求助，关于编写top文件出错的问题

xzb

本人是刚学gromacs一周的小白，按照http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=428&extra=&authorid=1&page=1中sob老师提到的利用ATB生成top文件的方法，将sob老师给的“两个完整的基于ATB产生的拓扑文件做小分子+水模拟的例子”中的cholesterol换成Cyclohexane后，在进行模拟“grompp -f em.mdp -c system.gro -p system.top -o em.tpr”这步时，系统提示错误‘错误信息为：
我写的top文件为：

我的chx.itp文件是放在桌面上的，不知道是哪里出了问题，希望各位老师能帮忙解答，谢谢！

snljty

检查你的chx.itp文件，看里面的[ moleculetype ]字段写的分子类型到底叫什么。把system.top的molecules字段的名字换成对应的。

xzb

snljty 发表于 2020-3-27 20:31
检查你的chx.itp文件，看里面的[ moleculetype ]字段写的分子类型到底叫什么。把system.top的molecules字段 ...

好的！十分感谢！！！