ccdc中的水滑石cif模型在VESTA中的显示问题

ca0yan9 · 发表于 Post on 2020-6-15 10:58:33

请问CCDC上下载的水滑石(LDH,Layered double hydroxide)cif文件导入到VESTA中显示不正常（其中氧原子位置和实际情况不同，正常情况时氧以OH结构存在，导入的结构中表现为单个氧原子；正常情况中碳以CO3碳酸根结构存在，导入的结构中表现为C2O3形式），不知道如何处理？

ljn · 发表于 Post on 2021-6-28 08:45:59

请问您解决了吗？我也是从ccdc数据库上下载的cif结构打开有问题，不知道怎么修改。

waitingseven · 发表于 Post on 2021-6-28 09:01:02

ljn 发表于 2021-6-28 08:45
请问您解决了吗？我也是从ccdc数据库上下载的cif结构打开有问题，不知道怎么修改。

我对水滑石不了解，但看一楼的图可以看出来，结构中C2O3里的C的占位是0.5，所以看起来是C2O3实际还是CO3，至于层间的独立的氧原子很可能是水分子，但是单晶XRD衍射是不能确定H的具体位置的，所以结构中只给出了水分子的O原子的位置

ljn · 发表于 Post on 2021-6-28 10:38:19

waitingseven 发表于 2021-6-28 09:01
我对水滑石不了解，但看一楼的图可以看出来，结构中C2O3里的C的占位是0.5，所以看起来是C2O3实际还是CO3 ...

您好，请问这种有问题的结构该怎么进行修改呢？用ms自己调整可以吗？还是需要重新解晶？

waitingseven · 发表于 Post on 2021-6-28 11:22:40

ljn 发表于 2021-6-28 10:38
您好，请问这种有问题的结构该怎么进行修改呢？用ms自己调整可以吗？还是需要重新解晶？

ms和vesta都可以修改结构，但是水分子的H原子无法确定确定具体位置，如果你只是做个结构展示可以简单地把H原子加到层间氧的平面上，注意键长和键角；还有一种方法是在文献中找找，看看别人怎么弄的，有没有提供H的坐标，不只是文献，还可以找找晶体结构数据库，看看有没有这种结构，或者类似的结构中H的位置；如果要进行后续计算，H原子的位置似乎不是很重要，初始结构中添加一下H，大致合理就行，然后DFT优化一下就可以了

renzhogn424 · 发表于 Post on 2021-6-28 21:22:45

waitingseven 发表于 2021-6-28 11:22
ms和vesta都可以修改结构，但是水分子的H原子无法确定确定具体位置，如果你只是做个结构展示可以简单地把 ...

是不是用VASP这样的，自己改成水分子和CO3，然后晶格优化就行？

renzhogn424 · 发表于 Post on 2021-6-28 21:49:46

我从COD也是找到这个，一模一样的。其它的像样的cif不多。唉

ljn · 发表于 Post on 2021-6-29 10:44:47

waitingseven 发表于 2021-6-28 11:22
ms和vesta都可以修改结构，但是水分子的H原子无法确定确定具体位置，如果你只是做个结构展示可以简单地把 ...

好的，谢谢您！

mason · 发表于 Post on 2021-9-11 16:19:57

请问为什么我从ccdc上下载的cif在ms中打开Mg原子和氧原子没有化学键相连呀？

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