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[NAMD] 有大神知道如何在NAMD里计算溶液的粘度吗?

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发表于 Post on 2020-3-10 19:04:27 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
如题,求解!

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发表于 Post on 2020-3-10 23:45:25 | 显示全部楼层 Show all
搜索Green-Kubo公式,无数个paper可以教你

另外NAMD粘度似乎总是不准,Gromacs更可靠一些

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发表于 Post on 2020-3-11 11:21:14 | 显示全部楼层 Show all
GROMACS里用特有的周期扰动法算粘度是最佳选择之一
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-3-13 11:49:24 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2020-3-11 11:21
GROMACS里用特有的周期扰动法算粘度是最佳选择之一

老师,我采用周期性扰动法计算粘度时发现结果依赖于给的加速度,如果这个怎么知道指定的加速度是否合理呢?

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发表于 Post on 2020-3-13 18:21:55 | 显示全部楼层 Show all
realjun.zhou 发表于 2020-3-13 11:49
老师,我采用周期性扰动法计算粘度时发现结果依赖于给的加速度,如果这个怎么知道指定的加速度是否合理呢 ...

施加的加速度越小,计算得到的粘度越大。
粘度越低,粘度受加速度影响越小,但总是需要外推得到零加速度下的粘度。
以我的经验,对于大部分流体,可以计算0.01-0.04 nm/ps**2 加速度下的粘度,然后外推到零加速度。

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发表于 Post on 2020-3-14 09:42:38 | 显示全部楼层 Show all
ulosggs 发表于 2020-3-13 18:21
施加的加速度越小,计算得到的粘度越大。
粘度越低,粘度受加速度影响越小,但总是需要外推得到零加速度 ...

谢谢回复。我之前模拟聚合物在水溶液中的粘度时,加速度超过0.02 基本就不稳定了,而去掉加速度项一切正常。对于活性剂胶束体系也有这种问题,用较小的加速度才行,算出来的粘度值也不是很合理。

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发表于 Post on 2020-3-14 20:52:56 | 显示全部楼层 Show all
realjun.zhou 发表于 2020-3-14 09:42
谢谢回复。我之前模拟聚合物在水溶液中的粘度时,加速度超过0.02 基本就不稳定了,而去掉加速度项一切正 ...

高分子溶液的粘度用常规方法没法计算的。粘度主要取决于高分子链之间的交联,和小分子流体的粘度很不一样。

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发表于 Post on 2021-8-2 16:50:01 | 显示全部楼层 Show all
ulosggs 发表于 2020-3-13 18:21
施加的加速度越小,计算得到的粘度越大。
粘度越低,粘度受加速度影响越小,但总是需要外推得到零加速度 ...

我模拟一些烃类物质的粘度,加速度设置到0.001的时候粘度模拟值就已经比实验值要高得多了,再外推到0 得到的粘度只会更大,偏离实验值更多。   感觉这个周期微扰法引入的额外加速度都粘度影响太大了,请问一下gromacs有没有直接用平衡的green-kubo方法模拟粘度的教程啊

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