cp2k脚本编译所需文件

ykr

我基本上是按wangtaochem来做的，我这边CentOS7.8，gcc，gfortran升级到了8.3.1，root下装cp2k7.1，不过没有用多核安装toolchain，即
./install_cp2k_toolchain.sh --with-cmake=install  --with-openmpi=install  --with-libxc=install --with-libint=install --with-fftw=install --with-openblas=install --with-scalapack=install --with-reflapack=no --with-libxsmm=install --with-elpa=install --with-ptscotch=install --with-pexsi=install --with-parmetis=install  --with-superlu=install --with-quip=install --with-plumed=install --with-gsl=install --with-libvdwxc=install --with-spglib=install --with-hdf5=install  --with-spfft=install
之间有些软件有装着装着就报错的，那就删掉install，build文件中的这部分，再重新toolchain，直到没问题。
然后测试了popt，单核安装，没有报错。但make test时，全部报错，和楼上遇到的情况一样。我不知道是不是因为是root的原因，在普通用户下，这个popt还是能用的，16核，跑64个Si的MD，3秒左右一步，速度应该是正常的。
最后，我想说我没有按楼上说的要yum安装requirements里面的插件，我是Centos，而requirement里面是ubuntu的，很多库本来也没有或者名字不对，比如我就没有装pkg和numpy这两个包，看起来也不影响编译。

wangtaochem

ykr 发表于 2020-7-16 15:10
我基本上是按wangtaochem来做的，我这边CentOS7.8，gcc，gfortran升级到了8.3.1，root下装cp2k7.1，不过没 ...

pkg包需要下载源码包才能编译，numpy是可以安装的，用pip的那个命令，

ykr

wangtaochem 发表于 2020-7-17 08:39
pkg包需要下载源码包才能编译，numpy是可以安装的，用pip的那个命令，

恩，yum应该也可以，虽然我没有装，但我这边可以yum install pkgconfig.x86_64 numpy.x86_64 ，可供参考。当时没有安装numpy，主要是不知道它是python2的还是3的，就干脆不装了。如果是普通pip的话，那numpy应该对应的是2了

@Bruce

老师，您好！
我在尝试源码编译gpu加速的CP2K时，反复出现下列错误，我使用root，重装CUDA等也没用，请问是什么原因导致的呢？
谢谢您的帮助。
make[4]: execvp: /usr/local/cuda/bin: 权限不够
make[4]: *** [acc_init.o] 错误 127
make[3]: *** [libdbcsr] 错误 2
make[2]: *** [dbcsr] 错误 2
make[1]: *** [psmp] 错误 2
make: *** [all] 错误 2

wangtaochem

@Bruce 发表于 2020-8-1 11:56
老师，您好！
我在尝试源码编译gpu加速的CP2K时，反复出现下列错误，我使用root，重装CUDA等也没用，请问 ...

不好意思哈，我没有编译GPU加速的。此外，在root权限下安装的软件有时不如在普通用户下安装的好。
GPU加速版本的编译可以参考官网的指导说明。

wangtaochem

ykr 发表于 2020-7-16 15:10
我基本上是按wangtaochem来做的，我这边CentOS7.8，gcc，gfortran升级到了8.3.1，root下装cp2k7.1，不过没 ...

在root权限下编译的软件对自带算例测试会显示运行失败，在普通用户权限下编译出来的执行文件测试算例基本没有问题。

@Bruce

wangtaochem 发表于 2020-8-1 12:19
不好意思哈，我没有编译GPU加速的。此外，在root权限下安装的软件有时不如在普通用户下安装的好。
GPU加 ...

好的，谢谢您

gog

ubuntu 20.4 openmpi-4.0.5，gcc9.3+mkl20.2，MKL_ROOT加载正常，toolchain安装，elpa不能通过。手动编译时候，提示：“could not link with blas:speifi path”。--with-openblas=install 到了elpa依旧是scripts line88 报错。这能否解决呢？我在ubuntu 18.04是能toolchain安装elpa2019的。

wangtaochem

gog 发表于 2020-11-3 11:49
ubuntu 20.4 openmpi-4.0.5，gcc9.3+mkl20.2，MKL_ROOT加载正常，toolchain安装，elpa不能通过。手动编译时 ...

