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楼主 Author: 华理小妮
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[新手求助] 水溶液两分子弱相互作用求助

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发表于 Post on 2020-6-18 16:46:44 | 只看该作者 Only view this author
如果这是你的单体和模板的话,肯定要考虑pai-pai的,不会是你之前说的只有这一个氢键结合,那你体系建立就有问题了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-18 17:21:54 | 只看该作者 Only view this author
cottondog 发表于 2020-6-18 16:46
如果这是你的单体和模板的话,肯定要考虑pai-pai的,不会是你之前说的只有这一个氢键结合,那你体系建立就 ...

谢谢您的回复

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发表于 Post on 2020-6-21 03:15:54 | 只看该作者 Only view this author
华理小妮 发表于 2020-6-18 15:12
sober老师,这两个分子在水中还可以依靠ΠΠ键结合,这个ΠΠ键受极性溶剂的影响大吗,

没有"pi-pi键"的称呼,那叫pi-pi堆积、pi-pi作用。这种作用对于当前帖子里的单环情况而言是极弱的。

自由能算出来为正和这么弱的pi-pi作用是否考虑完全没直接关系。为正的原因我在http://bbs.keinsci.com/thread-18031-1-1.html里通过水二聚体的例子解释了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-22 10:19:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-18 11:56
说能量类型数据的数值的时候要说清楚单位

极性溶剂会极大地削弱静电主导的弱相互作用,而双分子结合的-T ...

sober老师,真空下的结合能就是用AB复合物在气相下的自由能减去A分子在气相下的自由能和B分子在气相下的自由能吗

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发表于 Post on 2020-6-22 14:08:16 | 只看该作者 Only view this author
华理小妮 发表于 2020-6-22 10:19
sober老师,真空下的结合能就是用AB复合物在气相下的自由能减去A分子在气相下的自由能和B分子在气相下的 ...

看结合能具体指的什么结合能
如果是气相下的结合自由能是这么算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-6 13:38:21 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-6-18 15:14
已经很明显了,你的所谓复合物,是这个酸碱反应的过渡态,做频率分析的话应该有一个虚频,过渡态是这个反 ...

你好,我想问一下,您说的酸碱反应的过渡态,这个还会形成酸碱复合物吗最后,我就是将这两种分子放置到pH=6的水溶液中,使它们主要以离子态的形式存在,想要看一下它们是否能够自发的结合到一起,采用Gaussian计算结合自由能为正值,gromacs跑分子动力学也是没办法结合到一起,两种分子都是游离的状态存在。这能不能说明这俩种分子没办法自发的结合到一起呢。

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发表于 Post on 2020-12-6 17:11:39 | 只看该作者 Only view this author
华理小妮 发表于 2020-12-6 13:38
你好,我想问一下,您说的酸碱反应的过渡态,这个还会形成酸碱复合物吗最后,我就是将这两种分子放置到pH ...

准确来说是结合态的平衡浓度明显低于非结合态。不是说结合完全不可能。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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