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[Gaussian/gview] 分享:提取gaussian输出坐标制作新输入文件的脚本

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Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2020-4-29 14:18:44 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
      在Linux环境下,gaussian计算的输出文件,如果想提取最后的坐标建立新的输入文件,要么用Linux版的GV生成新的输入文件,要么就要把输出文件传到PC端利用win版的GV生成新的输入文件后再重新传回,再不就是手动拷贝最后的坐标。L版的GV用起来没那么方便,而在服务器和PC之间转来转去也很麻烦。建立一个新的输入文件其实核心就是从之前的输出文件中提取最后的坐标,完全可以编写一个脚本来实现。网上也有一些人写了一些脚本来实现,但是gaussian的输出结果根据其任务不同略有差异,有些脚本往往只能处理一些输出文件,而有些情况下就不能正常提取了。比如我们可以利用Distance matrix去定位,但是好像体系超过50个原子(大概是50个,具体个数可以试下),gaussian的输出就再打印Distance matrix,那么这种情况下就无法正确定位了。       最近写了一个shell脚本,通过反复测试,基本可以满足针对所有gaussian输出文件提取坐标生成新的输入文件。目前我测试了下,小体系、大体系、频率计算、ONIOM计算等等,都可以正常利用输出文件生成新的输入文件。我把它分享出来,希望可以给大家提供便利,如果出现什么问题大家也可以留言,我再修改。使用方法把ginput.sh文件拷贝到/usr/bin文件夹中,然后切到你计算的目录下,在终端输入ginput.sh XXX YYY(XXX是你的旧任务的输入文件,YYY是你旧任务的输出文件),新的输入文件就生成了。如果是从大体系频率计算的结果中提取坐标生成输入文件,可能需要一点时间,耐心等待即可。

ginput.sh

2.85 KB, 阅读权限: 1, 下载次数 Times of downloads: 216

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北大-陶豫 + 5 好物!
心向暖阳 + 5 GJ!
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Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2020-4-29 14:25:54 | 显示全部楼层 Show all
结构可以从chk里面读啊,除非你要的不是最后一帧的

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計算化学の社畜

发表于 Post on 2020-4-29 14:29:35 | 显示全部楼层 Show all
这里分享一个从某个被遗忘的角落里翻出来的py版的脚本(功能很弱鸡,勿喷

G09out2xyz.py

1.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 131

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发表于 Post on 2020-4-29 15:17:17 | 显示全部楼层 Show all
谢谢楼主和楼上社友的分享!

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发表于 Post on 2020-4-30 11:20:58 | 显示全部楼层 Show all
感谢分享

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发表于 Post on 2020-6-10 17:14:41 | 显示全部楼层 Show all
请问怎么用gView生成guassian的输入文件?

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发表于 Post on 2021-9-7 08:46:43 | 显示全部楼层 Show all
gausssian输出文件fchk和log中摘取各种数据的软件有人知道吗?
手动提取那些数据太费劲了。

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发表于 Post on 2021-9-7 16:19:09 | 显示全部楼层 Show all
Ryder 发表于 2021-9-7 01:46
gausssian输出文件fchk和log中摘取各种数据的软件有人知道吗?
手动提取那些数据太费劲了。

自己写脚本,所有正规做计算的人都是自己写的。不会写脚本就去学,学脚本都比求人家现成的程序快
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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发表于 Post on 2021-9-7 16:28:04 | 显示全部楼层 Show all
Ryder 发表于 2021-9-7 08:46
gausssian输出文件fchk和log中摘取各种数据的软件有人知道吗?
手动提取那些数据太费劲了。

速成学习,一小时就会《使用Gaussian时的几个实用脚本和命令》http://sobereva.com/258
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2022-12-19 15:13:24 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 Smes 于 2022-12-19 15:32 编辑

老师我最近也想写类似的脚本,仔细看了您的脚本,有个问题想问下:
按照脚本的逻辑好像是优先抓取最后一轮输出的“input orientation(IO)”到“displace matrix(DM)“之间的坐标。但是做优化任务的话IO,SO关键词都有。但是我发现如果用Gaussview直接导出out文件下是“standard orientation(SO)”到“DM”之间的坐标。不知道IO,和SO下的坐标对后面产生的gjf的后续计算有多大的影响呢?


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发表于 Post on 2022-12-19 15:34:27 | 显示全部楼层 Show all
jslo 发表于 2020-6-10 17:14
请问怎么用gView生成guassian的输入文件?

GV打开fchk文件保存成gjf,即默认提取最后一帧的坐标生成新的输入文件(gjf)

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