关于gromacs在超算使用，多核并行的概念！

tjuchan · 发表于 Post on 2015-9-2 11:59:56

请教一下大家，1、想在超算上进行多核的gromacs运算，向管理员咨询了一下，分单节点和跨节点。请问一下，一个节点多核是不是相当于一个CPU上的多个核心。我在脚本上这样写[“nodes=1:ppn=10”]那是不是相当于我申请单节点上的10个核心进行并运算？这样的话，gromacs只需要默认编译就行了，无需加上-enable-mpi了，因为看manual写着4.5版本后都可以采用-nt来使用多核心进行并行运算[-nt 8 -s topol.tpr就是采用8个核心]。
2、如果是跨节点的话，就需要进行并行版本的gromacs安装，这样理解对吗？
3、还有就是，假如我申请跨节点，那么脚本该怎么写呢？

sobereva · 发表于 Post on 2015-9-3 02:31:55

超算上选项具体怎么设还是得问管理员。一个节点多核就是一台机子上多个CPU（一般每个节点都是双CPU或四CPU）的核心一起跑。nodes=1应该是这样，默认方式编译就够了。

tjuchan · 发表于 Post on 2016-2-28 14:30:43

sobereva 发表于 2015-9-3 02:31
超算上选项具体怎么设还是得问管理员。一个节点多核就是一台机子上多个CPU（一般每个节点都是双CPU或四CPU ...

谢谢回复，按照您的建议修改了一下！

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