谈谈范德华势以及在Multiwfn中的计算、分析和绘制

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-27 20:50:40

ocbrother 发表于 2021-9-27 20:44
老师，我再想请教在 N 原子和 Fe 原子没有发生吸附形成化学键之前，含N的有机小分子会向着Fe表面运动，这 ...

否。
轨道相互作用随距离衰减非常快，到了范德华半径加和的地方都根本不要考虑了。向Fe表面运动那是色散吸引作用（也可能有静电吸引作用，看具体情况），或者热运动等所致

ocbrother · 发表于 Post on 2021-9-27 21:43:02

sobereva 发表于 2021-9-27 20:50
否。
轨道相互作用随距离衰减非常快，到了范德华半径加和的地方都根本不要考虑了。向Fe表面运动那是色散 ...

好的好的！感谢老师指点迷津！

Chela · 发表于 Post on 2022-5-24 20:23:09

老师，我按照您的教程，导出的.pqr文件打开之后是乱码的，请问这是什么原因导致的？

snljty2 · 发表于 Post on 2022-5-24 20:39:38

Chela 发表于 2022-5-24 20:23
老师，我按照您的教程，导出的.pqr文件打开之后是乱码的，请问这是什么原因导致的？

你用的Windows版还是Linux版Multiwfn？如果前者，用的什么终端？cmd？powershell？git bash？cygwin？还是别的什么

Chela · 发表于 Post on 2022-5-24 21:19:46

snljty2 发表于 2022-5-24 20:39
你用的Windows版还是Linux版Multiwfn？如果前者，用的什么终端？cmd？powershell？git bash？cygwin？还 ...

老师，我用的是Windows版的Multiwfn，我就是双击打开Multiwfn.exe文件操作的。

snljty2 · 发表于 Post on 2022-5-24 22:24:42

Chela 发表于 2022-5-24 21:19
老师，我用的是Windows版的Multiwfn，我就是双击打开Multiwfn.exe文件操作的。

输入文件压缩上传看一下吧，还有操作步骤。

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-25 04:25:31

Chela 发表于 2022-5-24 20:23
老师，我按照您的教程，导出的.pqr文件打开之后是乱码的，请问这是什么原因导致的？

同一个问题别同时在论坛里多处问
http://bbs.keinsci.com/thread-29853-1-1.html

Chela · 发表于 Post on 2022-5-25 09:45:27

snljty2 发表于 2022-5-24 22:24
输入文件压缩上传看一下吧，还有操作步骤。

已解决，谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-1 03:50:31

在文末提及了新文章《8字形双环分子对18碳环的独特吸附行为的量子化学、波函数分析与分子动力学研究》（http://sobereva.com/674），这是范德华势的一个很好的应用例子。

vigaryang · 发表于 Post on 2023-8-8 14:25:56

本帖最后由 vigaryang 于 2023-8-8 14:44 编辑

sobereva 发表于 2021-3-2 20:03
新给本文增加了第7节，示例了如何对周期性体系MOF做范德华势分析生动直观展现多孔物质的不同区域对小分子吸 ...

卢老师您好！麻烦向您请教几个困惑已久的相关问题：
1. 对于周期性多孔结构，比如COF、分子筛，multiwfn除了能计算孔道表面的范德华势之外，能否计算静电势、IGMH分析之类性质呢？其中，孔道静电势是否也能用castep和dmol3基于周期性结构文件（而不是挖出几个晶胞作为孤立体系）进行计算呢？
2. 如果想研究四氯化碳、二氧化硫这些含有不只一种原子的分子与周期性结构的范德华作用能力，在计算两者的范德华势时，应分别怎样选取探针原子（或探针分子？）呢。
3. 在研究某物质与其他物质的相互作用潜力时，表面静电势和范德华势合在一起是否已涵盖了所有可能的作用呢？是否还需额外考虑极化能力的影响（比如想研究极性物质A与非极性物质B的相互作用）？

问题比较多，给您添麻烦了。非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-8 21:26:10

vigaryang 发表于 2023-8-8 14:25
卢老师您好！麻烦向您请教几个困惑已久的相关问题：
1. 对于周期性多孔结构，比如COF、分子筛，multiw ...

1 IGMH本来就支持周期性体系，此文说了
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）

CP2K可以直接给出周期性体系的静电势的cube文件，之后可以可视化分析
北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里也给了具体例子

2 没有唯一选择。可以其中几种元素都用Multiwfn绘制范德华势等值面，在VMD里叠加在一起观看，多数情况不会相差太多

3 极性和可极化是完全截然不同的概念。两个极性物质之间的相互作用和极化能力不是一个层面的事。诸如两个水分子间的相互作用，以静电相互作用为主，哪怕不考虑可极化效应，也不会对结果有定性影响。额外考虑可极化效应只不过会再有一些定量影响而已。静电势和范德华势不体现可极化效应。

liuhe · 发表于 Post on 2023-11-25 13:14:27

老师，请问能不能用H2、N2等单质小分子作为探针来讨论范德华势，能的话应当如何设置呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-26 02:24:59

liuhe 发表于 2023-11-25 13:14
老师，请问能不能用H2、N2等单质小分子作为探针来讨论范德华势，能的话应当如何设置呢？

探针通常是基于原子
如果是分子作为，还会牵扯到分子朝向问题（除非是CH4这样接近球形的），问题会更复杂化。到时候你至少需要自己搞一个考虑朝向平均的LJ参数来定义探针

liuhe · 发表于 Post on 2023-11-26 13:21:46

sobereva 发表于 2023-11-26 02:24
探针通常是基于原子
如果是分子作为，还会牵扯到分子朝向问题（除非是CH4这样接近球形的），问题会更复 ...

好的，谢谢老师

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