ATB产生的小分子拓扑文件格式只有.itp和.pdb，如何得到.gro文件

hddonghao · 发表于 Post on 2020-3-6 21:13:01

请问各位大神，我按照社长介绍的产生小分子拓扑文件的软件，挑选Automated Topology Builder（ATB，http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/）来进行一个小分子拓扑文件的构建。但是结果中只有.itp和.pdb格式的文件，无.gro格式的文件。在用GMX模拟蛋白和小分子的complex时，需要将小分子.gro文件中的坐标放置于蛋白的.gro文件中，但是ATB只产生了.itp和.pdb文件，我该怎样得到该小分子的.gro文件呢？
本人真的是小白，还望各位给予指导，非常感谢。

mol · 发表于 Post on 2020-3-6 21:22:43

gmx editconf -f xx.pdb -o xx.gro

snljty · 发表于 Post on 2020-3-6 21:23:34

VMD也可以把pdb转换成gro。都是结构文件。

hddonghao · 发表于 Post on 2020-3-6 21:52:28

mol 发表于 2020-3-6 21:22
gmx editconf -f xx.pdb -o xx.gro

非常感谢

，我试验了下果然可以，我还以为由于GMX不包含小分子力场的原因，无法用GMX将小分子的.pdb转化为.gro呢，涨知识了，再次感谢你。

hddonghao · 发表于 Post on 2020-3-6 21:53:53

snljty 发表于 2020-3-6 21:23
VMD也可以把pdb转换成gro。都是结构文件。

谢谢，谢谢，谢谢，重要事说三遍。我尝试了一下，也用VMD成功将.pdb转化为.gro了，谢谢你啦，学到知识了

freemangran · 发表于 Post on 2020-8-17 10:43:14

hddonghao 发表于 2020-3-6 21:53
谢谢，谢谢，谢谢，重要事说三遍。我尝试了一下，也用VMD成功将.pdb转化为.gro了，谢谢你啦，学到知识了: ...

前辈您好，我现在只有自己写的itp文件可以转成 gromacs能识别的格式然后放到盒子里面吗？

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[GROMACS] ATB产生的小分子拓扑文件格式只有.itp和.pdb，如何得到.gro文件

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