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[综合交流] Gaussian 16在虚拟机和WSL中的相对效率

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发表于 Post on 2020-2-26 03:04:44 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 pika02 于 2020-2-26 03:51 编辑

之前看到这帖子提到WSL中g16效率比VMWare的要高,那么跟实机比起来又如何呢?
折腾的心按捺不住,开始折腾。
测试的输入文件直接从这里弄的,核数改为16,内存16GB,加入freq关键词顺便做频率分析。
折腾平台是R9 3950x(已开虚拟化),B450芯片组,双通道DDR4 3200 32GB*2,PBO全自动档。散热用的是个凑合4管散热器,只能压个一百W出头。
系统为Ubuntu 18.04 LTS和Win10 Pro for Workstation,所用虚拟机为VMWare Workstation 15.5.1和Oracle VM VirtualBox 6.1.4,虚拟机中的Ubuntu均安装了客户端对应的增强软件。
g16版本为b.01(应该是sse4.2),顺便拿了g16w自取其辱了一番。

一图流:
TIM截图20200226011114.png
WSL效率确实不错,只损失了10%多点的性能;VB效率高于VM我也是没想到的(此外还跑了不同的几个文件,甚至掏出orca,VB都比VM快)。
这么看来,WSL非常适合个人工作站装个win10一边跑计算一边办公/聊qq的情况。WSL稳定性应该还行,用g16算东西我还没见过崩溃的情况。
槽点当然也有,按照社长博文设置了xtb后,export OMP_STACKSIZE=1000m这个环境变量会让g16直接报错Error: specified stack size exceeds hard limit,而且WSL的默认账户无权执行ulimit -s unlimited,所以WSL下g16和xtb共存起来有点麻烦,干脆让xtb在root下面运行。
两个虚拟机也都有些问题。VB我14年那会用过,很不稳定,导致我现在都抱有不小的偏见;这次测试时也偶尔发生拖动复制文件失败(有时甚至让主机桌面上的图标无法拖动),或共享剪贴板失败的情况;VM相对稳一些,偶尔也有文件拖进去没反应的情况。还有一次我在VM下跑orca跑一半程序直接卡死了,不晓得是openmpi还是VM的问题。
至于Hyper-V,用着太蛋疼,一恼火卸了,干脆没测。


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exity + 5 谢谢!为了测试重灌操作系统也是真爱了。:D
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发表于 Post on 2020-2-26 09:52:26 | 显示全部楼层 Show all
用 g16w 真是自取其辱了

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发表于 Post on 2020-2-26 14:08:14 | 显示全部楼层 Show all
g16w这效率真的是没法看,另外用avx2版本的g16效率可能会更高的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-26 15:33:06 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 pika02 于 2020-2-26 15:53 编辑
biogon 发表于 2020-2-26 14:08
g16w这效率真的是没法看,另外用avx2版本的g16效率可能会更高的

我用avx2版本的g16 a.03跑了一晚上,考察不同核数下的并行效率。
结果一表流:
                                                

job
core
job cpu time / s
elapsed time / s
spd. vs. 1 core
eff. vs. 1 core
Ubuntu 18.04 LTS
g16 A.03 AVX2
opt
1
9733.8
9734.8
1.00
100.0%
2
9910.8
4956.3
1.96
98.2%
4
10271.8
2568.8
3.79
94.7%
8
11468.1
1434.7
6.79
84.8%
16
17079.0
1069.3
9.10
56.9%
freq
1
4597.1
4598.1
1.00
100.0%
2
4771.7
2386.4
1.93
96.3%
4
4977.9
1245.1
3.69
92.3%
8
5628.4
703.9
6.53
81.7%
16
9097.0
569.2
8.08
50.5%
total
1
14330.9
14332.9
1.00
100.0%
2
14682.5
7342.7
1.95
97.6%
4
15249.7
3813.9
3.76
94.0%
8
17096.5
2138.6
6.70
83.8%
16
26176.0
1638.5
8.75
54.7%

这速度就比上边的快多了,4核和8核的速度跟日本人拿3900x用c.01跑出来的也几乎55开,8核对4核的并行化效率分别为opt 1.79,freq 1.77。(16核下g16w的速度仅有现在的35%左右,尽情羞辱吧)

一图流:
g16a03avx2.png

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发表于 Post on 2020-2-28 09:25:35 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 Novice 于 2020-2-28 10:48 编辑

楼主在WSL中配置G16时是否遇到了执行chmod 750 -R *修改权限时无法进行的情况?
我现在就卡在这一步了,刚开始g16放在了C盘,后来考虑到系统盘可能出于安全问题不让改,放在d盘也不行。。。

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发表于 Post on 2020-2-28 10:51:05 | 显示全部楼层 Show all
Novice 发表于 2020-2-28 09:25
楼主在WSL中配置G16时是否遇到了执行chmod 750 -R *修改权限时无法进行的情况?
我现在就卡在这一步了,刚 ...

