求助：能量最小化报错gro和top文件原子数量不匹配

王寓于 · 发表于 Post on 2020-3-24 22:10:57

我用packmol在盒子里添加了两种分子各300个，然后在top文件（molecule）一列中手动将两个分子的数量修改为300，pdb转成gro以后就书写mdp并使用grompp命令，然后报错gro和top文件原子数量不匹配，我算了一下gro文件里原子数目刚好是两种分子各300的原子数总和（167*300+98*300=79500），但top文件原子少了很多，只有58800个，请问是什么原因?

snljty · 发表于 Post on 2020-3-24 22:54:39

你的top文件怎么来的交代一下，会不会是联合原子的，手动对比一下不就知道了么..

王寓于 · 发表于 Post on 2020-3-24 23:56:53

两个分子的拓扑文件是用gmxtop生成的，top文件是我根据分子的拓扑文件书写的，应该不会有问题。

mol · 发表于 Post on 2020-3-25 09:50:42

仔细检查top文件include的itp文件里的原子数

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-25 14:46:33

看两种分子各自的[moleculetype]里的[atoms]中到底有多少个原子，是否和结构文件里的分子中的原子数对应

王寓于 · 发表于 Post on 2020-3-25 16:52:08

mol 发表于 2020-3-25 09:50
仔细检查top文件include的itp文件里的原子数

再请问一下sob老师，在生成拓扑文件以后是不是还需要用multiwfn计算电荷把拓扑文件里的电荷更新？因为我在用grompp命令时提示总电荷不为零，且差的比较多。

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-25 21:23:40

王寓于发表于 2020-3-25 16:52
再请问一下sob老师，在生成拓扑文件以后是不是还需要用multiwfn计算电荷把拓扑文件里的电荷更新？因为我 ...

如果你是指用Multiwfn计算了RESP电荷，要用于MD，肯定得手动把数值拷到[atoms]的原子电荷部分

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[GROMACS] 求助：能量最小化报错gro和top文件原子数量不匹配

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