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[综合讨论] 有关MOF的第一性原理分子动力学模拟的求助

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楼主
各位大神好,本人在实验过程中遇到一些小问题,但本人是小白一个,所以想请教一下各位大神!
本人最近做了一个MOF结构,发现该结构在水的存在下常温会发生一个由三方(trigonal)转变为单斜(monoclinic)的转变,转变前后的单晶结构数据均已经获得,想通过分子动力学模拟验证这个转变过程。现在有几个问题想请教一下各位:
1. 转变前的mof晶体晶胞较大(体积20000,原子大概400个),转变后的mof晶胞较小(体积2700,原子大概180+),咨询过师兄,说是用CP2K进行分子动力学模拟,但本人没有计算化学方面的经验,不知道这条路是否可行?
2. 如果要进行第一性原理的分子动力学模拟相转变的话,大概的流程会是什么样子的呢?或者说这样子的模拟计算之后返回的是什么样的结果呢,是模拟出来的转变过程吗?本人找过相关的文献,但是没找到十分合适的
我的基础实在不行,还希望各位大神不要介意
在这里先谢谢各位了!

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发表于 Post on 2022-4-28 22:57:01 | 只看该作者 Only view this author
你好,我想做的和你的有点相似,请问你的问题解决了吗?

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发表于 Post on 2022-8-11 07:36:19 | 只看该作者 Only view this author
1 机子好的话,400个原子用CP2K可以跑DFT的MD,尤其是半经验级别的GFN1-xTB能适合描述体系的情况就更容易了
2 产生的动力学轨迹可以展现结构变化过程
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