运行discovery studio的脚本，出现错误

zyj19831206 · 发表于 Post on 2020-2-19 17:48:54

运行discovery studio的帮助文件里面的脚本，这里面的pdburlprefix到底该怎么改，才不会出现那个错误？在edit->preference里面修改了url的第一项再运行脚本貌似还是没用？请高手赐教。

robert2005 · 发表于 Post on 2020-2-20 17:22:44

zsu007 · 发表于 Post on 2020-2-20 17:30:17

楼主可以自行到RCSB网站(http://www.rcsb.org/ ) 输入pdb code搜索、直接下载好了。

zyj19831206 · 发表于 Post on 2020-2-20 18:16:45

本帖最后由 zyj19831206 于 2020-2-20 18:23 编辑

robert2005 发表于 2020-2-20 17:22
url没有修改对
应该是：
https://files.rcsb.org/download/@.pdb

我就是在preference里面修改url的第一个default pdb structure的,然后直接运行脚本的，是不是有时候跟网络网关有关系还是什么的？

zyj19831206 · 发表于 Post on 2020-2-20 18:17:16

zsu007 发表于 2020-2-20 17:30
楼主可以自行到RCSB网站(http://www.rcsb.org/ ) 输入pdb code搜索、直接下载好了。

下载完了，用my $infile导入吗?

zyj19831206 · 发表于 Post on 2020-2-20 21:12:13

robert2005 发表于 2020-2-20 17:22
url没有修改对
应该是：
https://files.rcsb.org/download/@.pdb

我就是按照您的意思修改的，但是运行help里的代码实例还是跟原来一样的错误。

robert2005 · 发表于 Post on 2020-2-21 17:10:04

你的设置参数和我这个不一样啊，不知你用的是哪个版本？

robert2005 · 发表于 Post on 2020-2-21 17:12:03

你用的是哪个API，我可以帮你看一下

zyj19831206 · 发表于 Post on 2020-2-21 17:12:40

robert2005 发表于 2020-2-21 17:10
你的设置参数和我这个不一样啊，不知你用的是哪个版本？

我的是ds2016啊，应该就是修改edit->preference的这个选项吧？

robert2005 · 发表于 Post on 2020-2-21 17:31:07

本帖最后由 robert2005 于 2020-2-21 17:47 编辑

CalculateAllProteinAlignmentRmsd function哦，这个脚本啊

robert2005 · 发表于 Post on 2020-2-21 17:33:51

没有错误，可以正常运行。如果还是出现错误，可能是preference里面路径参数设置不对

robert2005 · 发表于 Post on 2020-2-21 17:37:00

本帖最后由 robert2005 于 2020-2-21 17:40 编辑

参数

robert2005 · 发表于 Post on 2020-2-21 17:43:08

2016年几个重要的公开的数据库的网址发生了变化，包括RCSB和BLAST等，所以路径需要更改正确才能运行脚本的。

zyj19831206 · 发表于 Post on 2020-2-21 17:46:00

本帖最后由 zyj19831206 于 2020-2-21 17:47 编辑

robert2005 发表于 2020-2-21 17:43
2016年几个重要的公开的数据库的网址发生了变化，包括RCSB和BLAST等，所以路径需要更改正确才能运行脚本的 ...

明白，多谢兄台。。这样改后，应该运行help里面的脚本遇到pdburlprefix就可以运行出来了吧。。。

robert2005 · 发表于 Post on 2020-2-21 17:49:05

路径对了，肯定没有问题。脚本应该没有问题，我运行过了，没有错误。

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