计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 33060|回复 Reply: 27
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] GFN-FF力场文章出来了

[复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

Sebastian Spicher and Stefan Grimme
Robust atomistic modeling of materials, organometallic and biochemical systems
Angew. Chem. Int. Ed.
https://doi.org/10.1002/anie.202004239
此文开放访问

仔细研究了一下,此力场复杂程度远高于AMBER等普通力场,考虑的细节明显更多、考虑的要素明显更周全。支持1~86号元素,属于可极化非反应力场,比GFN0-xTB便宜得多得多但比普通力场贵得多。普通机子上搞搞一万原子体系优化还是没问题的。各方面精度全面吊打UFF,很多问题上精度不输于GFN2-xTB,优化蛋白质结构精度与常见的蛋白质专一性力场相仿佛,算过渡金属配合物、MOF的结构精度也整体不错。xtb从6.3开始支持,写-gfnff就可以用。

局限性是初始结构不能离平衡结构太远,毕竟此力场是依赖于拓扑关系的,初始结构太离谱则拓扑关系也没法自动判断正确。

评分 Rate

参与人数
Participants 8
eV +35 收起 理由
Reason
yjmaxpayne + 5 好物!
bobosiji + 4 好物!
Little-Extra + 5 谢谢分享
ChrisZheng + 5 谢谢
朙天儿 + 5 好物!
zsu007 + 5 不明觉厉
Novice + 3 谢谢分享
SAI + 3 昨天也看了文章,我很赞同!

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

366

帖子

1

威望

7514

eV
积分
7900

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2020-5-5 17:07:52 | 只看该作者 Only view this author
好消息,希望能够用在我的体系里!

280

帖子

0

威望

2288

eV
积分
2568

Level 5 (御坂)

3#
发表于 Post on 2020-5-6 11:25:35 | 只看该作者 Only view this author
游客,本帖隐藏的内容需要积分高于 25 才可浏览,您当前积分为 0

21

帖子

0

威望

871

eV
积分
892

Level 4 (黑子)

4#
发表于 Post on 2020-5-6 11:41:48 | 只看该作者 Only view this author
请问有没有可能使用GFN-FF跑MD(不带现式水约1000原子)?如果可以是否需先NPT?

280

帖子

0

威望

2288

eV
积分
2568

Level 5 (御坂)

5#
发表于 Post on 2020-5-6 12:40:49 | 只看该作者 Only view this author
linq5203 发表于 2020-5-6 11:41
请问有没有可能使用GFN-FF跑MD(不带现式水约1000原子)?如果可以是否需先NPT?

文章原文“With GFN-FF MD simulations are carried out for 1 ns at 298 K employing the GBSA(H2O) solvation model (see Figure 4C”

21

帖子

0

威望

871

eV
积分
892

Level 4 (黑子)

6#
发表于 Post on 2020-5-6 16:12:43 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2020-5-6 12:40
文章原文“With GFN-FF MD simulations are carried out for 1 ns at 298 K employing the GBSA(H2O) sol ...

抱歉,是我没说清楚。我的意思是对于gbsa结果不好的情况,能否像gmx一样设盒子,加显式水、离子后使用gfnff做MD。这种情况下NPT等条件又如何考虑?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-7 08:36:50 | 只看该作者 Only view this author
linq5203 发表于 2020-5-6 16:12
抱歉,是我没说清楚。我的意思是对于gbsa结果不好的情况,能否像gmx一样设盒子,加显式水、离子后使用gfn ...

GFN-FF只是个力场,用来计算能量和受力,这和NPT是另一码事,和GFN-FF本身无关。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-7 08:39:05 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2020-5-6 11:25
**** 本内容被作者隐藏 ****

原文的SI里有测试图,速度比OPLS-AA慢一个数量级,所以跟AMOEBA耗时大抵差不多
GFN-FF主要耗时来自于计算EEQ电荷的部分

文中没说清楚到底是多少核,应当自己实测。

GFN-FF目前不是冲着速度去的,主要是用来弥补空白,让原先算不了的体系能算了。至于速度,我认为以后应该会有各种方法通过近似来显著提升。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

280

帖子

0

威望

2288

eV
积分
2568

Level 5 (御坂)

9#
发表于 Post on 2020-5-7 19:51:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 bobosiji 于 2020-5-8 07:47 编辑
sobereva 发表于 2020-5-7 08:39
原文的SI里有测试图,速度比OPLS-AA慢一个数量级,所以跟AMOEBA耗时大抵差不多
GFN-FF主要耗时来自于计 ...

游客,本帖隐藏的内容需要积分高于 25 才可浏览,您当前积分为 0

280

帖子

0

威望

2288

eV
积分
2568

Level 5 (御坂)

10#
发表于 Post on 2020-5-7 19:54:21 | 只看该作者 Only view this author
linq5203 发表于 2020-5-6 16:12
抱歉,是我没说清楚。我的意思是对于gbsa结果不好的情况,能否像gmx一样设盒子,加显式水、离子后使用gfn ...

游客,本帖隐藏的内容需要积分高于 25 才可浏览,您当前积分为 0

515

帖子

1

威望

4697

eV
积分
5232

Level 6 (一方通行)

11#
发表于 Post on 2020-5-8 07:09:32 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2020-5-7 19:54
**** 本内容被作者隐藏 ****

pbc还没解决,目前不能npt。可以外挂在ase里,不过ase里的npt方法和参数好像不如动力学程序灵活

389

帖子

1

威望

4828

eV
积分
5237

Level 6 (一方通行)

12#
发表于 Post on 2020-7-8 21:19:17 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2020-5-6 12:40
文章原文“With GFN-FF MD simulations are carried out for 1 ns at 298 K employing the GBSA(H2O) sol ...

GFN0都没有隐式溶剂模型...gfnff居然有,真是偏心。

234

帖子

0

威望

896

eV
积分
1130

Level 4 (黑子)

13#
发表于 Post on 2020-8-26 12:27:39 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问这个力场包如何获取呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-26 12:34:55 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2020-8-26 12:27
老师,请问这个力场包如何获取呢?

直接用xtb程序
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

910

帖子

1

威望

7878

eV
积分
8808

Level 6 (一方通行)

15#
发表于 Post on 2020-8-26 12:35:06 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2020-8-26 12:27
老师,请问这个力场包如何获取呢?

一楼说了
xtb从6.3开始支持,写-gfnff就可以用。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 01:03 , Processed in 0.158789 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list