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楼主 Author: 华理小妮
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[Material Studio] 求助两个小分子在溶液中的自组装过程研究

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-23 11:01:08 | 只看该作者 Only view this author

sober老师,这个热力学角度算结合能的时候,为了更加贴近真实情况你建议用Gaussian来做结合能呢,还是gromacs来做,有必要这两种都做一下嘛,另外从分子动力学角度的话用的gromacs, GAFF力场RESP2电荷。想问问您的建议。谢谢

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发表于 Post on 2020-7-24 07:49:38 | 只看该作者 Only view this author
华理小妮 发表于 2020-7-23 11:01
sober老师,这个热力学角度算结合能的时候,为了更加贴近真实情况你建议用Gaussian来做结合能呢,还是gro ...

从精度上说,用量子化学程序(不仅限于Gaussian)来做更理想,也更容易。
二聚体的最稳定构型可以通过本文方式很容易地搜索:
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.htmlhttp://sobereva.com/532

之后按照下文计算二聚体和单体自由能,求差即可
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-24 10:14:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-24 07:49
从精度上说,用量子化学程序(不仅限于Gaussian)来做更理想,也更容易。
二聚体的最稳定构型可以通过本 ...

好的,谢谢sober老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-24 22:26:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-24 07:49
从精度上说,用量子化学程序(不仅限于Gaussian)来做更理想,也更容易。
二聚体的最稳定构型可以通过本 ...

sober老师,小分子的话可以用Gaussian来计算结合自由能,但是体系大的话是不是需要用ORCA这种软件来计算,老师这边有用orca软件计算结合自由能的帖子吗,想学一下。

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发表于 Post on 2020-7-25 00:04:07 | 只看该作者 Only view this author
华理小妮 发表于 2020-7-24 22:26
sober老师,小分子的话可以用Gaussian来计算结合自由能,但是体系大的话是不是需要用ORCA这种软件来计算 ...

不代表ORCA就一定适合大体系
ORCA的振动分析不仅慢,而且容易出虚频,而且溶剂模型做得没有Gaussian成熟稳健

计算步骤和使用Gaussian没有什么本质差异
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-25 09:10:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-25 00:04
不代表ORCA就一定适合大体系
ORCA的振动分析不仅慢,而且容易出虚频,而且溶剂模型做得没有Gaussian成熟 ...

好的sober老师

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