有没有按照刘博的方法修改脚本，只要修改了，基本编译都能通过的，此外，elpa库出错，还可能和Python版本有关系，一般要求版本小于3.0.

gog

wangtaochem 发表于 2020-11-4 23:12
有没有按照刘博的方法修改脚本，只要修改了，基本编译都能通过的，此外，elpa库出错，还可能和Python版本 ...

ubuntu 20.4 默认版本是2.7，调用命令有些变化：python-is-python-to，可能脚本得修改下。另外系统已安装了python3.8。放弃了，还是老老实实用centos或者redhat安装。

喵星大佬

wangtaochem 发表于 2020-11-4 23:12
有没有按照刘博的方法修改脚本，只要修改了，基本编译都能通过的，此外，elpa库出错，还可能和Python版本 ...

3.8.6没有任何问题

gog

总感觉ubuntu上用gcc7.5的故障比较多。可能gcc-9.3的会好很多。

达斯维达尼亚

大佬，我最近在用intelmpi编译cp2k9.1，在编译过程中遇到了以下问题，一直没有解决，请问您知道该如何解决吗？拜谢！
以下出错是在输入make -j 36 ARCH=local VERSION="psmp"命令后出现的

ifort: command line warning #10006: ignoring unknown option '-fbacktrace'
ifort: command line warning #10006: ignoring unknown option '-ffree-form'
ifort: command line warning #10006: ignoring unknown option '-fimplicit-none'
ifort: command line warning #10006: ignoring unknown option '-std=f2008'
ifort: command line warning #10157: ignoring option '-W'; argument is of wrong type
ifort: command line warning #10157: ignoring option '-W'; argument is of wrong type
ifort: command line warning #10157: ignoring option '-W'; argument is of wrong type
ifort: command line warning #10157: ignoring option '-W'; argument is of wrong type
ifort: command line warning #10157: ignoring option '-W'; argument is of wrong type
ifort: command line warning #10157: ignoring option '-W'; argument is of wrong type
ifort: command line warning #10157: ignoring option '-W'; argument is of wrong type
ifort: command line warning #10157: ignoring option '-W'; argument is of wrong type
ifort: command line warning #10157: ignoring option '-W'; argument is of wrong type
ifort: command line warning #10157: ignoring option '-W'; argument is of wrong type
ifort: command line warning #10157: ignoring option '-W'; argument is of wrong type
ifort: command line warning #10157: ignoring option '-W'; argument is of wrong type
ifort: command line warning #10157: ignoring option '-W'; argument is of wrong type
ifort: command line warning #10157: ignoring option '-W'; argument is of wrong type
ifort: command line warning #10157: ignoring option '-W'; argument is of wrong type
/home/cp2k-9.1/exts/dbcsr/src/base/dbcsr_machine.F(62): error #7013: This module file was not generated by any release of this compiler.   [LIBXSMM]
      USE libxsmm, ONLY: libxsmm_timer_tick, libxsmm_timer_duration
----------^
/home/cp2k-9.1/exts/dbcsr/src/base/dbcsr_machine.F(67): error #6406: Conflicting attributes or multiple declaration of name.   [LIBXSMM_TIMER_DURATION]
      wt = libxsmm_timer_duration(0_int_8, libxsmm_timer_tick())
-----------^
/home/cp2k-9.1/exts/dbcsr/src/base/dbcsr_machine.F(62): error #6580: Name in only-list does not exist or is not accessible.   [LIBXSMM_TIMER_TICK]
      USE libxsmm, ONLY: libxsmm_timer_tick, libxsmm_timer_duration
-------------------------^
/home/cp2k-9.1/exts/dbcsr/src/base/dbcsr_machine.F(62): error #6580: Name in only-list does not exist or is not accessible.   [LIBXSMM_TIMER_DURATION]
      USE libxsmm, ONLY: libxsmm_timer_tick, libxsmm_timer_duration
---------------------------------------------^
compilation aborted for dbcsr_machine.F90 (code 1)
make[4]: *** [dbcsr_machine.o] Error 1
make[3]: *** [libdbcsr] Error 2
make[2]: *** [dbcsr] Error 2
make[2]: *** Waiting for unfinished jobs....
make[1]: *** [psmp] Error 2
make: *** [all] Error 2