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楼主 Author: sobereva
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[量化理论] 谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-12 23:32:40 | 只看该作者 Only view this author
Harrypotter 发表于 2020-6-12 16:53
老师,请问文中“含过渡金属体系”部分的描述以及结论是否也适用于稀土金属配合物呢?

适用
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发表于 Post on 2020-6-13 09:44:02 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2020-6-13 16:13:47 | 只看该作者 Only view this author
希望老师有空简单谈一下CAM-B3LYP等泛函的应用和特点。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-13 22:07:57 | 只看该作者 Only view this author
ca0yan9 发表于 2020-6-13 16:13
希望老师有空简单谈一下CAM-B3LYP等泛函的应用和特点。

算超极化率、大共轭体系电子光谱、电荷转移激发、里德堡激发。基本没其它的特长
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-6-25 00:58:39 | 只看该作者 Only view this author
文中说存在过渡金属之间的键时不应该用B3LYP优化
那如果比如醋酸铑这样的催化剂,铑卡宾的反应,是否是说即使反应都是配体上发生的也不应该用B3LYP优化过渡态和中间体?
那么此时的泛函应该如何选择?纯泛函对于配体间反应的描述是否有较大偏差?

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发表于 Post on 2020-6-25 08:03:49 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问如果是锗与配体的作用,算主族还是过渡金属?用B3LYP优化了结构,但是NBO里明显没有锗和配键的轨道信息,我想看一下锗和配体成键的轨道信息应该用什么方法?我们这里做计算的说结构优化用B3LYP和其他泛函应该不大,主要可能是NBI不适合我的体系做锗和配体之间化学键成分的分子。但现在也不知道用什么方法分析了,sob老师,你有什么联系吗?主要是想看一下锗和配体的化学键轨道成分的计算用什么方法。

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发表于 Post on 2020-6-25 08:05:59 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问如果是锗与配体的作用,算主族还是过渡金属?用B3LYP优化了结构,但是NBO里明显没有锗和配体键的轨道信息,我想看一下锗和配体成键的轨道信息应该用什么方法?我们这里做计算的老师说结构优化用B3LYP和其他泛函的差别应该不大,主要可能是NBO不适合我的体系做锗和配体之间化学键成分的分析。但现在也不知道用什么方法分析了,sob老师,你有什么建议吗?我主要是想看一下锗和配体的化学键轨道成分

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-27 01:15:17 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-6-25 00:58
文中说存在过渡金属之间的键时不应该用B3LYP优化
那如果比如醋酸铑这样的催化剂,铑卡宾的反应,是否是说 ...

对于只涉及配体反应的情况,B3LYP完全没问题。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-27 01:16:35 | 只看该作者 Only view this author
huozhong 发表于 2020-6-25 08:03
老师,请问如果是锗与配体的作用,算主族还是过渡金属?用B3LYP优化了结构,但是NBO里明显没有锗和配键的轨 ...

显然是主族
NBO在分析化学键上不仅功能很局限,还很容易有误导性,所以讨论化学键问题NBO没多大实际用处。Multiwfn在这方面远远比NBO强大得多得多,看
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html
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sobereva 发表于 2020-6-27 01:15
对于只涉及配体反应的情况,B3LYP完全没问题。

主要考虑到对于此类双核Rh催化剂,Rh-Rh键的键长会对一圈的4个羧酸配位的情况产生影响,比如羧酸中影响对映选择性控制的基团和底物的距离等,进而可能影响到反应势垒的计算。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-27 18:10:36 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-6-27 01:26
主要考虑到对于此类双核Rh催化剂,Rh-Rh键的键长会对一圈的4个羧酸配位的情况产生影响,比如羧酸中影响对 ...

可能会差个零点几埃。如果对这个很敏感的话,那还是用纯泛函吧
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sobereva 发表于 2020-6-27 01:16
显然是主族
NBO在分析化学键上不仅功能很局限,还很容易有误导性,所以讨论化学键问题NBO没多大实际用处 ...

谢谢sob老师,一直在找这部分,太感谢了!!

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发表于 Post on 2020-7-2 10:05:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ldatea 于 2020-7-2 10:30 编辑

sob老师,请问文中
“3 主族元素构成的体系”提到的关于有机体系泛函测试的文献J. Chem. Theory Comput., 12, 459 (2016),比较各泛函在几何优化时的误差,使用的是Mean absolute deviations (Å) of the distance matrices。
1.这个量是如何定义的?
2.isostat程序里比较结构的阈值和这个量一样吗?3.这个量和RMSD是不是都可以用来衡量几何优化误差?哪种方法更合适?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-3 02:34:04 | 只看该作者 Only view this author
ldatea 发表于 2020-7-2 10:05
sob老师,请问文中
“3 主族元素构成的体系”提到的关于有机体系泛函测试的文献J. Chem. Theory Comput.,  ...

1 应该是把两个体系的距离矩阵求差并且取绝对值,再把所有矩阵元加和求平均
2 不是。isostat求的是距离矩阵元的最大绝对偏差,这比平均绝对偏差对结构差异更敏感
3 RMSD的做法缺点是需要先做align,但优点是和分子结构叠加图(例如http://sobereva.com/290)容易对照讨论
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发表于 Post on 2020-7-3 18:00:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-3 02:34
1 应该是把两个体系的距离矩阵求差并且取绝对值,再把所有矩阵元加和求平均
2 不是。isostat求的是距离 ...

谢谢sob老师。我去查一下SI和前面的文献。

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