如何使用VMD做高斯轨迹文件的RMSD图

zidu113

sobereva 老师:
     您好。
    我在您的文章“将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv ” 的指导下，试着使用您文中提供的ADMP_example.fch示例文件，使用您提供的程序GauMDconv 将ADMP_example.fch转换为yxy.pdb轨迹文件，然后试着将这个yxy.pdb轨迹文件载入VMD（file-new molecule-yxy.pdb),
然后：进extensions-analysis-trajectory tool，取消noh复选框，点ALIGN，这时会出现提示：(error:cannot find molecule 0 in atomselects mol),继续再点RMSD会出现提示：(NO atom have been selected).
   请问这究竟是怎么回事，我哪里操作出现了问题，还望老师指导。多谢了。

zidu113

sobereva 老师，谢谢您，根据您的另一篇文章，我找到自己的错误了。