计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9833|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] pdb文件中的水分子是否影响体系的模拟?

[复制链接 Copy URL]

47

帖子

0

威望

201

eV
积分
248

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 yogurt 于 2020-5-31 22:53 编辑

我用pdb2gmx的时候,把pdb文件中的HETATM行都删除了(包括水分子),请问这些水是不是很重要啊?因为我现在计算结合能的以后做能量分解,发现贡献较大的排名前几位的都是Arg和Lys这两种氨基酸(这两个都是碱性氨基酸),是不是那些水分子是结合界面的水?所以出现这种情况,还是因为模拟的时候我的体系酸碱度设定的问题,我只加了几个离子使得体系处于中性,并没有做其他的。还有是不是我没做质子化处理的原因,谢谢老师解答。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2020-6-1 07:52:16 | 只看该作者 Only view this author
除非是极为关键的水,诸如配体与蛋白之间形成了水桥什么的,其它只是表现环境作用的水一般都去掉
是什么水在VMD里一看结构便知
后一半的问题和删不删水没有直接关系。本来侧链带电荷的残基由于强静电作用,有较大可能对结合有较大贡献。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

47

帖子

0

威望

201

eV
积分
248

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-1 10:20:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-1 07:52
除非是极为关键的水,诸如配体与蛋白之间形成了水桥什么的,其它只是表现环境作用的水一般都去掉
是什么水 ...


那请问sob老师,质子化处理一般只是对组氨酸进行处理么,还是其他氨基酸也需要质子化处理,我直接百度不到相关信息?因为我看着Lys和Arg和组氨酸同属于碱性氨基酸,请老师能否推荐几个做预处理的或者做质子化的软件。谢谢您。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2020-6-3 21:15:52 | 只看该作者 Only view this author
yogurt 发表于 2020-6-1 10:20
那请问sob老师,质子化处理一般只是对组氨酸进行处理么,还是其他氨基酸也需要质子化处理,我直接百度 ...

百毒这种搞笑的东西就别拿来说事了...
通常情况下模拟LYS和ARG都得是质子化状态,HIS模棱两可。一般用pdb2gmx自动确定的就可以,要求高一些用PROPKA3之类确定
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

47

帖子

0

威望

201

eV
积分
248

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-9 15:04:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-3 21:15
百毒这种搞笑的东西就别拿来说事了...
通常情况下模拟LYS和ARG都得是质子化状态,HIS模棱两可。一般用pd ...

sob老师,我现在会使用其他软件计算PKa了,但是不了解PKa和质子化的关系,就是PKa大于多少或者小于多少是什么状态,请问有相关文献或者文章么?我想确认一下用软件做出来的质子化状态和pdb2gmx自动确定的是否一样。谢谢老师。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2020-6-9 15:18:50 | 只看该作者 Only view this author
yogurt 发表于 2020-6-9 15:04
sob老师,我现在会使用其他软件计算PKa了,但是不了解PKa和质子化的关系,就是PKa大于多少或者小于多少是 ...

pKa显著大于当前模拟的pH的情况侧链质子化,若显著小于则侧链去质子化
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 02:26 , Processed in 0.212624 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list