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[波函数分析交流] JCIM上一篇通过分子表面静电势预测胺类的pKb的文章

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发表于 Post on 2020-3-4 06:25:24 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
今天看到J. Chem. Info. Model.上新出了一篇通过分子表面静电势极小点数值预测胺类的pKb的文章:Accurate Estimation of pKb Values for Amino Groups from Surface Electrostatic Potential (VS,min) Calculations. The Isoelectric Points of Amino Acids as a Case Study。其中对一级、二级、三级、四级胺都给出了预测公式,结果挺不错,尤其是一级胺,MAE只有0.121,与实验值R^2达到0.95。如果用常规的基于自由能的方式算,不仅耗时高,而且算到这种精度很不容易。文中的表面静电势极小点使用了Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)进行计算。使用这种方法进行预测非常容易且快捷。

文章地址:
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.9b01173

表面静电势预测pKb(JCIM,2020)-Accurate Estimation of pKb Values for Amino Groups .pdf (2.03 MB, 下载次数 Times of downloads: 148)

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发表于 Post on 2020-3-4 07:14:52 | 显示全部楼层 Show all
常规的TI方法可以自动对多构象进行加权考虑啊

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发表于 Post on 2020-3-4 09:49:42 | 显示全部楼层 Show all
wuzhiyi 发表于 2020-3-4 07:14
常规的TI方法可以自动对多构象进行加权考虑啊

但是现在的力场,尤其是fixed charge的力场算pka啥的精确度不可能太高。这是力场本身精确度的问题。对于小一点的分子,构象对pka影响也不一定很大

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发表于 Post on 2020-3-4 20:01:44 | 显示全部楼层 Show all
bobosiji 发表于 2020-3-4 09:49
但是现在的力场,尤其是fixed charge的力场算pka啥的精确度不可能太高。这是力场本身精确度的问题。对于 ...

小分子很多pka可以直接查 查不到直接测一下估计比算快
人们感兴趣的大部分不单有多构象,而且可能和溶剂有显著的相互作用。
这只能用fixed charged力场来做,但力场本身精度又有问题。
QM方法精度可以,但怎么找到在显性溶剂下的构象以及其自由能又是蛋疼的问题。

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发表于 Post on 2020-3-5 10:20:44 | 显示全部楼层 Show all
wuzhiyi 发表于 2020-3-4 20:01
小分子很多pka可以直接查 查不到直接测一下估计比算快
人们感兴趣的大部分不单有多构象,而且可能和溶剂 ...

用MD或者xtb跑构象,然后每个代表性的构象用QM算下pKa?

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发表于 Post on 2020-5-3 01:35:13 | 显示全部楼层 Show all
厉害了,确实Multiwfn算表面静电势真是又快又准

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