使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版

liuyuje714 · 发表于 Post on 2021-1-10 13:14:22

ggdh 发表于 2021-1-10 13:12
你这个版本确实比官方好，官方的连tachyon_WIN64.exe都没有。。。
不过用了你的版本ospray还是黑的。。
...

那有可能是设置问题了，你把那个显示设置里面光线追踪打开即可

winnerwill · 发表于 Post on 2021-1-10 13:36:39

ggdh 发表于 2021-1-10 12:33
vmd自己没有拷贝的功能，所以很难直接实现你说的，不过2.0版会方便一点
首先
vcube *_oH.cub *_oL.cub
...

谢谢，那这样应该可以再创建一个proc，用于依次执行这些指令

winnerwill · 发表于 Post on 2021-1-10 13:40:53

ggdh 发表于 2021-1-10 12:10
2.0版本增加了命令
vrenders
渲染当前场景，适用你这种情况，你试试看，不过一次只能渲染一张图，

我后来是改了vc指令，在开头增加了一行： if {$args == [molinfo top] || $args eq "top"} { return }
然后后来通过vrender参数里面是否出现top来区分不同情形。

xuhj199508 · 发表于 Post on 2021-1-29 11:00:44

ghifi37 发表于 2020-8-23 09:27
找到社长的 http://bbs.keinsci.com/thread-16834-1-1.html 文章，里面有相关说明了：

对于Linux版来 ...

您好，您是在linux版的VMD下进行cub的读取和渲染吗？请问linux下的cub的读取过程如何实现？

ghifi37 · 发表于 Post on 2021-1-31 10:09:40

xuhj199508 发表于 2021-1-29 11:00
您好，您是在linux版的VMD下进行cub的读取和渲染吗？请问linux下的cub的读取过程如何实现？

是指用VMD加载cub文件吗？加载完vcube后，直接vcube /home/xx/xx.cub即可

exity · 发表于 Post on 2021-4-1 11:58:02

提交一个BUG
在设置多个REP等值面的时候，isovalue不一致，之前没有注意到.....整个文章都要翻新了

ggdh · 发表于 Post on 2021-4-8 16:05:20

exity 发表于 2021-4-1 11:58
提交一个BUG
在设置多个REP等值面的时候，isovalue不一致，之前没有注意到.....整个文章都要翻新了{:' ...

是不同cube 的iso不一样还是同一个cube不同的rep不一样？按说默认的化通一个cube 不同的iso应该是自动一样的啊，你这种情况是怎么产生的？

exity · 发表于 Post on 2021-4-8 18:28:26

ggdh 发表于 2021-4-8 16:05
是不同cube 的iso不一样还是同一个cube不同的rep不一样？按说默认的化通一个cube 不同的iso应该是自动一 ...

比如说一个分子的LUMO和HOMO，两者的ISO相差10倍

ggdh · 发表于 Post on 2021-4-12 20:28:33

exity 发表于 2021-4-8 18:28
比如说一个分子的LUMO和HOMO，两者的ISO相差10倍

我画过很多HOMO LUMO 没遇到这种情况啊？这是怎么才会出现的，你是每次画HOMO LUMO 都会这样么？

wgbigfatcat · 发表于 Post on 2021-6-10 11:18:55

使用2.0版本，出现下面错误。

vmd > vhelp vstyle
vstyle stylename molids    : apply style to molids
vstyle                   : list all the available style and show corresponding comments
vstyle sob-art.stl       : apply sob-art.stl style to all molecules
vstyle sob-art.stl 1 2    : apply sob-art.stl style to molecules 1 2
vstyle sob-esp0.mstl       : apply sob-esp0.mstl mapped style to all molecules
vmd > vstyle sob-art.stl
can't read "surface_type": no such variable
vmd >

脚本加入如下
source {D:\VMD\ggdh\vcube.tcl}
set style_dir {D:\VMD\ggdh\styles}

lonemen · 发表于 Post on 2021-6-22 22:24:17

谢谢钟老师，提供了这么赞的工具！

ggdh · 发表于 Post on 2021-6-23 20:30:47

wgbigfatcat 发表于 2021-6-10 11:18
使用2.0版本，出现下面错误。

vmd > vhelp vstyle

你需要先加载cube之后才能用这个命令

wgbigfatcat · 发表于 Post on 2021-6-24 09:58:21

ggdh 发表于 2021-6-23 20:30
你需要先加载cube之后才能用这个命令

非常感谢你的回答。

xuhj199508 · 发表于 Post on 2021-7-27 15:00:46

我想在linux端用调用vmd批量对cub文件进行单独渲染，运行下来发现结构都处在图片的中间很小一块区域。请问老师在渲染过程中有什么方法可以调整分子大小，使他尽量占满整个图片区域？

ggdh · 发表于 Post on 2021-7-28 20:23:21

xuhj199508 发表于 2021-7-27 15:00
我想在linux端用调用vmd批量对cub文件进行单独渲染，运行下来发现结构都处在图片的中间很小一块区域。请问 ...

你在vmd窗口中缩放到一下就行了，用鼠标滚轮
另外产生图片后
可以用
convert -trim -format png *.bmp
来把所有的白边裁掉（需要装imagemagick）

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[建模与可视化] 使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版