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[VMD] VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置

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发表于 Post on 2020-4-1 01:47:08 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置

文/Sobereva@北京科音  2020-Apr-1


VMD(http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/)是用得极为广泛的化学体系可视化程序,由于其极度灵活,有很多技巧可以使其用起来更方便。

VMD启动时会先用初始化文件对一些设置进行初始化,即执行里面的各种命令,用户也可以往里添加额外的命令。对于Windows版来说,这个文件就是VMD目录下的vmd.rc。对于Linux版来说,这个文件叫.vmdrc,VMD会先在当前目录下搜索,没有的话就去找~/.vmdrc,还没有的话去找$VMDDIR/.vmdrc(这里$VMDDIR环境变量是没有预先定义的),如果还找不到此文件,就会用默认设置。Linux下的.vmdrc文件是事先不存在的,一般都是在用户目录下自行创建。

在此我将我自己的初始化文件里的设置进行分享,其中额外添加的内容如下(放到原有内容后头即可)。下文的叙述是对撰文时最新版本VMD 1.9.3而言的。

mol default style {Lines 2.0}
display depthcue off
#color Display Background white
#axes location Off
display rendermode GLSL
display distance -8.0

proc bw {} {color Display Background white}
proc bb {} {color Display Background black}

user add key Right {animate next}
user add key Left {animate prev}
user add key Up {animate goto [expr $vmd_frame([molinfo top])+10]}
user add key Down {animate goto [expr $vmd_frame([molinfo top])-10]}
user add key b {mol bondsrecalc all; topo retypebonds}

proc bt {} {
global vmd_frame
trace variable vmd_frame([molinfo top]) w updatebond
}
proc updatebond {args} {
mol bondsrecalc all
topo retypebonds
}
proc bn {} {
global vmd_frame
trace vdelete vmd_frame([molinfo top]) w updatebond
}

proc fog {} {
display depthcue on
display cuemode Linear
display cuestart 1.75
display cueend 2.5
}

下面解释一下做这些设置有什么好处。

程序默认的显示方式是Lines,但是线的粗细太细,往往看不清楚,所以用mol default style {Lines 2.0}将默认的显示方式改为两倍粗细的Lines。

程序默认开着雾化,即让距离镜头越远的物体的颜色混入越多的背景色。这会导致在黑色背景下物体的颜色显得不够鲜艳,而在白色背景下物体又显得有点雾蒙蒙,因此用display depthcue off将雾化效果关掉。

#color Display Background white这行是被注释掉的。如果你想让VMD启动后默认就用白背景,就把#去掉。

#axes location Off这行也是被注释掉的,如果你想让VMD默认不显示坐标轴,就把#去掉。

VMD默认用称作Normal的Rendermode,但此时有些材质的显示效果很差,甚至Transparent材质根本没法正确显示出透明效果。因此通过display rendermode GLSL将默认的Rendermode设为效果好得多的GLSL。

有很多人肯定早已发现画面边缘的物体畸变得特别厉害,很难看。通过display distance -8.0语句可以充分避免。但导致一个问题就是原本在窗口左下方的坐标轴看不到了,需要坐标轴的时候可以选Display - Axes - Origin让坐标轴显示在窗口中央。

下面这两行是自定义命令。在VMD的文本窗口里输入bw(意为background white)就可以令背景立刻变为白的,输入bb就可以令背景立刻变为黑的,非常方便。
proc bw {} {color Display Background white}
proc bb {} {color Display Background black}


下面的内容是设置用户自定义快捷键。载入轨迹后,在图形窗口处于被激活的状态时(激活窗口就是鼠标点击这个窗口的意思),按左、右键就可以分别后退1帧、向前1帧,按上、下键就可以分别增加10帧、后退10帧。这使得观看轨迹方便很多。
user add key Right {animate next}
user add key Left {animate prev}
user add key Up {animate goto [expr $vmd_frame([molinfo top])+10]}
user add key Down {animate goto [expr $vmd_frame([molinfo top])-10]}


