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[波函数分析求助] 请教一下Multiwfn对药物分子设计有哪些帮助

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发表于 Post on 2020-6-19 14:36:08 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
参加过初级量化和GROMACS班,感觉受益匪浅,现在想请教一下社长,对Multiwfn的了解还有限,Multiwfn跟计算机辅助药物设计有哪些交集 ,能在设计药物分子方面做哪些工作?

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发表于 Post on 2020-6-19 14:39:34 | 显示全部楼层 Show all
比如预测结合位点?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-19 15:23:55 | 显示全部楼层 Show all
冰释之川 发表于 2020-6-19 14:39
比如预测结合位点?

Multiwfn可以预测蛋白的结合位点吗,如何预测,请赐教!

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公社社长+计算化学玩家

发表于 Post on 2020-6-19 18:58:42 | 显示全部楼层 Show all
可能的用处很多,比如

计算分子体积、半径,考察是否可能进入孔洞
使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积
http://sobereva.com/408http://bbs.keinsci.com/thread-9331-1-1.html
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴
http://sobereva.com/426http://bbs.keinsci.com/thread-10226-1-1.html

考察分子的极性、分子表面静电势分布和波动,考察和亲水/疏水位点的结合可能性,以及结合的机理
谈谈如何衡量分子的极性
http://sobereva.com/518http://bbs.keinsci.com/thread-14971-1-1.html
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html

计算关键原子的原子电荷、分子表面静电势描述符、分子的概念密度泛函理论定义的各种量,用于构建QSAR方程等
看手册4.7节、
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html

预测logP、溶解自由能,衡量药物水溶性/脂溶性
使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质
http://sobereva.com/337http://bbs.keinsci.com/thread-3571-1-1.html

预测酶催化反应位点、解释实验观测到的反应本质
幻灯片:Predicting reactive sites (反应位点的预测)
http://sobereva.com/234
概念密度泛函综述和重要文献合集 http://bbs.keinsci.com/thread-384-1-1.html
Multiwfn手册4.A.4节

基于力场的能量分解考察药物与与其相邻的蛋白质原子间的静电相互作用
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html

计算蛋白质的范德华势,估计蛋白质与小分子的范德华作用优势区域
谈谈范德华势以及在Multiwfn中的计算、分析和绘制
http://sobereva.com/551http://bbs.keinsci.com/thread-17271-1-1.html

产生用于蛋白质-小分子的分子动力学的RESP电荷
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html

RDG、aRDG、IGM、Hirshfeld surface分析考察MD过程中小分子与蛋白质残基的相互作用
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

等等,还有很多可能的应用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-19 21:17:59 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2020-6-19 18:58
可能的用处很多,比如

计算分子体积、半径,考察是否可能进入孔洞

多谢社长这么详细的解答!以后有Multiwfn的培训班,我要去学习一下。

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发表于 Post on 2020-6-22 11:41:18 | 显示全部楼层 Show all
3楼王炸....

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