Step1 创建wsl.conf文件

在 /etc 目录下创建一个 wsl.conf 文件,添加以下配置:
  1. [automount]
  2. enabled = true
  3. options = "metadata,umask=22,fmask=11"
复制代码


Step2 在.bashrc中添加以下配置
  1. if [ "$(umask)" = "0000" ]; then
  2.   umask 0022
  3. fi
复制代码

再重复上述步骤,重新修改那些文件和文件夹的权限。
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计算化学路人甲

发表于 Post on 2020-2-28 13:13:57 | 显示全部楼层 Show all
冰释之川 发表于 2020-2-28 10:51
Step1 创建wsl.conf文件

在 /etc 目录下创建一个 wsl.conf 文件,添加以下配置:

多谢,我不知道为啥按照你的步骤做完还是不行,然后自己搜了一下,搜到了下面的网址:
http://zuyunfei.com/2018/06/15/file-system-configuration-in-wsl/

然后按照他的第一个手动配置的方法:
  1. sudo umount /mnt/c
  2. sudo mount -t drvfs C: /mnt/c -o metadata
复制代码
操作了一下之后就能正常改动了。

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发表于 Post on 2020-2-28 13:37:52 | 显示全部楼层 Show all
问一下你CPU跑高斯的时候多少度?主频维持多少?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-29 02:53:34 | 显示全部楼层 Show all
天道啊啊 发表于 2020-2-28 13:37
问一下你CPU跑高斯的时候多少度?主频维持多少?

我散热比较菜,PBO全auto的话一般能到80多度,4.0-4.1G

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-25 23:03:19 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 pika02 于 2020-3-25 23:04 编辑
Novice 发表于 2020-2-28 09:25
楼主在WSL中配置G16时是否遇到了执行chmod 750 -R *修改权限时无法进行的情况?
我现在就卡在这一步了,刚 ...

直接把g16整个目录拷到home下面再操作,让wsl更改你平时能看见的文件的权限可能会出魔幻问题,比如文件夹删不掉什么的

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发表于 Post on 2020-6-10 11:03:59 | 显示全部楼层 Show all
多谢楼主,直接上win版

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发表于 Post on 2021-6-18 05:00:48 | 显示全部楼层 Show all
汇报一下5900x的成绩:运行温度80度,平台:WSL2 ubuntu 20LTS;G16A03,AVX2,opt 1200.9s

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发表于 Post on 2021-6-18 15:19:12 | 显示全部楼层 Show all
liaibo 发表于 2021-6-18 05:00
汇报一下5900x的成绩:运行温度80度,平台:WSL2 ubuntu 20LTS;G16A03,AVX2,opt 1200.9s

你这个温度压得真好。
我这个5900x,B550主板。12核心跑起来4.4GHz, 水冷90度。 我做了一个大概的评测如图基本上可以看出来
1. WSL2相比WSL1还要慢些
2. WSL 还是比VMware效率高些
3. G16w A03 vs G16w C01速度上没区别。都很拉跨。有超线程加持也是虚拟机和WSL一半的速度。
评测.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-22 03:14:15 | 显示全部楼层 Show all
paramecium86 发表于 2021-6-18 15:19
你这个温度压得真好。
我这个5900x,B550主板。12核心跑起来4.4GHz, 水冷90度。 我做了一个大概的评测 ...

wsl2本质也是个hyperv虚拟机,比wsl慢点情有可原

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发表于 Post on 2021-7-31 10:22:35 | 显示全部楼层 Show all
paramecium86 发表于 2021-6-18 15:19
你这个温度压得真好。
我这个5900x,B550主板。12核心跑起来4.4GHz, 水冷90度。 我做了一个大概的评测 ...

后续锁全核后温度不到80了。。。wsl2就是有个问题,小键盘方向键经常和数字键冲突,不知道是不是ubuntu的问题

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