关于VMD判断原子间连接关系的问题我在《谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题》(http://sobereva.com/534)里有非常详细的说明。为了能很方便地让VMD对当前帧根据当前结构重新判断连接关系,增加了下面这句。图形窗口处于激活状态时按b键(意为bond)就能重新判断连接关系。
user add key b {mol bondsrecalc all; topo retypebonds}

如果想播放的时候实时自动更新连接关系,而不需要每次都按b键,靠以下语句可以实现。也就是定义了一个bt命令,如果在命令行窗口输入了bt,那么每当当前top体系的帧号发生了变化,就会调用updatebond命令自动来更新连接关系。这样做的代价就是对较大体系,每播放一帧都要根据距离重新判断连接关系,播放时会比较卡。
proc bt {} {
global vmd_frame
trace variable vmd_frame([molinfo top]) w updatebond
}
proc updatebond {args} {
mol bondsrecalc all
topo retypebonds
}


下面的内容定义bn命令。如果不想自动更新成键方式了,可以输入bn命令取消掉对帧号的跟踪即可。
proc bn {} {
global vmd_frame
trace vdelete vmd_frame([molinfo top]) w updatebond
}


雾化效果绝非毫无意义。只要恰当使用,就可以让近距离的物体完全不受影响,而让偏远的原子恰当地雾化,避免扰乱视觉、妨碍清楚地观看近距离的物体。下面的语句是自定义命令,只要在文本窗口输入fog,就可以打开雾化并且使用在我来看比较合适的雾化设置。如果觉得实际效果不好,需要进一步调节,可以用Display - Display Settings,修改里面的Cue Start和Cue End。
proc fog {} {
display depthcue on
display cuemode Linear
display cuestart 1.75
display cueend 2.5
}

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发表于 Post on 2020-4-1 02:57:56 | 显示全部楼层 Show all
咦?两个同名的bb命令会冲突吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-1 03:13:13 | 显示全部楼层 Show all
liyuanhe211 发表于 2020-4-1 02:57
咦?两个同名的bb命令会冲突吗?

是个bug,已改
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发表于 Post on 2020-4-1 10:27:14 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 snljty 于 2022-9-11 11:22 编辑

我的rc里面加了这样几个内容。
从Multiwfn里面提供的Tachyon渲染高质量图片的命令直接加到了vmd里。
比如
  1. proc Tach_MidShad {{graph_name vmdscene}} {
  2.     render Tachyon ${graph_name}.dat \
  3.     tachyon_WIN32.exe ${graph_name}.dat -format BMP -o ${graph_name}.bmp \
  4.     -trans_raster3d -res 1500 1500 -mediumshade -aasamples 24 -numthreads 2
  5. }
复制代码

然后用Tach_MidShad name就可以渲染成name.bmp。
加入了下列代码,在需要的时候用dump_view导出当前视图平移、旋转和缩放矩阵,然后拷贝下来,之后需要的时候用load_view再读取这个视图状态。
这对一系列相似结构,比如对于IRC每个点计算了某实空间函数的格点,想要批量作图,可以选择一个有代表性的结构,摆成合适的样子,导出视图状态,
自己保存下来,加入脚本,让vmd载入每一个文件时候都转成这个视图。
  1. set current_view {
  2.     {{1 0 0 0} {0 1 0 0} {0 0 1 0} {0 0 0 1}}
  3.     {{1 0 0 0} {0 1 0 0} {0 0 1 0} {0 0 0 1}}
  4.     {{0.322699 0 0 0} {0 0.322699 0 0} {0 0 0.322699 0} {0 0 0 1}}
  5. }

  6. proc dump_view {} {
  7.     global current_view
  8.     set current_view [molinfo top get {center_matrix rotate_matrix scale_matrix}]
  9.     puts $current_view
  10. }

  11. proc set_view {view} {
  12.     molinfo top set {center_matrix rotate_matrix scale_matrix} $view
  13. }

