Gaussian 16在虚拟机和WSL中的相对效率

pika02

之前看到这帖子提到WSL中g16效率比VMWare的要高，那么跟实机比起来又如何呢？
折腾的心按捺不住，开始折腾。
测试的输入文件直接从这里弄的，核数改为16，内存16GB，加入freq关键词顺便做频率分析。
折腾平台是R9 3950x（已开虚拟化），B450芯片组，双通道DDR4 3200 32GB*2，PBO全自动档。散热用的是个凑合4管散热器，只能压个一百W出头。
系统为Ubuntu 18.04 LTS和Win10 Pro for Workstation，所用虚拟机为VMWare Workstation 15.5.1和Oracle VM VirtualBox 6.1.4，虚拟机中的Ubuntu均安装了客户端对应的增强软件。
g16版本为b.01（应该是sse4.2），顺便拿了g16w自取其辱了一番。

一图流：

WSL效率确实不错，只损失了10%多点的性能；VB效率高于VM我也是没想到的（此外还跑了不同的几个文件，甚至掏出orca，VB都比VM快）。
这么看来，WSL非常适合个人工作站装个win10一边跑计算一边办公/聊qq的情况。WSL稳定性应该还行，用g16算东西我还没见过崩溃的情况。
槽点当然也有，按照社长博文设置了xtb后，export OMP_STACKSIZE=1000m这个环境变量会让g16直接报错Error: specified stack size exceeds hard limit，而且WSL的默认账户无权执行ulimit -s unlimited，所以WSL下g16和xtb共存起来有点麻烦，干脆让xtb在root下面运行。
两个虚拟机也都有些问题。VB我14年那会用过，很不稳定，导致我现在都抱有不小的偏见；这次测试时也偶尔发生拖动复制文件失败（有时甚至让主机桌面上的图标无法拖动），或共享剪贴板失败的情况；VM相对稳一些，偶尔也有文件拖进去没反应的情况。还有一次我在VM下跑orca跑一半程序直接卡死了，不晓得是openmpi还是VM的问题。
至于Hyper-V，用着太蛋疼，一恼火卸了，干脆没测。

yygong

用 g16w 真是自取其辱了

biogon

g16w这效率真的是没法看，另外用avx2版本的g16效率可能会更高的

pika02

biogon 发表于 2020-2-26 14:08
g16w这效率真的是没法看，另外用avx2版本的g16效率可能会更高的

我用avx2版本的g16 a.03跑了一晚上，考察不同核数下的并行效率。
结果一表流：
                                                

	job	core	job cpu time / s	elapsed time / s	spd. vs. 1 core	eff. vs. 1 core
Ubuntu 18.04 LTS g16 A.03 AVX2	opt	1	9733.8	9734.8	1.00	100.0%
		2	9910.8	4956.3	1.96	98.2%
		4	10271.8	2568.8	3.79	94.7%
		8	11468.1	1434.7	6.79	84.8%
		16	17079.0	1069.3	9.10	56.9%
	freq	1	4597.1	4598.1	1.00	100.0%
		2	4771.7	2386.4	1.93	96.3%
		4	4977.9	1245.1	3.69	92.3%
		8	5628.4	703.9	6.53	81.7%
		16	9097.0	569.2	8.08	50.5%
	total	1	14330.9	14332.9	1.00	100.0%
		2	14682.5	7342.7	1.95	97.6%
		4	15249.7	3813.9	3.76	94.0%
		8	17096.5	2138.6	6.70	83.8%
		16	26176.0	1638.5	8.75	54.7%

这速度就比上边的快多了，4核和8核的速度跟日本人拿3900x用c.01跑出来的也几乎55开，8核对4核的并行化效率分别为opt 1.79，freq 1.77。（16核下g16w的速度仅有现在的35%左右，尽情羞辱吧）

一图流：

Novice

楼主在WSL中配置G16时是否遇到了执行chmod 750 -R *修改权限时无法进行的情况？
我现在就卡在这一步了，刚开始g16放在了C盘，后来考虑到系统盘可能出于安全问题不让改，放在d盘也不行。。。

冰释之川

Novice 发表于 2020-2-28 09:25
楼主在WSL中配置G16时是否遇到了执行chmod 750 -R *修改权限时无法进行的情况？
我现在就卡在这一步了，刚 ...

Step1 创建wsl.conf文件

在 /etc 目录下创建一个 wsl.conf 文件，添加以下配置：

1. [automount]
   
2. enabled = true
   
3. options = "metadata,umask=22,fmask=11"

复制代码

Step2 在.bashrc中添加以下配置

1. if [ "$(umask)" = "0000" ]; then
   
2.   umask 0022
   
3. fi

复制代码

再重复上述步骤，重新修改那些文件和文件夹的权限。

Novice

冰释之川 发表于 2020-2-28 10:51
Step1 创建wsl.conf文件

在 /etc 目录下创建一个 wsl.conf 文件，添加以下配置：

多谢，我不知道为啥按照你的步骤做完还是不行，然后自己搜了一下，搜到了下面的网址：
http://zuyunfei.com/2018/06/15/file-system-configuration-in-wsl/

然后按照他的第一个手动配置的方法：

1. sudo umount /mnt/c
   
2. sudo mount -t drvfs C: /mnt/c -o metadata

复制代码

操作了一下之后就能正常改动了。

天道啊啊

问一下你CPU跑高斯的时候多少度？主频维持多少？

pika02

天道啊啊 发表于 2020-2-28 13:37
问一下你CPU跑高斯的时候多少度？主频维持多少？

我散热比较菜，PBO全auto的话一般能到80多度，4.0-4.1G

pika02

Novice 发表于 2020-2-28 09:25
楼主在WSL中配置G16时是否遇到了执行chmod 750 -R *修改权限时无法进行的情况？
我现在就卡在这一步了，刚 ...

直接把g16整个目录拷到home下面再操作，让wsl更改你平时能看见的文件的权限可能会出魔幻问题，比如文件夹删不掉什么的

gozxc

多谢楼主，直接上win版

liaibo

汇报一下5900x的成绩：运行温度80度，平台：WSL2 ubuntu 20LTS；G16A03,AVX2，opt 1200.9s

paramecium86

liaibo 发表于 2021-6-18 05:00
汇报一下5900x的成绩：运行温度80度，平台：WSL2 ubuntu 20LTS；G16A03,AVX2，opt 1200.9s

你这个温度压得真好。
我这个5900x，B550主板。12核心跑起来4.4GHz， 水冷90度。 我做了一个大概的评测如图基本上可以看出来
1. WSL2相比WSL1还要慢些
2. WSL 还是比VMware效率高些
3. G16w A03 vs G16w C01速度上没区别。都很拉跨。有超线程加持也是虚拟机和WSL一半的速度。

pika02

paramecium86 发表于 2021-6-18 15:19
你这个温度压得真好。
我这个5900x，B550主板。12核心跑起来4.4GHz， 水冷90度。 我做了一个大概的评测 ...

wsl2本质也是个hyperv虚拟机，比wsl慢点情有可原

liaibo

paramecium86 发表于 2021-6-18 15:19
你这个温度压得真好。
我这个5900x，B550主板。12核心跑起来4.4GHz， 水冷90度。 我做了一个大概的评测 ...

后续锁全核后温度不到80了。。。wsl2就是有个问题，小键盘方向键经常和数字键冲突，不知道是不是ubuntu的问题