求助QM/MM C-C键截断出现孤立原子的问题

hhhnano · 发表于 Post on 2020-2-23 13:05:59

本帖最后由 hhhnano 于 2020-2-23 13:08 编辑

我在用VMD划分QM/MM以便用AMBER进行MD模拟，在VMD种使用以下命令：

serial 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 712 713 714 715 716 717 718 719 720 721 722 723 724 725 1679 1680 1681 1682 1683 1684 1685 1686 1687 1688 1689 1692 1754 1755 1756 1757 1758 1759 1760 1761 1762 1763 1764 1765 1766 1767 1768 1771 2362 2363 2364 2365 2366 2367 2368 2369 2370 2371 2372 2373 2374 2375 2376 2377 2378 2379 2380 2381 2382 3414 4335 4336 4337 4338 4339 4340 4341 4342 4343 4344 4345 4346 4347 4348 24807 24808 24809 26163 26164 26165 32682 32683 32684

但是在C-C键截断处出现了孤立原子，不知如何去掉，非常感谢！

如TYR121,C-C键截断后，出现两个孤立原子，但在 serial 里面没有这两个原子序号，不应该出现孤立原子啊！

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2020-3-23 14:31:53

QM/MM计算的时候其实就是将你断裂后的高层加H补全的
大概就是H3C-CH3中的CC键作为高低层分界的话，高层并不是按照H3C-自由基而是CH4在计算
但你那个O是哪里来的我还真不知道，应该就是平衡用的虚拟原子，并不在实际的原子列表里，不影响结果

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