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[辅助/分析程序] 使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据

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发表于 Post on 2020-5-19 03:44:15 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据

文/Sobereva@北京科音
First release: 2020-May-19  Last update: 2021-Nov-7


1 前言

在日常量子化学研究中,计算焓、熵、自由能等热力学数据是最常涉及的问题。主流量子化学程序如Gaussian、ORCA等都自带了振动分析功能,在任务结束后会自动给出热力学数据。但是用这些程序来获得热力学数据往往并不方便,也有很多局限性。为了能令广大量子化学研究者在热力学数据计算方面极尽便利,笔者开发了Shermo程序,在此文将简要介绍并给出使用例子。

Shermo程序的原文已经发表,使用Shermo程序计算热力学数据发表文章时请务必记得引用,也十分建议大家阅读:
Tian Lu, Qinxue Chen, Shermo: A general code for calculating molecular thermochemistry properties, Comput. Theor. Chem., 1200, 113249 (2021) DOI: 10.1016/j.comptc.2021.113249 Shermo-A general code for calculating molecular thermochemistry properties.pdf (1.87 MB, 下载次数 Times of downloads: 115)

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发表于 Post on 2020-5-19 11:35:59 | 显示全部楼层 Show all
请问sob老师,有没有什么可靠的能计算三四百个原子的热力学数据的方法呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-19 11:47:35 | 显示全部楼层 Show all
GoldenBaby 发表于 2020-5-19 11:35
请问sob老师,有没有什么可靠的能计算三四百个原子的热力学数据的方法呢?

用本文算瑞德西韦的流程就可以
如果你是问理论方法、基组层面的事,需要交代清楚体系具体特征、计算资源、用的量化程序等情况
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发表于 Post on 2020-5-19 18:15:21 | 显示全部楼层 Show all
社长竟然引用了我的paper,不胜荣幸。
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发表于 Post on 2020-5-19 21:28:21 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2020-5-19 11:47
用本文算瑞德西韦的流程就可以
如果你是问理论方法、基组层面的事,需要交代清楚体系具体特征、计算资源 ...

体系是含有过渡金属和有机配体的配合物,最大能提供36核和196GB内存的节点,量化程序买了Gaussian和Turbomole,免费软件的软件如orca之类的可以自己安装。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-19 23:14:34 | 显示全部楼层 Show all
GoldenBaby 发表于 2020-5-19 21:28
体系是含有过渡金属和有机配体的配合物,最大能提供36核和196GB内存的节点,量化程序买了Gaussian和Turbo ...

这种大小体系的freq部分很难算
硬着头皮用ORCA跑B97-3c可以试试,算不动也没别的办法了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-20 00:54:02 | 显示全部楼层 Show all
Frank 发表于 2020-5-19 18:15
社长竟然引用了我的paper,不胜荣幸。

莫非是pka那篇的作者?
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发表于 Post on 2020-5-20 05:25:51 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2020-5-20 00:54
莫非是pka那篇的作者?

是的
eureka

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发表于 Post on 2020-5-20 08:17:15 | 显示全部楼层 Show all
社长威武,昨天熬了个通宵把热力学数据手动算完,今天才看到这个软件,不过以后再算这这些就省心多了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-20 09:12:45 | 显示全部楼层 Show all

这篇工作很好,研究得很严谨
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发表于 Post on 2020-5-20 09:54:10 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2020-5-20 09:12
这篇工作很好,研究得很严谨

多谢社长,和审稿人对线四个多月修改三次才接收
eureka

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发表于 Post on 2020-5-20 10:50:46 | 显示全部楼层 Show all
gamess都那么多年了,转动常数还有问题?

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