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[Gaussian/gview] 这种情况是否存在过渡态

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优化了一个结构,大概推测了一下产物与反应物的能量差,减小了186kcal/mol,想找过渡态,初猜了一个结构,做完频率分析,有一个虚频,在-600左右,振动方式也是对了,就用了guess=read,geom=check,做TS优化,但优化结束后没有虚频了!!!因为之前一直没有得到稳定的反应物结构,只要一优化就跑到产物了,放出的热量也比较大,所以想是不是没有过渡态,但初猜的确实只有一个虚频啊,感觉很像过渡态啊。。。。求高人指点!!

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发表于 Post on 2015-9-28 16:45:31 | 只看该作者 Only view this author
能量差这么大,应该没有过渡态,或许会有可能的中间体出现

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发表于 Post on 2015-9-28 21:58:33 | 只看该作者 Only view this author
“优化结束后没有虚频了”,那肯定是跑到了极小点,这个对应的是什么结构?
过渡态搜索过程可能也有问题,用opt(TS,calcall,noeigen)来做看看情况。

另外,既然初猜结构振动方向对,往一侧移动是通向产物,那你就往另一侧移动结构来让它偏向反应物,然后优化的时候把步长上限设小,比如opt(maxstep=5,notrust),看看能否出来反应物结构。当反应物结构比较接近TS,默认情况下可能走步较大,容易直接越过势垒跑到产物去。
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发表于 Post on 2015-9-29 00:17:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-9-29 00:20 编辑
因为之前一直没有得到稳定的反应物结构,只要一优化就跑到产物了

这是说你的底物(minima)还没优化完呢就去找过渡态吗?你反应物都没优化出来是怎么知道能量差的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-30 09:01:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-28 21:58
“优化结束后没有虚频了”,那肯定是跑到了极小点,这个对应的是什么结构?
过渡态搜索过程可能也有问题, ...

用了opt(maxstep=5,notrust),还是跑到产物了,好像只要一靠近,就跑到产物分子,我还是把结构图贴出来吧。

rea.png (39.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 56)

优化前

优化前

pro.png (43.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 57)

优化后

优化后

类似TS.png (41.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 68)

疑似TS

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发表于 Post on 2015-9-30 09:58:59 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2015-9-30 09:01
用了opt(maxstep=5,notrust),还是跑到产物了,好像只要一靠近,就跑到产物分子,我还是把结构图贴出来吧 ...

如果是我的话会把上面那个分子单独优化,然后按照优化后的结果锁定C-O键长对这个体系优化。以及会把初猜的两个分子拉远一点。也有一次加上empiricaldispersion=gd3就好了,不确定这种做法是否普适

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发表于 Post on 2015-9-30 10:33:37 | 只看该作者 Only view this author
如果反应物结构反复调初始结构还死活得不到,就基于你猜出来的那个看似靠谱的TS结构用opt(ts,maxstep=5,notrust,calcall,noeigen)来很谨慎地得到TS结构,然后再跑IRC,从而得到反应物的近似结构,然后再优化反应物。
如果这样反复试了,用了各种技术,还得不到过渡态,又怎么也得不到反应物结构,那你就说没过渡态了。但当前体系看起来应该有过渡态。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-30 10:50:04 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2015-9-30 09:58
如果是我的话会把上面那个分子单独优化,然后按照优化后的结果锁定C-O键长对这个体系优化。以及会把初猜 ...

非常感谢您的回答,试过拉远一点儿,但稍微远一点儿就跑了,近一点儿就到反应物了,所以很纠结,有想过会不会是两步反应,C-O键先断裂,然后下面水分子的O-H再断。您说的empiricaldispersion=gd3是什么意思,不大懂,没怎么见过呢?

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发表于 Post on 2015-10-1 04:29:03 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2015-9-30 10:50
非常感谢您的回答,试过拉远一点儿,但稍微远一点儿就跑了,近一点儿就到反应物了,所以很纠结,有想过会 ...

GD3是用零阻尼形式的DFT-D3校正,见
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

不过对于此体系,静电作用为主,对DFT-D的影响应当比较小。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-1 15:57:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-1 04:29
GD3是用零阻尼形式的DFT-D3校正,见
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

谢谢您的回复~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-2 11:31:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-1 04:29
GD3是用零阻尼形式的DFT-D3校正,见
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

用了您说的方法,得到了一个虚频的过渡态,但是振动变了,得到的产物应该不是之前的,现在也得到了我想要的过渡态(自己不知道怎么瞎整给整出来了)。又出现了一个问题,就是跑完irc再优化的时候,反应物分子就跑了,解离了,跑得远远的,我想能不能用最后irc得到的反应物和产物的结构直接做个单点计算,不知道这种方法是否可行?就是过渡态是优化得到的,但反应物和产物是跑完irc的单点能?这样似乎也不能直接计算能垒,如果给过渡态最后也算个单点,这样可以吗?所有的能量都是单点能...总觉得不对劲...请您多多指教~谢谢~

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发表于 Post on 2015-10-2 14:37:08 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2015-10-2 11:31
用了您说的方法,得到了一个虚频的过渡态,但是振动变了,得到的产物应该不是之前的,现在也得到了我想要 ...


跑得远远的是多远?如果特别远,说明当前用的计算级别不合适,没法描述好弱相互作用,否则应当得到反应复合物。

IRC跑得特别长的时候两端就能通向反应物和产物,但与之精确结构有所偏离,理应将两端的结构作为初猜再优化反应物和产物精确结构。所以直接拿IRC两端的结构来算单点与过渡态结构的单点求差值是不适合拿来算势垒的(如果IRC本来就没跑完整,则这样得到的势垒误差会很大)。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-3 10:31:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-2 14:37
跑得远远的是多远?如果特别远,说明当前用的计算级别不合适,没法描述好弱相互作用,否则应当得到反应 ...

图1中是IRC跑完的一个反应物结构,H(11)-O(60)的键长是1.90571,用这个结构优化,上面的分子就跑了,如图2。目前用的方法是B3LYP,基组C H O是6-31g*,Ti 是lanl2dz,请问如果需要换方法的话,应该考虑哪几个方法,请指教~

irc-rea.png (58.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 50)

图1

图1

irc-opt.png (52.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 62)

图2

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发表于 Post on 2015-10-3 15:44:49 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2015-10-3 10:31
图1中是IRC跑完的一个反应物结构,H(11)-O(60)的键长是1.90571,用这个结构优化,上面的分子就跑了,如图 ...

按理说应该形成氢键不该跑那么远
用M062X/6-311G**试试,Ti还用那个
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-6 10:27:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-3 15:44
按理说应该形成氢键不该跑那么远
用M062X/6-311G**试试,Ti还用那个

用您说的M062X/6-311G**试了,还是跑得远远的了,而且用M062X/6-311G**试了下原来用B3LYP/6-31g*找到的过渡态,然后,没有了!过渡态不见了!!怎么办?

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