求助建菱形盒子，看图形溶质和溶剂好像还是按照立方形加入的

XYwinne · 发表于 Post on 2015-9-15 17:41:33

我建了一个菱形的盒子，命令如下
editconf -f 1.pdb -bt triclinic -box ** ** ** -c -angle 90 90 120 -o 2.pdb
genbox -cp 2.pdb -ci 1.pdb -nmol 19 -o 3.pdb （加入另外19个溶质）
genbox -cp3.pdb -ci 4.pdb -nmol 1000 -o 5.pdb （加入1000个溶剂）
在VMD和MS中看图形，溶质和溶剂好像还是按照立方形加入的（图形如下），之前没做过斜的盒子，不知道怎么处理？
（左边的几个分子是右边的，由于周期性出现在左边）

XYwinne · 发表于 Post on 2015-9-16 10:32:25

摸索着把问题解决了

Little-Extra · 发表于 Post on 2021-5-31 12:12:55

XYwinne 发表于 2015-9-16 10:32
摸索着把问题解决了

可以教一下我吗？我想知道菱形的基底跟小分子构建的固液界面怎么构建，想用它跑分子动力学

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-31 12:24:04

必须用trjconv结合-ur tric和-pbc atom/res/mol把结构文件处理一下才能看到粒子只处在根据晶胞参数定义的三斜盒子里。如果要显示截角八面体或者棱形十二面体则用-ur compact
对于gromacs来说，各种形状的盒子和矩形盒子本质上是一样的，而且为了效率考虑内部计算的时候都是用矩形盒子。至于可视化的时候你想让粒子根据什么形状的盒子来记录是另一码事

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-6-16 17:34:32

Little-Extra 发表于 2021-5-31 12:12
可以教一下我吗？我想知道菱形的基底跟小分子构建的固液界面怎么构建，想用它跑分子动力学

请问您解决上面的显示问题了吗

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-16 18:07:07

ONTHEWAY 发表于 2021-6-16 17:34
请问您解决上面的显示问题了吗

不要以这种方式提问
有具体问题直接问，况且上面我都回复过了

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-6-17 10:32:04

sobereva 发表于 2021-6-16 18:07
不要以这种方式提问
有具体问题直接问，况且上面我都回复过了

抱歉老师，下次提问会注意。

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-6-22 10:49:56

sobereva 发表于 2021-5-31 12:24
必须用trjconv结合-ur tric和-pbc atom/res/mol把结构文件处理一下才能看到粒子只处在根据晶胞参数定义的三 ...

老师我按照您说的处理方法对最后的轨迹文件先进行-ur tric处理，再进行-pbc mol处理，但在VMD中看，加入的分子还是立方形的（我的盒子是菱形的），老师请问我的处理方法对吗？但处理后显示还是矩形的

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-22 23:59:08

ONTHEWAY 发表于 2021-6-22 10:49
老师我按照您说的处理方法对最后的轨迹文件先进行-ur tric处理，再进行-pbc mol处理，但在VMD中看，加 ...

没有所谓的棱形
要么棱形十二面体，要么三斜，前者是后者的特例

没说-ur和-pbc分开用

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-6-23 09:56:28

sobereva 发表于 2021-6-22 23:59
没有所谓的棱形
要么棱形十二面体，要么三斜，前者是后者的特例

好的非常感谢老师

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