npt报错Listed nonbonded interaction between particles------

王寓于 · 发表于 Post on 2020-4-14 18:14:37

我的两个分子是借用之前在gaussian里优化过的的log保存为pdb得到的，用gmxtop自动指认原子类型再手动修改电荷得到的拓扑文件，然后用packmol建的盒子，能量最小化 nvt npt的mdp是从网上找到然后修改的，做的时候只在能量最小化时忽略了一个拓扑文件和gro文件原子名称不同的警告，没有遇到其他报错。但在做npt时mdrun有如下报错：WARNING: Listed nonbonded interaction between particles 13881 and 13885 at distance 3.231 which is larger than the table limit 2.000 nm. 查阅了相关帖子和一些资料就说可能是拓扑文件不合理，我想请问怎么检查拓扑文件？从哪方面入手？本人新手分子动力学模拟新手，生成的拓扑文件形式看起来都差不多不清楚该怎么检查内容是否合理。

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-14 23:56:37

用正经的搞拓扑文件的工具，诸如acpype弄，参看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）
原子电荷设成Multiwfn算的RESP电荷：
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

王寓于 · 发表于 Post on 2020-4-22 09:14:29

sobereva 发表于 2020-4-14 23:56
用正经的搞拓扑文件的工具，诸如acpype弄，参看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva ...

老师您好，我按您上次的回帖重新建模现在没有报错了，但是试着做了2ns的npt但是计算任务总会算到一定步数以后自动终止，也没有gro文件产生，试了几次都是这样请问可能是什么原因？

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-23 06:55:20

王寓于发表于 2020-4-22 09:14
老师您好，我按您上次的回帖重新建模现在没有报错了，但是试着做了2ns的npt但是计算任务总会算到一定步数 ...

如果是突然中断，什么报错也没有，这很难说。换个版本或者机子再试，或者并行线程数改改试试

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[GROMACS] npt报错Listed nonbonded interaction between particles------

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