但是优化出的溶剂分子结构发生剧烈变化，显然不合理。

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-19 13:18:43

Gaussian本身算不了RESP电荷，必须结合Multiwfn才能实现
你先在真空下跑个MD，确认没问题再弄到溶剂环境下
严重扭曲要么是参数不合理，要么是拓扑关系不合理，要么top格式有问题

archer · 发表于 Post on 2020-2-20 11:55:37

sobereva 发表于 2020-2-19 13:18
Gaussian本身算不了RESP电荷，必须结合Multiwfn才能实现
你先在真空下跑个MD，确认没问题再弄到溶剂环境下 ...

sob老师，您好！我是用Gaussian结合ambertool算的RESP。在真空下，跑em结构没有问题。接下来跑NVT的时候，模拟时间超过300ps，有氢原子脱离出来。报错LINCS WARNING：relative constraint deviation after LINCS:。

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-21 19:41:39

archer 发表于 2020-2-20 11:55
sob老师，您好！我是用Gaussian结合ambertool算的RESP。在真空下，跑em结构没有问题。接下来跑NVT的时候 ...

步长改小一倍再试。且初始温度从0K缓慢升温

有时候由于力场参数不合适，可能导致诸如正负电荷吸引太强，局部结构扭曲太大导致崩溃，需要反复尝试、调节弄清楚原因

archer · 发表于 Post on 2020-2-21 23:48:04

sobereva 发表于 2020-2-21 19:41
步长改小一倍再试。且初始温度从0K缓慢升温

有时候由于力场参数不合适，可能导致诸如正负电荷吸引太强 ...

好的，谢谢老师！

archer · 发表于 Post on 2020-2-26 11:26:21

sobereva 发表于 2020-2-21 19:41
步长改小一倍再试。且初始温度从0K缓慢升温

有时候由于力场参数不合适，可能导致诸如正负电荷吸引太强 ...

sob老师，您好！我想再向您请教一个问题。我的溶剂分子带有-OH是亲水的，在水环境进行MD模拟时，溶剂分子聚集在一起，这样是正常的吗? 我记得亲水分子在水溶液中应该分散，而不是聚在一起。

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-26 19:49:56

archer 发表于 2020-2-26 11:26
sob老师，您好！我想再向您请教一个问题。我的溶剂分子带有-OH是亲水的，在水环境进行MD模拟时，溶剂分子 ...

应该分散。这个模拟结果应当和用的原子电荷关系极大

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