AMBER18 | ERROR: I could not understand line 452

hyr95

老师，为什么我用新装的机子老报错呢？之前用超算跑过也没报错。
软件是amber18，这是min.out文件末尾






Here is the input file:

#Initial minimisation with the whole system fixed except solvent               
&cntrl                                                                        
imin=1, maxcyc=10000, ncyc=5000,ig = -1,irandom = 1,                          
cut=10.0, ntb=1, ntr=1,                                                      
restraint_wt=10.0,                                                            
restraintmask=':1-654'                                                        
/                                                                              



Note: ig = -1. Setting random seed to   198028 based on wallclock time in
      microseconds and disabling the synchronization of random numbers
      between tasks to improve performance.
| irandom = 1, using AMBER's internal random number generator (default).

| ERROR:   I could not understand line   452
ATOM    156  CA  GLY A  16     472.591  31.903 989.789  1.00 52.59           C  

laoman

在amber官网随便一搜就找到了类似的信息。应该是起始结构的坐标值太大导致的。参考：http://archive.ambermd.org/201310/0426.html

hyr95

laoman 发表于 2020-5-14 18:17
在amber官网随便一搜就找到了类似的信息。应该是起始结构的坐标值太大导致的。参考：http://archive.amberm ...

那为什么之前用超算跑都可以？

hyr95

laoman 发表于 2020-5-14 18:17
在amber官网随便一搜就找到了类似的信息。应该是起始结构的坐标值太大导致的。参考：http://archive.amberm ...

我按照您贴出来的链接，在min.in文件里加了iwrap=1，ntxo=2，依然报错，为什么呢？

laoman

hyr95 发表于 2020-5-14 20:29
我按照您贴出来的链接，在min.in文件里加了iwrap=1，ntxo=2，依然报错，为什么呢？

这俩加上去并不能改变起始坐标，只是把pbc之外的原子wrap回box之内，ntxo=2应该是控制轨迹文件格式的选项？我觉得可以试试把初始结构align到PDB下载的结构，应该能把起始结构的坐标变小一点。至于为什么超算上可以跑起来，我是不明白的。

hyr95

谢谢~