gromacs能量最小化出现问题！！

tjuchan · 发表于 Post on 2016-5-10 10:35:44

wbn 发表于 2016-5-9 22:49
可能npt的时间不够吧，密度来不及平衡，你才做了50 ps，太短了，至少得做几 ns 吧。先npt 再 nvt 是没问 ...

谢谢，我多试几次

xpyp · 发表于 Post on 2017-7-27 22:06:34

sobereva 发表于 2015-8-24 02:42
没有你的itp文件，但一看2.png就知道，绝对是苯的itp文件不对，氢原子都跑到苯环里面去了。
力场设定正常 ...

求教，在作酶－配体复合物的能量最小化，在Amber中经常采用的策略是：
1) 固定蛋白质和配体，仅优化溶剂和离子；
2)固定酶，优化配体，溶剂和离子
3)固定酶的主链，优化其它；
4)放开约束，作整体优化。
而在gmx中经常只做最后一步，是什么原因？
另外前三步带约束的优化，在gmx中如何实现呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-28 09:01:20

xpyp 发表于 2017-7-27 22:06
求教，在作酶－配体复合物的能量最小化，在Amber中经常采用的策略是：
1) 固定蛋白质和配体，仅优化溶剂 ...

amber教程里搞得过于复杂了，虽然那种做法很保险，但一般没必要那么啰嗦
gmx里用freeze可以冻结指定部分

yakun777 · 发表于 Post on 2020-3-2 21:41:23

水和苯的compressibility不一样，也许能改善计算得到的rho

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[GROMACS] gromacs能量最小化出现问题！！