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[GROMACS] 如何理解gmx select -olt选项?

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如何理解gmx select -olt选项?看官网With -olt, a histogram is produced that shows the number of selected positions as a function of the time the position was continuously selected. -cumlt can be used to control whether subintervals of longer intervals are included in the histogram

是说选择的粒子持续存在于所选择区域里的时间的长短分布吗?

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发表于 Post on 2020-5-12 23:35:44 | 只看该作者 Only view this author
应该是
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-13 08:52:46 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,再请教一下得到的结果(下图里面)是类似10个粒子在区域里存在了1ps,10个粒子存在了0.5ps这种吗?纵坐标有点看不懂,我在想是不是可以用这个算滞留时间

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-13 08:52:57 | 只看该作者 Only view this author
老师,你看看这个图呢

{%XKM697_F9BE5(C][(0Y`F.jpg (380.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

{%XKM697_F9BE5(C][(0Y`F.jpg

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发表于 Post on 2020-5-14 15:58:08 | 只看该作者 Only view this author
Riddermark 发表于 2020-5-13 08:52
老师,你看看这个图呢

比如曲线穿过了大概(50,10)的位置,此处含义我估计是诸如,被选择的位置里面,平均有10个能在50 ps内一直满足选择语句。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-17 15:16:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-14 15:58
比如曲线穿过了大概(50,10)的位置,此处含义我估计是诸如,被选择的位置里面,平均有10个能在50 ps内一直 ...

谢谢老师啦

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