计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 32542|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 如何用VMD保存和查看gromacs的模拟轨迹

[复制链接 Copy URL]

234

帖子

0

威望

896

eV
积分
1130

Level 4 (黑子)

如何用VMD保存和查看gromacs的模拟轨迹?

1187

帖子

5

威望

2876

eV
积分
4163

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2020-6-27 09:51:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 snljty 于 2022-3-19 23:15 编辑

加载含有结构的文件比如gro,然后在这个文件里添加轨迹文件比如trr,xtc。然后把第零帧删了,这帧重复了。
最方便的方法是命令行启动时候直接
  1. vmd md.gro md.xtc
复制代码
这样,但是进去要把第零帧删了。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2020-6-27 17:21:07 | 只看该作者 Only view this author

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

55

帖子

0

威望

169

eV
积分
224

Level 3 能力者

4#
发表于 Post on 2020-9-28 17:48:14 | 只看该作者 Only view this author

sob老师,请问一下,vmd载入两个文件后,是在TK中输入animate delete +什么命令可以删除第0帧么?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2020-9-29 15:08:56 | 只看该作者 Only view this author
琦锅锅 发表于 2020-9-28 17:48
sob老师,请问一下,vmd载入两个文件后,是在TK中输入animate delete +什么命令可以删除第0帧么?

VMD main窗口选中当前体系,点右键,delete frames,然后删除
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

55

帖子

0

威望

169

eV
积分
224

Level 3 能力者

6#
发表于 Post on 2020-9-29 18:49:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-29 15:08
VMD main窗口选中当前体系,点右键,delete frames,然后删除

好的,谢谢sob老师

173

帖子

0

威望

1800

eV
积分
1973

Level 5 (御坂)

7#
发表于 Post on 2022-3-19 23:05:48 | 只看该作者 Only view this author

老师,在载入轨迹的时候出现out of memory,md.xtc文件过大导致vmd闪退请问有什么办法解决吗?
独立之精神 自由之思想

310

帖子

0

威望

1503

eV
积分
1813

Level 5 (御坂)

8#
发表于 Post on 2022-3-20 13:18:21 | 只看该作者 Only view this author
yjb 发表于 2022-3-19 23:05
老师,在载入轨迹的时候出现out of memory,md.xtc文件过大导致vmd闪退请问有什么办法解决吗?

如果你的轨迹不是每一帧都很重要,可以用gmx trjconv的-dt选项,每隔一段时间保存一帧,这样可以大大减小轨迹文件的大小

173

帖子

0

威望

1800

eV
积分
1973

Level 5 (御坂)

9#
发表于 Post on 2022-3-20 14:14:51 | 只看该作者 Only view this author
Frozen-Penguin 发表于 2022-3-20 13:18
如果你的轨迹不是每一帧都很重要,可以用gmx trjconv的-dt选项,每隔一段时间保存一帧,这样可以大大减小 ...

非常感谢
独立之精神 自由之思想

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2022-3-20 14:28:59 | 只看该作者 Only view this author
yjb 发表于 2022-3-19 23:05
老师,在载入轨迹的时候出现out of memory,md.xtc文件过大导致vmd闪退请问有什么办法解决吗?


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

173

帖子

0

威望

1800

eV
积分
1973

Level 5 (御坂)

11#
发表于 Post on 2022-3-20 16:24:10 | 只看该作者 Only view this author
独立之精神 自由之思想

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 03:27 , Processed in 0.828221 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list