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[综合交流] GFN-FF力场文章出来了

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发表于 Post on 2020-5-5 14:40:14 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
Sebastian Spicher and Stefan Grimme
Robust atomistic modeling of materials, organometallic and biochemical systems
Angew. Chem. Int. Ed.
https://doi.org/10.1002/anie.202004239
此文开放访问

仔细研究了一下,此力场复杂程度远高于AMBER等普通力场,考虑的细节明显更多、考虑的要素明显更周全。支持1~86号元素,属于可极化非反应力场,比GFN0-xTB便宜得多得多但比普通力场贵得多。普通机子上搞搞一万原子体系优化还是没问题的。各方面精度全面吊打UFF,很多问题上精度不输于GFN2-xTB,优化蛋白质结构精度与常见的蛋白质专一性力场相仿佛,算过渡金属配合物、MOF的结构精度也整体不错。xtb从6.3开始支持,写-gfnff就可以用。

局限性是初始结构不能离平衡结构太远,毕竟此力场是依赖于拓扑关系的,初始结构太离谱则拓扑关系也没法自动判断正确。

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发表于 Post on 2020-5-5 17:07:52 | 显示全部楼层 Show all
好消息,希望能够用在我的体系里!

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发表于 Post on 2020-5-6 11:25:35 | 显示全部楼层 Show all
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发表于 Post on 2020-5-6 11:41:48 | 显示全部楼层 Show all
请问有没有可能使用GFN-FF跑MD(不带现式水约1000原子)?如果可以是否需先NPT?

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发表于 Post on 2020-5-6 12:40:49 | 显示全部楼层 Show all
linq5203 发表于 2020-5-6 11:41
请问有没有可能使用GFN-FF跑MD(不带现式水约1000原子)?如果可以是否需先NPT?

文章原文“With GFN-FF MD simulations are carried out for 1 ns at 298 K employing the GBSA(H2O) solvation model (see Figure 4C”

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发表于 Post on 2020-5-6 16:12:43 | 显示全部楼层 Show all
bobosiji 发表于 2020-5-6 12:40
文章原文“With GFN-FF MD simulations are carried out for 1 ns at 298 K employing the GBSA(H2O) sol ...

抱歉,是我没说清楚。我的意思是对于gbsa结果不好的情况,能否像gmx一样设盒子,加显式水、离子后使用gfnff做MD。这种情况下NPT等条件又如何考虑?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-7 08:36:50 | 显示全部楼层 Show all
linq5203 发表于 2020-5-6 16:12
抱歉,是我没说清楚。我的意思是对于gbsa结果不好的情况,能否像gmx一样设盒子,加显式水、离子后使用gfn ...

GFN-FF只是个力场,用来计算能量和受力,这和NPT是另一码事,和GFN-FF本身无关。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-7 08:39:05 | 显示全部楼层 Show all
bobosiji 发表于 2020-5-6 11:25
**** 本内容被作者隐藏 ****

原文的SI里有测试图,速度比OPLS-AA慢一个数量级,所以跟AMOEBA耗时大抵差不多
GFN-FF主要耗时来自于计算EEQ电荷的部分

文中没说清楚到底是多少核,应当自己实测。

GFN-FF目前不是冲着速度去的,主要是用来弥补空白,让原先算不了的体系能算了。至于速度,我认为以后应该会有各种方法通过近似来显著提升。
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发表于 Post on 2020-5-7 19:51:33 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 bobosiji 于 2020-5-8 07:47 编辑
sobereva 发表于 2020-5-7 08:39
原文的SI里有测试图,速度比OPLS-AA慢一个数量级,所以跟AMOEBA耗时大抵差不多
GFN-FF主要耗时来自于计 ...

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bobosiji 发表于 2020-5-7 19:54
**** 本内容被作者隐藏 ****

pbc还没解决,目前不能npt。可以外挂在ase里,不过ase里的npt方法和参数好像不如动力学程序灵活

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bobosiji 发表于 2020-5-6 12:40
文章原文“With GFN-FF MD simulations are carried out for 1 ns at 298 K employing the GBSA(H2O) sol ...

GFN0都没有隐式溶剂模型...gfnff居然有,真是偏心。

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发表于 Post on 2020-8-26 12:27:39 | 显示全部楼层 Show all
老师,请问这个力场包如何获取呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-26 12:34:55 | 显示全部楼层 Show all
邱美佳 发表于 2020-8-26 12:27
老师,请问这个力场包如何获取呢?

直接用xtb程序
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发表于 Post on 2020-8-26 12:35:06 | 显示全部楼层 Show all
邱美佳 发表于 2020-8-26 12:27
老师,请问这个力场包如何获取呢?

一楼说了
xtb从6.3开始支持,写-gfnff就可以用。

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