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[GROMACS] 求助:N2在碳纳米管内的自扩散系数问题

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各位前辈好,我想计算16个N2分子在1x1x12的碳纳米管内(18,0,d=1.4nm)的扩散,但是得到的msd曲线很奇快不是一条斜线,找不到原因希望各位老师解惑,另外gromacs输出的D是这16个分子的平均扩散系数吗?万分感谢!mdp文件在附件中

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发表于 Post on 2020-4-24 00:12:26 | 只看该作者 Only view this author
看看模拟轨迹是否连续,弄清楚是否是因为PBC的原因导致发生突跃。
算的是平均扩散系数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-4-24 09:13:33 | 只看该作者 Only view this author
t的时间单位是啥?ns还是ps,fs?msd的呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-24 10:27:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-24 00:12
看看模拟轨迹是否连续,弄清楚是否是因为PBC的原因导致发生突跃。
算的是平均扩散系数

谢谢老师,轨迹确实有一段很奇怪,刚开始md气体分子是在整个管中运动,但是突然就局限在很小的一个范围内运动,另外tau_t用0.1您看合适吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-24 10:31:58 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2020-4-24 09:13
t的时间单位是啥?ns还是ps,fs?msd的呢?

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发表于 Post on 2020-4-25 02:52:50 | 只看该作者 Only view this author
改成Berendsen热浴试试,并且监控温度变化情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-25 21:37:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-25 02:52
改成Berendsen热浴试试,并且监控温度变化情况

谢谢老师!

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