在linux系统下怎么安装amber tools20呢？

robert2005 · 发表于 Post on 2022-3-31 10:22:27

看这个安装过程感觉有些疑惑，$AMBERHOME到底是指哪个路径啊？感觉一会是amber20_src/AmberTools/src???
后来又变成了amber20/AmberTools/src???
或者说安装之前的export是不必要的，不用定义，安装后程序自动定义为amber20/AmberTools/src???
但是这样的话，后期并行就怎么都无法安装成功。
另外还有就是把openmpi或mpich解压到哪个路径啊？
amber20/AmberTools/src???
amber20_src/AmberTools/src???
解压后是个什么形式？比如
amber20_src/AmberTools/src/openmpi???
官网网页上说
Some programs in Amber (e.g., pmemd, cpptraj, etc.) can be built and installed in their parallel MPI version. If you want to build and install these MPI programs, you will need to provide a MPI compiler like OpenMPI or MPICH. The OpenMPI and MPICH system installations provided by CentOS (i.e., through yum install) are known to be somehow incompatible with Amber20.

One recommendation is to download a recent version of OpenMPI at open-mpi.org, untar the distribution in amber20_src/AmberTools/src, and execute in that directory the configure_openmpi script. (Do this after you have done a serial install, and have sourced the amber.sh script in the installation folder to create an AMBERHOME environment variable.) Similar instructions apply to MPICH, (see mpich.org,) but at least one user has reported configuration problems with this on CentOS7.
是amber20_src/AmberTools/src
手册上说
cd $AMBERHOME/AmberTools/src
./configure_mpich <compiler>
但是装完串行后，$AMBERHOME已经是amber20了，不是amber20_src了啊？
这个是不是有点矛盾啊？
我在centos7和8上装了好几遍了，串行都还好，并行版都是一样的错误：
error: Cannot link MPI programs. Check your configuration!!!
哪位大佬知道什么原因吗？

robert2005 · 发表于 Post on 2022-3-31 13:03:52

按照这个教程做下来，还是这个错误：
ome/ledock/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/compiler_compat/ld: /home/ledock/amber20/lib/libmpi.so: undefined reference to `pci_get_strings'
/home/ledock/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/compiler_compat/ld: /home/ledock/amber20/lib/libmpi.so: undefined reference to `pci_system_init'
/home/ledock/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/compiler_compat/ld: /home/ledock/amber20/lib/libmpi.so: undefined reference to `shm_unlink@GLIBC_2.2.5'
/home/ledock/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/compiler_compat/ld: /home/ledock/amber20/lib/libmpi.so: undefined reference to `aio_error@GLIBC_2.2.5'
/home/ledock/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/compiler_compat/ld: /home/ledock/amber20/lib/libmpi.so: undefined reference to `aio_write@GLIBC_2.2.5'
collect2: error: ld returned 1 exit status
failure.
removing: _configtest.c _configtest.o
error: Cannot link MPI programs. Check your configuration!!!
make[2]: *** [AmberTools/src/mpi4py-3.0.3/CMakeFiles/mpi4py.dir/build.make:288: AmberTools/src/mpi4py-3.0.3/CMakeFiles/mpi4py-build/mpi4py-build.stamp] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:3280: AmberTools/src/mpi4py-3.0.3/CMakeFiles/mpi4py.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:156: all] Error 2
为什么啊？

robert2005 · 发表于 Post on 2022-4-1 15:22:47

scfslyzkf 发表于 2021-8-3 17:54
官方的教程，步骤看上去很简单，但是编译起来经常出错，也没有给出相应环境变量配置的详细解释。
从mini ...

miniconda装的都不能并行？

robert2005 · 发表于 Post on 2022-4-1 17:32:36

hangmint 发表于 2021-4-8 18:52
看你的发行版了，官方文档上面写的有，我用的是manjaro是arch系的，我遇到的是ambertools依赖于gcc9,不过官 ...

