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[GROMACS] gmx cluster的聚类问题怎么限制团簇数量

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楼主
我想使用gmx cluster命令进行聚类,从而获得pdb文件在VMD中进行展示,请问如何限制生成的pdb文件的数量呢?是通过-cutoff参数进行限制么?希望聚类成三个团簇就好,一个最好。哈哈。期待老师的解答,谢谢!

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发表于 Post on 2020-5-17 22:57:54 | 只看该作者 Only view this author
一个的话相当于根本就没做归簇
没法指定归出多少簇,得到的数目取决于cutoff,设得越大数目越少
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-18 12:52:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yogurt 于 2020-5-18 13:05 编辑

请问sob老师,我是想获得某一段轨迹中的具有代表性的构象,所以才做聚类。我看文献里面有represent的构象图,所以想在我的论文中也展示一下。那聚类获得pdb文件中如何查看每个团簇代表性的百分比?因为想挑选代表性高的构象。谢谢老师。

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发表于 Post on 2020-5-21 08:18:39 | 只看该作者 Only view this author
yogurt 发表于 2020-5-18 12:52
请问sob老师,我是想获得某一段轨迹中的具有代表性的构象,所以才做聚类。我看文献里面有represent的构象图 ...

每个簇当中最有代表性的结构一起被输出为多帧文件cluster.pdb,可以通过VMD观看。“最有代表性”的结构是指簇中的与其它所有结构的平均RMSD值最小的结构。
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