泛函选择

夏之心

Sob老师想请教您一个问题：我算的是分子筛体系（弱相互作用比较重要），打算用高斯oniom方法wb97xd（6-31G**）/pm6(体系含有原子为C、H、O、Si、Al和一个Ge，Ge用基组 lanl2dz）进行结构优化，用ORCA做单点计算。看到您的博客里file:///C:/Users/mahong/AppData/Local/Temp/%W@GJ$ACOF(TYDYECOKVDYB.pnghttp://sobereva.com/214有ORCA算弱作用的方法和基组推荐，基于我的体系打算使用“3 >150个原子：BLYP D3 GCP(DFT/TZ) def2-TZVP def2-TZVP/J”做单点计算（如果机时允许可能用“4 >60个原子：BLYP D3 def2-QZVPP(-g,-f) def2-QZVPP/J”），但是这样的话就不能保证优化和单点计算所用的泛函一致了，或者优化使用B3LYP/MNDO(我看文献经常这么组合)？或者您觉得该怎么办？

sobereva

优化本来就不需要和能量计算时的一致。
MNDO太太太太烂，绝对不要用它。六七十年代的半经验方法基本都是xxDO这种命名的，自从80年代中、后期有了PM3和AM1之后那些老半经验方法基本就没人用了，除了ZINDO算激发能现在还有人用。现在建议用PM7或者PM6-D3H4，弱相互作用后者更好点。

最好告诉我你的体系的化学组成，即每种元素各有多少个原子，以及计算条件，这样便于判断什么级别最合适。

夏之心

sobereva 发表于 2015-8-26 19:16
优化本来就不需要和能量计算时的一致。
MNDO太太太太烂，绝对不要用它。六七十年代的半经验方法基本都是xx ...

   我算的体系是Si、O分子筛，该团簇模型中含有一个Ge原子和一个Al原子，活性物种为C、H、O有机分子（如苯分子和甲醇分子发生甲基化反应），体系中共有420左右原子数。体系中含有原子数分别是1个Ge，一个Al，115个Si，196个O，11个C，97个H.我们有两个服务器配置分别是双路六核Intel(R) Xeon(R) CPU X5650 @ 2.67GHz,内存为24G和2 Cpus, Intel Xeon E5-2692 , with 12 cores on each other 3 MICs, Intel Xeon Phi , with 57 cores on each other      88GB total Memory.
    主要是计算反应路径，考察活化势垒及势能面情况。
    我记得看你的博客中好像提到过高斯中只有pm6吧？    希望Sob老师给我推荐合适的优化和单点计算的方法和基组，十分感谢！

sobereva

可以先用MOPAC2012的PM7优化一下，如果优化完了反倒看起来不合理就算了。ORCA里DFT优化可以用BLYP D3 GCP(DFT/SVP) def2-SV(P) def2-SVP/J。

如果反应只是发生在很局部的区域，可以ORCA优化之后再放回高斯里找过渡态走IRC（这比ORCA方便），计算的时候与反应区域比较远的原子可以干脆删了。ONIOM也是可以的。

夏之心

sobereva 发表于 2015-8-27 16:30
可以先用MOPAC2012的PM7优化一下，如果优化完了反倒看起来不合理就算了。ORCA里DFT优化可以用BLYP D3 GCP(D ...

    Sob老师现在我用高斯的ONIOM方法wb97xd（6-31G**）/pm6， Ge用lanl2dz，进行优化；想用orca  BLYP D3 GCP(DFT/TZ) def2-TZVP def2-TZVP/J 这个级别计算单点能，结合我上面给您发的我们的计算资源配置，您帮我看看这个优化和单点计算的方法和基组合适吗？或者在此基础上如何改进？（不希望老师推荐新的软件，感觉学软件很难需要花很长时间；而且我对orca的使用不熟悉，刚刚接触，就不打算用orca做结构优化了，就用高斯替代吧）

sobereva

夏之心 发表于 2015-8-27 21:09
Sob老师现在我用高斯的ONIOM方法wb97xd（6-31G**）/pm6， Ge用lanl2dz，进行优化；想用orca  BLYP D3 ...

可以。

不要惧怕学习新事物，何况orca关键词写起来不比高斯麻烦，做优化再写个opt就完事了，轨迹还能用VMD直接看。