  14. proc body_diagonal_view {} {
  15.     # The rotation matrix is
  16.     # 1/sqrt(2)      0      1/sqrt(2)
  17.     # 1/sqrt(6)  2/sqrt(6) -1/sqrt(6)
  18.     # 1/sqrt(3)  1/sqrt(3)  1/sqrt(3)
  19.     display resetview
  20.     rotate x by 45
  21.     rotate y by [expr asin(sqrt(3)/3)/atan(1)*45]
  22.     rotate z by 30
  23. }
复制代码


后面加了两个命令,用来设置视角,以及在转成体对角线视角的。

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exity + 5 我个人还是习惯先tachyon渲染出dat文件,然.
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发表于 Post on 2020-4-1 18:43:08 | 显示全部楼层 Show all
SOB老师,有没有办法在vmd.rc文件里加入一些指令,使得三个窗口的初始大小和位置可以按需要设置呢?现在能查到的命令是诸如下面的:
display resize  500 500
display reposition  10  900
但是这两个命令设置的分别是OpenGL Display 窗口的大小和位置,其他两个窗口,尤其是Console窗口,完全没法自动设置(通过extensions - VMD Preference也没办法调节Console窗口)。现在只好每次打开程序都得手动调一调。
不知道SOB老师有没有办法。谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-4 05:13:13 | 显示全部楼层 Show all
wanlichuan 发表于 2020-4-1 18:43
SOB老师,有没有办法在vmd.rc文件里加入一些指令,使得三个窗口的初始大小和位置可以按需要设置呢?现在能 ...

从原理上来说,貌似不可能有办法
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发表于 Post on 2020-4-4 11:00:55 | 显示全部楼层 Show all
谢谢社长答复。为什么从原理上来说不可能通过vmd.rc来设置呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-6 20:30:23 | 显示全部楼层 Show all
wanlichuan 发表于 2020-4-4 11:00
谢谢社长答复。为什么从原理上来说不可能通过vmd.rc来设置呢?

那个窗口是windows创建的,而VMD Main、OpenGL窗口是VMD程序创建的
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发表于 Post on 2020-4-7 06:07:21 | 显示全部楼层 Show all
明白了,谢谢社长。

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发表于 Post on 2021-1-6 19:09:20 | 显示全部楼层 Show all
社长,这个设置对VMD1.9.4也是一样的吗?为什么修改了以后,输入相关命令都是invalid呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-7 00:24:34 | 显示全部楼层 Show all
annaqz 发表于 2021-1-6 19:09
社长,这个设置对VMD1.9.4也是一样的吗?为什么修改了以后,输入相关命令都是invalid呢?

1.9.4根本都没正式发布,不要拿非正式版本说事
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发表于 Post on 2021-1-7 09:57:40 | 显示全部楼层 Show all
好滴,明白啦。谢谢社长。

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发表于 Post on 2021-2-11 14:48:20 | 显示全部楼层 Show all
annaqz 发表于 2021-1-6 19:09
社长,这个设置对VMD1.9.4也是一样的吗?为什么修改了以后,输入相关命令都是invalid呢?

1.9.4也是有效的,我用着没问题
仔细读“对于Linux版来说,这个文件叫.vmdrc,VMD会先在当前目录下搜索,没有的话就去找~/.vmdrc,还没有的话去找$VMDDIR/.vmdrc(这里$VMDDIR环境变量是没有预先定义的),如果还找不到此文件,就会用默认设置。Linux下的.vmdrc文件是事先不存在的,一般都是在用户目录下自行创建。“

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发表于 Post on 2021-2-21 15:29:03 | 显示全部楼层 Show all
gcsun 发表于 2021-2-11 14:48
1.9.4也是有效的,我用着没问题
仔细读“对于Linux版来说,这个文件叫.vmdrc,VMD会先在当前目录下搜索 ...

好的,我再看一下。谢谢

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发表于 Post on 2021-7-15 16:00:44 | 显示全部楼层 Show all
snljty 发表于 2020-4-1 10:27
我的rc里面加了这样几个内容。
从Multiwfn里面提供的Tachyon渲染高质量图片的命令直接加到了vmd里。
比如 ...

太强了,非常感谢!

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