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[GROMACS] gromacs的续跑问题如何实现?

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请问gromacs如何实现意外中断之后的续跑和跑完了设置之后想延长时间的须跑?延长时间续跑后的tpr,xtc记录的内容是从续跑时间开始之后的还是包括续跑前的所有内容?

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发表于 Post on 2020-6-17 22:21:11 | 只看该作者 Only view this author
官方解决方案:http://manual.gromacs.org/curren ... ng-simulations.html
举个例子,如果中断的任务是这样运行的:gmx mdrun -deffnm md
你可以在同一个文件夹下运行:gmx mdrun -s md.tpr -cpi md.cpt -deffnm md
mdrun默认会将新产生的轨迹添加到原始文件末尾,最终文件会包括续跑前与续跑后的所有内容。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-18 10:11:04 | 只看该作者 Only view this author
conanatm 发表于 2020-6-17 22:21
官方解决方案:http://manual.gromacs.org/current/user-guide/managing-simulations.html
举个例子,如果 ...

非常感谢!

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发表于 Post on 2020-6-18 11:58:54 | 只看该作者 Only view this author
续跑意外断掉的做法就是楼上说的,延长模拟看:

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-18 14:13:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的,延长模拟看:

谢谢sob老师,总结的很好!非常通俗易懂!

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发表于 Post on 2020-6-19 09:50:45 | 只看该作者 Only view this author
在原来基础上生成新的tpr文件,修改脚本加入-cpi state.cpt就可以了

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发表于 Post on 2021-1-21 21:55:00 | 只看该作者 Only view this author
请教各位,断电后误删了cpt文件,只有xtc和log文件要如何续跑呢?谢谢啦

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发表于 Post on 2021-5-29 14:32:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的,延长模拟看:

老师您好,我按照图中例3的方式续跑了md1得到md2.part0002.xtc,现在想分析MSD,所以想请教一下有命令可以把md1.xtc和md2.part0002.xtc合并一下吗?

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发表于 Post on 2021-5-30 06:15:19 | 只看该作者 Only view this author
laoman 发表于 2021-1-21 21:55
请教各位,断电后误删了cpt文件,只有xtc和log文件要如何续跑呢?谢谢啦

没法严格续跑。
虽然可以从xtc里提取最后一帧当做初始结构,但是没初速度
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发表于 Post on 2021-5-30 06:15:37 | 只看该作者 Only view this author
chema 发表于 2021-5-29 14:32
老师您好,我按照图中例3的方式续跑了md1得到md2.part0002.xtc,现在想分析MSD,所以想请教一下有命令可 ...

trjcat
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sobereva 发表于 2021-5-30 06:15
没法严格续跑。
虽然可以从xtc里提取最后一帧当做初始结构,但是没初速度

明白了,谢谢sob老师解答

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发表于 Post on 2021-5-30 07:47:07 | 只看该作者 Only view this author

非常感谢老师的回答

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发表于 Post on 2021-7-16 10:44:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的,延长模拟看:

老师您好!我按照您说的方式续跑,出现这个错误,请问怎么处理呀!

3f9cff4123c5814b55a6a047c0674eb.png (56.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 143)

3f9cff4123c5814b55a6a047c0674eb.png

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发表于 Post on 2021-7-16 15:13:20 | 只看该作者 Only view this author
tww 发表于 2021-7-16 10:44
老师您好!我按照您说的方式续跑,出现这个错误,请问怎么处理呀!

不好说。没见过

说明具体用的什么命令行
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发表于 Post on 2022-3-23 19:25:48 | 只看该作者 Only view this author
老师请问一下,我误删了log文件应该如何续跑呀

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