GROMACS的RMSD分析出现离群值

yogurt · 发表于 Post on 2020-5-21 23:12:42

体系是两条链的复合物体系。获得了md.xtc的轨迹后我进行了PBC的处理，分别生成了md_mol.xtc,md_whole_mol.xtc,md_whole.xtc,md_nojump.xtc等轨迹文件，然后我使用了md_mol.xtc计算野生型和突变型复合物骨架原子(backbone)的RMSD值，写代码生成了图片，但是我发现野生型的图是正常的，突变型就很不正常，请问这是怎么回事，是不是因为有的原子还是处于盒子外面，我的盒子使用的立方体盒子，1.5nm。是不是再用gmx trjconv选项的-center参数继续处理轨迹会好一点，我看着这个命令中有有一个-box选项是生成一个新的盒子，我生成一个大一点的盒子会不会好一点，期待有知道解决办法的老师指点迷津，谢谢！下面贴出图片：

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-22 00:33:21

几乎一定是由于周期边界条件的原因分子被弄到盒子另一头了，VMD里看一下轨迹便知。

yogurt · 发表于 Post on 2020-5-22 11:07:08

sobereva 发表于 2020-5-22 00:33
几乎一定是由于周期边界条件的原因分子被弄到盒子另一头了，VMD里看一下轨迹便知。

请问sob老师，那想要获得正常的RMSD应该怎么处理？通过VMD看了一下，确实是部分分子超出了盒子。谢谢您！

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-23 02:25:15

yogurt 发表于 2020-5-22 11:07
请问sob老师，那想要获得正常的RMSD应该怎么处理？通过VMD看了一下，确实是部分分子超出了盒子。谢谢您！

我不知道你具体是怎么计算的RMSD的，以及轨迹的实际具体情况是什么样。可以用trjconv -pbc nojump处理一下轨迹以使得原子坐标变化连续

计算小菜鸡 · 发表于 Post on 2020-10-23 11:09:33

朋友，你的问题是如何解决的，我出现了同样的问题

tomato0301 · 发表于 Post on 2021-5-6 20:14:31

计算小菜鸡发表于 2020-10-23 11:09
朋友，你的问题是如何解决的，我出现了同样的问题

您好，我也出现了同样的问题，先问问您是怎么解决的

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[GROMACS] GROMACS的RMSD分析出现离群值