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[GROMACS] 计算结合自由能的mdp文件参数中关于lambda选项的设置不理解

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这是mdp文件中关于freeenergy的参数信息,我有两个问题想求问一下
1.为什么在能量最小化,npt平衡,nvt平衡,生产相模拟里面都要写入图中的所有参数,难道不是只需要最后一步生产相模拟的mdp文件里写入就好了嘛?
2.图中vdw-lambda和coul-lambda代表范德华力和静电耦合量,这些值设定有什么讲究?
诚挚感谢诸位阅读,希望能小小地指导我一下。

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2#
发表于 Post on 2025-9-11 11:18:08 | 只看该作者 Only view this author
最近也在研究gmx下做fep,感觉是每一个窗口里,从min开始就进行lamda的过渡了,设定讲究的话,貌似现在不流行图片上面这种切换方法了

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