还是说安装AMBER,必须用GCC9或者以上的版本才能编译并行版，如果用GNU编译器的话？

robert2005 · 发表于 Post on 2022-4-1 17:33:15

robert2005 发表于 2022-4-1 17:32
还是说安装AMBER,必须用GCC9或者以上的版本才能编译并行版，如果用GNU编译器的话？

我用的CENTOS8里面的版本是8.5

robert2005 · 发表于 Post on 2022-4-1 17:34:16

robert2005 发表于 2022-4-1 17:33
我用的CENTOS8里面的版本是8.5

我看知乎视频里面编译并行版用的GCC版本都是9以上

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-1 18:58:53

robert2005 发表于 2022-3-31 13:03
按照这个教程做下来，还是这个错误：
ome/ledock/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/compil ...

我用自己编译的openmpi也遇到过一样的问题，libmpi.so出错，但是文件看起来都是正常的。我用miniconda安装了一个openmpi后解决了上述错误。

robert2005 · 发表于 Post on 2022-4-1 19:26:57

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-1 18:58
我用自己编译的openmpi也遇到过一样的问题，libmpi.so出错，但是文件看起来都是正常的。我用miniconda安 ...

怎么安装啊？什么命令啊？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-1 22:40:24

robert2005 发表于 2022-4-1 19:26
怎么安装啊？什么命令啊？

conda install openmpi
如果没有conda命令，需要先安装conda并按照提示激活

Santz · 发表于 Post on 2022-4-2 09:03:07

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-1 22:40
conda install openmpi
如果没有conda命令，需要先安装conda并按照提示激活

老哥可以写个详细的过程吗？试了下还是出现collect2: error: ld returned 1 exit status
failure.
removing: _configtest.c _configtest.o
error: Cannot link MPI programs. Check your configuration!!!
make[2]: *** [AmberTools/src/mpi4py-3.0.3/CMakeFiles/mpi4py-build/mpi4py-build.stamp] Error 1
make[1]: *** [AmberTools/src/mpi4py-3.0.3/CMakeFiles/mpi4py.dir/all] Error 2

Santz · 发表于 Post on 2022-4-2 09:03:30

Santz 发表于 2022-4-2 09:03
老哥可以写个详细的过程吗？试了下还是出现collect2: error: ld returned 1 exit status
failure.
remo ...

尝试用amber.conda install mpi4py也不行

robert2005 · 发表于 Post on 2022-4-2 09:26:40

又发现一点，不用最新版本的OPENMPI，比如4.1版本，使用4.0的版本就不会出现libmpi.so错误了，但是会出现新的错误
make[2]: *** [AmberTools/src/pnetcdf/src/libf/CMakeFiles/pnetcdf_fortran_obj.dir/build.make:1854: AmberTools/src/pnetcdf/src/libf/CMakeFiles/pnetcdf_fortran_obj.dir/nfxutil.c.o] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:3254: AmberTools/src/pnetcdf/src/libf/CMakeFiles/pnetcdf_fortran_obj.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:156: all] Error 2

robert2005 · 发表于 Post on 2022-4-2 09:30:31

Santz 发表于 2022-4-2 09:03
尝试用amber.conda install mpi4py也不行

进入amber20里面的miniconda/condabin/之后，输入命令
./conda install openmpi
就可以了，默认是安装openmpi-4.0.2
但是我这样安装后还是出错，我再试一下看看

Santz · 发表于 Post on 2022-4-2 09:34:10

robert2005 发表于 2022-4-1 17:34
我看知乎视频里面编译并行版用的GCC版本都是9以上

不一定非要9，看官方列出的自带的4.8.5或8.5.0都是可以的 https://ambermd.org/InstSingularity.php

robert2005 · 发表于 Post on 2022-4-2 09:42:31

hhhnano 发表于 2020-6-18 11:59
Amber20和以前版本安装有很大差别，且自动生成安装目录amber20,安装文件采用cmake_run文件安装，每部安装要 ...

https://blog.csdn.net/weixin_43592490/article/details/115427312
这个帖子里写的在CENTOS系统中安装是要更新GCC的，但是我试了一下还是不行，还是出错。
请问楼主，您是在哪个版本的LINUX下面成功安装并行版AMBER20的啊？GCC版本是多少啊？
另外关于您的这个操作步骤里面$AMBERHOME到底是哪个路径啊？
麻烦您能详细说一下吗？多谢啊！
这个AMBER20我装了好几天并行了，都没有成功，备受打击啊！之前装其他软件发现缺失库文件，YUM一下挨个补上就可以了，这个折腾了几天，换了2个CENTOS还是不行。惭愧啊。

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