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[Amber] AmberTool并行编译及计算AM1-BCC电荷求助

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各位老师,我想用AmberTool18里面的antechamber工具计算AM1-BCC电荷用于分子动力学模拟,虽然是C-H-N-O体系,但是由于分子太大了,500个原子左右(应该没办法计算RESP电荷),用串行编译版本计算,一直停在sqm阶段。所以尝试用并行编译方法计算,并行编译时用了Intel的MPI,编译成功了,但编译完成后发现不仅没有产生antechamber程序,还有很多程序也没有产生,不知道是什么原因。
希望有经验的老师解答一下,并行编译有没有问题?如果这种方法计算大分子的AM1-BCC电荷不太好,还有什么方法可以计算?   感谢!





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发表于 Post on 2020-6-25 22:36:31 | 只看该作者 Only view this author
自己先用比如xtb在GFN-xTB下优化,或者用MOPAC或者Gaussian做恰当级别的半经验方法的优化,然后antechamber搞的时候要求不让sqm去自动优化结构(接上-ek "maxcyc=0"选项)。本身SQM自动用AM1优化也比较糙,而且体现不出分子内弱相互作用对构象的影响
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-26 20:08:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-25 22:36
自己先用比如xtb在GFN-xTB下优化,或者用MOPAC或者Gaussian做恰当级别的半经验方法的优化,然后antechamber ...

按照这种方法可以完成,谢谢卢老师的解答!

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发表于 Post on 2025-7-12 18:09:37 | 只看该作者 Only view this author
我想问一下针对600个原子的,计算AM1-BCC,报错最大限度512,还有什么方法可以计算吗,感谢

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