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楼主 Author: wwp
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[新手求助] 过渡态自由能能垒为负值求教

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发表于 Post on 2023-5-17 09:58:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wangyuxiao 于 2023-5-17 10:03 编辑
wzkchem5 发表于 2023-5-16 18:18
1. 说明吸附很少,不是不能吸附。另外注意反复确认你是不是已经穷尽了所有可能的吸附构型/吸附位点,并恰 ...
非常感谢老师耐心详细的回复。
1、我尝试了O2在表面的六种可能的吸附,只有两种吸附位点优化完后,O2与表面成键,一种O2分子的键长变为1.48埃,另一种优化完成后变为两个O原子。其余的吸附位点的O2远离表面,距离为3.2埃左右。老师所说的自旋多重度的设置,是在INCAR输入文件中吗,我之前好像没设置过
2、我看文献中没有利用吸附位点为正值进行后续反应路径计算的,所以不太确定这种吸附会不会被审稿人认可。

3、老师,我用vaspkit计算了一下700、800、900K下(实验上O2和表面的反应是在反应温度为500℃-700℃进行的),O2分子吸附在表面的优化后结构的自由能校正,发现G(T)随着温度的升高越来越负。老师单纯的G(T)为负可以说明O2分子可以吸附在表面吗?刚刚接触这部分内容,问题有点低级,还请老师指点一下。

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发表于 Post on 2023-5-17 10:03:40 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-5-16 18:18
1. 说明吸附很少,不是不能吸附。另外注意反复确认你是不是已经穷尽了所有可能的吸附构型/吸附位点,并恰 ...

非常感谢老师耐心详细的回复。
1、我尝试了O2在表面的六种可能的吸附,只有两种吸附位点优化完后,O2与表面成键,一种O2分子的键长变为1.48埃,另一种优化完成后变为两个O原子。其余的吸附位点的O2远离表面,距离为3.2埃左右。老师所说的自旋多重度的设置,是在INCAR输入文件中吗,我之前好像没设置过。
2、我看文献中没有利用吸附位点为正值进行后续反应路径计算的,所以不太确定这种吸附会不会被审稿人认可。
3、老师,我用vaspkit计算了一下700、800、900K下(实验上O2和表面的反应是在反应温度为500℃-700℃进行的),O2分子吸附在表面的优化后结构的自由能校正,发现G(T)随着温度的升高越来越负。老师单纯的G(T)为负可以说明O2分子可以吸附在表面吗?刚刚接触这部分内容,问题有点低级,还请老师指点一下。

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发表于 Post on 2023-5-17 10:04:19 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-5-16 18:18
1. 说明吸附很少,不是不能吸附。另外注意反复确认你是不是已经穷尽了所有可能的吸附构型/吸附位点,并恰 ...

非常感谢老师耐心详细的回复。
1、我尝试了O2在表面的六种可能的吸附,只有两种吸附位点优化完后,O2与表面成键,一种O2分子的键长变为1.48埃,另一种优化完成后变为两个O原子。其余的吸附位点的O2远离表面,距离为3.2埃左右。老师所说的自旋多重度的设置,是在INCAR输入文件中吗,我之前好像没设置过
2、我看文献中没有利用吸附位点为正值进行后续反应路径计算的,所以不太确定这种吸附会不会被审稿人认可。
3、老师,我用vaspkit计算了一下700、800、900K下(实验上O2和表面的反应是在反应温度为500℃-700℃进行的),O2分子吸附在表面的优化后结构的自由能校正,发现G(T)随着温度的升高越来越负。老师单纯的G(T)为负可以说明O2分子可以吸附在表面吗?刚刚接触这部分内容,问题有点低级,还请老师指点一下。

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发表于 Post on 2023-5-17 16:12:30 | 只看该作者 Only view this author
wangyuxiao 发表于 2023-5-17 03:04
非常感谢老师耐心详细的回复。
1、我尝试了O2在表面的六种可能的吸附,只有两种吸附位点优化完后,O2与 ...

1. 哦我没注意你是用VASP算的,那应该考虑磁矩。换句话说就是得确认一下氧气吸附以后是否还有单电子,如果有的话两个单电子的自旋是否仍然平行
2. 你看了多少篇文献?找100篇文献,肯定是有的。被审稿人质疑就引物化教材,说你算出来的是标准自由能而非自由能,只有自由能变大于0才是不能吸附,标准自由能变大于0不意味着不能吸附
3. G(T)不说明任何问题,只有吸附前后G(T)的变化才能说明问题。决定反应能否自发进行的是自由能在反应前后的变化,而非自由能本身,更不是自由能随温度的变化
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-5-17 17:41:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-5-17 16:12
1. 哦我没注意你是用VASP算的,那应该考虑磁矩。换句话说就是得确认一下氧气吸附以后是否还有单电子,如 ...

嗯嗯,非常感谢老师的回复。学到了很多知识,认识到自己对物化的知识欠缺很多。再次感谢老师的耐心的解答。

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